《blast數(shù)據(jù)庫檢索》ppt課件-全文預(yù)覽
【正文】 FASTA格式 “ ”開始的單行加分行的序列字符串，中間不允許空行。 【 每個字符（ ATGC）出現(xiàn)的概率同等： 1/4】 。 ? 基于上述思路，改進(jìn)的 BLAST算法允許空位出現(xiàn)，在多個HSP中，找一個最好的得分最高的片段對（ maximal segment pair， MSP），以此為基礎(chǔ)運(yùn)行動態(tài)規(guī)劃法將這一片段向序列的兩端延伸，最終產(chǎn)生一個記分較高的最佳比對結(jié)果，且可能有空位插入。它是兩條給定序列中的一對子序列，它們的長度相等，且形成無空位的完全匹配。所以開發(fā)了一些近似的算法以提高速度，目前使用最廣泛的序列對數(shù)據(jù)庫相似性搜索的應(yīng)用程序是 FASTA和BLAST。 ? 發(fā)現(xiàn) “ 新基因 ” 。 11 /90 ? 確定一個特定基因或者蛋白質(zhì)有哪些已經(jīng)發(fā)現(xiàn)的變種。 6 /90 序列相似性搜索 BLAST 7 主要內(nèi)容 ? 一、 BLAST簡介 ? 二、 BLAST算法 ? 三、 BLAST一般使用方法 ? 四、 BLAST搜索實(shí)例 8 /90 一、 BLAST簡介與意義 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) allows rapid sequence parison of a query sequence against a database. The BLAST algorithm is fast, accurate, and webaccessible. 9 /90 網(wǎng)站上的簡單說明 ? The Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) finds regions of local similarity between sequences. The program pares nucleotide or protein sequences to sequence databases and calculates the statistical significance of matches. BLAST can be used to infer functional and evolutionary relationships between sequences as well as help identify members of gene families. （ 作業(yè)：翻譯 ） 10 /90 BLAST的應(yīng)用 ? 確定直系同源序列或旁系同源序列。 2 /90 課堂練習(xí) ? 應(yīng)用動態(tài)規(guī)劃法算法，打分系統(tǒng)是否對雙序列比對結(jié)果有影響？為什么？ ? 雙序列比對的動態(tài)規(guī)劃算法的時間復(fù)雜度？ ? 用點(diǎn)陣法確認(rèn)一條 rna序列是否具有發(fā)夾狀結(jié)構(gòu)。 ? 動態(tài)規(guī)劃法比對兩條序列可以獲得數(shù)學(xué)上的最佳值（受打分矩陣影響）。 ? GenBank數(shù)據(jù)格式（ GBFF）包含序列大量的相關(guān)信息?；仡?—— 數(shù)據(jù)庫搜索 ? 互聯(lián)網(wǎng)上存放大量免費(fèi)的生物學(xué)數(shù)據(jù)庫，并有基本的數(shù)據(jù)分析工具。 ? 參考序列數(shù)據(jù)庫（ RefSeq）包括核酸和蛋白質(zhì)序列，是高質(zhì)量的非冗余的數(shù)據(jù)庫。 ? 雙序列比對可以幫助我們發(fā)現(xiàn)兩條序列一致性位點(diǎn)的百分比，或者保守性位點(diǎn)（蛋白質(zhì)）的百分比。同源序列一般具有統(tǒng)計顯著的相似性。 思考題：經(jīng)過 100次 PAM后，是否每個氨基酸都發(fā)生了變化？為什么？ 4 /90 BLOSUM 62 模塊氨基酸替換矩陣 5 /90 BLOSUM90 PAM30 低趨異度 小鼠和大鼠 RBP BLOSUM45 PAM240 高趨異度 小鼠和細(xì)菌的 lipocalin BLOSUM80 PAM120 BLOSUM62 PAM180 相似度越低的序列，在比對的時候，采用 PAM矩陣時，后面的數(shù)字越大，采用BLOSUM矩陣時，后面的數(shù)字越小。如通過芯片實(shí)驗(yàn)得到一個感興趣的基因，那么就可以通過將這個 DNA序列在一個蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行搜索，來尋找哪些蛋白質(zhì)與該 DNA編碼的蛋白質(zhì)具有相關(guān)性。 ? 尋找對于一個蛋白質(zhì)的功能和 /或結(jié)構(gòu)起關(guān)鍵作用的氫鍵氨基酸殘基。 ? 由于現(xiàn)在數(shù)據(jù)庫信息量很大，這樣簡單重復(fù)的分析非常耗時。 ? 例： 對于人 RBP 查詢序列 ? FSGTWYAMAKKDP? ? 得到一列 words (w=3) ： ? FSG SGT GTW TWY WYA YAM AMA ? 思考題：如果查詢序列有 100個字符，那么應(yīng)該會得到多少個 “ 字 ” ？ 16 /90 BLOSUM 62 模塊氨基酸替換
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