【正文】 通過這次的畢業(yè)設(shè)計(jì)，在 白 老師 的指導(dǎo)下，我培養(yǎng)出了刻苦鉆研的學(xué)習(xí)精神和嚴(yán)肅認(rèn)真的學(xué)習(xí)態(tài)度，我想：這對(duì)我以后的學(xué)習(xí)和工作有很大的益處的。 本 基因信息管理 系統(tǒng)在開發(fā)過程中采用 PHP+MYSQL 進(jìn)行連接。所得到的結(jié)果顯示在下面的文本框中。 接下來 ，我將 對(duì) 基因信息錄入，基因序列轉(zhuǎn) 化和基因信息查詢?nèi)齻€(gè)主要模塊進(jìn)行測(cè)試。 echo(注釋 :$row[2]\n)。 echo(數(shù)據(jù)來源 :$row[3]\n)。 echo文獻(xiàn) :$row[4]\n。$KEYWORDS39。 //mysql 數(shù)據(jù)庫(kù)密碼 $mysql_database=genebase。padding:5px。 $c=39。marginleft:4px。打頭的任意文字說明（習(xí)慣常用 作為起始），用于序列標(biāo)記。)。,39。 , 39。, 39。 //mysql 數(shù)據(jù)庫(kù)用戶名 $mysql_password =。 mysql_select_db($mysql_database,$conn)。,39。 ) VALUES (39。, 39。 //mysql 數(shù)據(jù)庫(kù)名 //插入數(shù)據(jù) $sql=INSERT INTO 39。 mysql_close($conn)。,39。,39。, 39。 ( 39。這樣 一個(gè)開放的平臺(tái)，可以供其他使用者查詢，學(xué)習(xí)。, `ORIGIN` VARCHAR( 2020 ) NOT NULL COMMENT 39。, `DEFINITION` VARCHAR( 100 ) NOT NULL COMMENT 39。RNA 序列 39。序列名字 39。, `SEQUNCE` VARCHAR( 2020 ) NOT NULL COMMENT 39。, `NAME` VARCHAR( 10 ) NOT NULL COMMENT 39。 DNA 序列信息 ER 圖 如下所示： 13 圖 DNA 序列信息 ER 圖 的 主 要 屬 性 有 GENE_ID ( 序 列 編 號(hào) ),NAME`( 序 列 名字 ),DEFINITION(注釋 ),SOURCE(數(shù)據(jù)來源 ),REFERENCE(文獻(xiàn) ),SEQUNCE` (RNA 序列 ),KEYWORDS(關(guān)鍵字 )。系統(tǒng)可提供的主要服務(wù)有錄入功能，查詢功能和序列格式轉(zhuǎn)換功能，其中錄入功能分別包括： DNA 錄入， RNA 錄入，蛋白質(zhì)錄入。 (2)經(jīng)濟(jì)可行性 網(wǎng)站的運(yùn)行主要用于學(xué)生對(duì)生物信息學(xué)的研究和學(xué)習(xí)，由學(xué)院架設(shè)主機(jī)，數(shù)據(jù)的錄入可由相關(guān)老師負(fù)責(zé)，可以用最低的花費(fèi)，為學(xué)生提供一個(gè)良好的系 10 統(tǒng) 服務(wù) 和實(shí)踐平臺(tái)。主要包括 Web 頁(yè)面 的登錄和用戶任務(wù)的提交界面 等， ? .業(yè)務(wù)邏輯層 :業(yè)務(wù)邏輯層對(duì)應(yīng)應(yīng)用程序布局中的 BLL 類，處理系統(tǒng)內(nèi) 9 部模塊之間的交互，以及處理實(shí)際的業(yè)務(wù)規(guī)則，包括進(jìn)行邏輯判斷、執(zhí)行流程處理、計(jì)算或提供預(yù)定義的服務(wù)。 (2).成本降低，選擇更多 大家都知道 windows 在桌面電腦上幾乎一統(tǒng)天下，瀏覽器成為了標(biāo)準(zhǔn)配置，但在服務(wù)器操作系統(tǒng)上 windows 并不是處于絕 對(duì)的統(tǒng)治地位。