第七章-2蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預測(存儲版)
【正文】 立線索 U序列 與數(shù)據(jù)庫核心折疊 比對 取最佳核心折疊 U結(jié)構(gòu)模型 ? 一種基于序列與結(jié)構(gòu)比對的最優(yōu)線索化算法 令 : s1, s2,? , sn為蛋白質(zhì)序列 S的 n個元素 C1, C2,? , Cm為數(shù)據(jù)庫中核心折疊 C的 m個核心區(qū)域 Cij為第 i個核心區(qū)域第 j個氨基酸位置 每一個核心區(qū)域由若干個氨基酸殘基構(gòu)成 ? 設(shè) t是一個從序列到核心折疊的線索，那么 t說明了序列 S的哪些元素 si,sj,sk,… 代表核心區(qū)域 C1, C2, C3,… 的起始位置。 ? 對于一個未知結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)（ U）， 如果找到一個已知結(jié)構(gòu)的遠程同源蛋白質(zhì)（ T）， 那么可以根據(jù) T的結(jié)構(gòu)模板通過遠程同源模型化方法建立 U的三維結(jié)構(gòu)模型。第七章 2 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預測 主講人：孫 嘯 制作人： 劉志華 東南大學 吳健雄實驗室 結(jié)構(gòu)預測流程 Protein sequence Database similarity search Does sequence align with protein of known 3D structure? Protein family, domain, cluster analysis Relationship to known structure? Structural analysis 3D parative modeling Predicted three dimensional structure Is there a predicted structure? 3D analysis in laboratory yes no no no 第四節(jié) 蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預測 同源模型化方法 ? 主要思想： 對于一個未知結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)，找到一個已知結(jié)構(gòu)的同源蛋白質(zhì)，以該蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)為模板，為未知結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)建立結(jié)構(gòu)模型。 U ? T（遠程同源） 一個遠程同源模型化方法要解決三個問題： （ 1）檢測遠程同源蛋白質(zhì)（ T）； （ 2） U和 T的序列必須被正確地對比排列； （ 3）修改一般的同源模型化過程，以應用于相似度非常低的情況，即處理更多的環(huán)區(qū)，建立合理的三維結(jié)構(gòu)模型。 這實際上是一種從序列 S到核心折疊 C的比對 ? 令 ?代表核心折疊 C中的環(huán)到序列 S中空位的
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