blast數(shù)據(jù)庫(kù)檢索ppt課件(存儲(chǔ)版)
【正文】 庫(kù)搜索 ? 互聯(lián)網(wǎng)上存放大量免費(fèi)的生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)，并有基本的數(shù)據(jù)分析工具。 ? 動(dòng)態(tài)規(guī)劃法比對(duì)兩條序列可以獲得數(shù)學(xué)上的最佳值（受打分矩陣影響）。 6 /90 序列相似性搜索 BLAST 7 主要內(nèi)容 ? 一、 BLAST簡(jiǎn)介 ? 二、 BLAST算法 ? 三、 BLAST一般使用方法 ? 四、 BLAST搜索實(shí)例 8 /90 一、 BLAST簡(jiǎn)介與意義 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) allows rapid sequence parison of a query sequence against a database. The BLAST algorithm is fast, accurate, and webaccessible. 9 /90 網(wǎng)站上的簡(jiǎn)單說(shuō)明 ? The Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) finds regions of local similarity between sequences. The program pares nucleotide or protein sequences to sequence databases and calculates the statistical significance of matches. BLAST can be used to infer functional and evolutionary relationships between sequences as well as help identify members of gene families. （ 作業(yè)：翻譯 ） 10 /90 BLAST的應(yīng)用 ? 確定直系同源序列或旁系同源序列。 ? 發(fā)現(xiàn) “ 新基因 ” 。它是兩條給定序列中的一對(duì)子序列，它們的長(zhǎng)度相等，且形成無(wú)空位的完全匹配。 【 每個(gè)字符（ ATGC）出現(xiàn)的概率同等： 1/4】 。 ACCESSION P01013 AAA68881. 1 gi| 129295 ACCESSION不能出現(xiàn) 版本號(hào)之前不能有空格 “ | ”與數(shù)字之間不能有空格 40 /90 限定檢索范圍 例如“ From”中填“ 20”，“ To”中填“ 200”，那么就是只比對(duì)序列中第 20個(gè)字符到第 200個(gè)字符之間的子序列（ 181個(gè)字符），如果序列長(zhǎng)度小于 200，則取到序列長(zhǎng)度。 目標(biāo)： BLAST搜索可以獲得的結(jié)果 找到與 RBP蛋白明確相關(guān)的其他蛋白質(zhì)或者基因；找到與感興趣的蛋白質(zhì)有較遠(yuǎn)親緣關(guān)系的其他蛋白質(zhì)； 發(fā)現(xiàn)一個(gè)與輸入基因同源的“新基因” ；找到在感興趣的蛋白質(zhì)中含有的并在其他蛋白質(zhì)中也出現(xiàn)的結(jié)構(gòu)域；通過(guò)多序列比對(duì)或者種系統(tǒng)進(jìn)化樹來(lái)顯示蛋白質(zhì)家族的關(guān)系。搜索返回的數(shù)據(jù)庫(kù)匹配結(jié)果的數(shù)量可以從一個(gè)到上千個(gè)，這完全取決于查詢序列、數(shù)據(jù)庫(kù)和搜索參數(shù)本身的特點(diǎn)。 人類中表達(dá)的轉(zhuǎn)錄基因是否編碼與 HIV1pol蛋白同源的蛋白質(zhì)？ 87 /90 課后練習(xí) ? 人 RBP4蛋白 NP_006735進(jìn)行 BLAST，選擇不同的數(shù)據(jù)庫(kù)，選擇不同的打分矩陣，限定不同的物種，觀察結(jié)果。 從這個(gè)圖可發(fā)現(xiàn)相似的區(qū)域很集中，可以對(duì)照該蛋白的結(jié)構(gòu)域進(jìn)行比對(duì)。 74 /90 Lipocalin家族 retinolbinding protein odorantbinding protein apolipoprotein D 75 /90 ? HIV1的 pol蛋白（ NP_057849 ），這是一個(gè)多結(jié)構(gòu)域的蛋白，包含有多個(gè)不同的蛋白酶、反轉(zhuǎn)錄酶和整合酶結(jié)構(gòu)域。 56 /90 輸出結(jié)果 57 /90 58 /90 taxonomy report summarizes species with matches 59 /90 結(jié)果 60 /90 圖示結(jié)果 61 /90 列表結(jié)果 62 /90 比對(duì)結(jié)果 得分有兩個(gè)： 274是原始分，也就是根據(jù)打分矩陣計(jì)算得到的分?jǐn)?shù)， 248是比特分，是歸一化的分?jǐn)?shù)，這樣可以忽略打分矩陣和的影響。 38 /90 2） Bare Sequence 也可以是 GBFF格式中的序列數(shù)據(jù)，即可以帶數(shù)字和空格，但序列中間也不允許空行。 23 /90 隨機(jī)事件與統(tǒng)計(jì)顯著意義的事件 ? HSP是否有生物學(xué)意義呢？序列相似性不一定就是有生物學(xué)
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