系統(tǒng)的擴(kuò)展非常容易。 開發(fā)時(shí)前臺(tái) 設(shè)計(jì)我使用 的是 6 Dreamweaver8，后臺(tái)數(shù)據(jù)庫(kù)我使用 phpMyAdmin。在 2020 年 1 月 16號(hào)被 Sun公司收購(gòu)。它可以運(yùn)行在幾乎所有廣泛使用的 計(jì)算機(jī)平臺(tái) 上。 CGI 程序的伸縮性不很理想，因?yàn)樗鼮槊恳粋€(gè)正在運(yùn)行的 CGI 程序開一個(gè)獨(dú)立進(jìn)程。通過這樣的途徑當(dāng)你更換使用的數(shù)據(jù)庫(kù)時(shí)，可以輕松的更改編碼以適應(yīng)這樣的變化。第二版定名為 PHP/FI(Form Interpreter)。本 管理系統(tǒng)目的在于在 基因數(shù)據(jù)庫(kù)之間建立數(shù)據(jù)連接 ,借助 PHP 技術(shù)搭建了基因數(shù)據(jù)庫(kù)的 Web 服務(wù)平臺(tái) ,從而實(shí)現(xiàn)了基因數(shù)據(jù)庫(kù)的Web 服務(wù)。如何有效存儲(chǔ)和管理生物序列數(shù)據(jù)是生物信息學(xué)需要解決的重要問題之一。 基于以上背景，開發(fā)一個(gè)簡(jiǎn)單易用的基因數(shù)據(jù)庫(kù)綜合管理系統(tǒng)顯得很有必要。我們選擇B／ S 結(jié)構(gòu)，即 Browser／ Server(瀏覽器，服務(wù)器 )結(jié)構(gòu)，設(shè)計(jì) 開發(fā)了 基于 PHP 和 MySQL 的基因數(shù)據(jù)庫(kù)綜合管理系統(tǒng) ， 該系統(tǒng)可 實(shí)現(xiàn)對(duì)基因信息的讀取，查詢，注釋等操作。 基因數(shù)據(jù)庫(kù)是復(fù)雜的大型數(shù)據(jù)庫(kù)。解決了 繁雜 基因數(shù)據(jù)庫(kù)共享使 用難的問題 ,實(shí)現(xiàn)了通過高效、簡(jiǎn)單、快速的 PHP 操作平臺(tái)檢索基因數(shù)據(jù)庫(kù)的功能 ,為發(fā)揮這些基因數(shù)據(jù)庫(kù)的潛在價(jià) 2 值創(chuàng)造了很好的檢索環(huán)境。 PHP/FI 加入了對(duì) MYSQL 的支持，從此建立了 PHP 在動(dòng)態(tài)網(wǎng)頁(yè)開發(fā)上的地位。 PHPLIB就是最常用的可以提供一般事務(wù)需要的一系列基庫(kù)。解決方法就是將經(jīng)常用來編寫 CGI 程序的語言的解釋器編譯進(jìn)你的 web 服務(wù)器 (比如mod_perl,JSP)。 Apache 源于 NCSAd 服務(wù)器，經(jīng)過多次修改，成為世界上最流行的 Web服務(wù)器軟件之一。目前 MySQL 被廣泛地應(yīng)用在Inter 上的中小型網(wǎng)站中。開發(fā)的操作系統(tǒng) 使用目前應(yīng)用最廣泛的 windows xp sp3。 B/S 結(jié)構(gòu)的使用越來越多，特別是由需求推動(dòng)了 AJAX 技術(shù)的發(fā)展，它的程序也能在客戶端電腦上進(jìn)行部分處理，從而大大的減輕了服務(wù)器的負(fù)擔(dān)；并增加了交 互性，能進(jìn)行局部實(shí)時(shí)刷新。 現(xiàn)在的趨勢(shì)是凡使用 B/S 架構(gòu)的應(yīng)用管理軟件，只需安裝在 Linux 服務(wù)器上即可，而且安全性高。 ? .數(shù)據(jù)訪問層 :專門處理業(yè)務(wù)邏輯層與數(shù)據(jù)存儲(chǔ)層之間的數(shù)據(jù)交互操作，提供上層訪問所需數(shù)據(jù)的方法，包括數(shù)據(jù)添加、修改、刪除等操作。 (3) 操作 可行性 隨著 Inter 與生物信息學(xué)的緊密結(jié)合 的發(fā)展， 建立相應(yīng)的基因系統(tǒng)管理系統(tǒng)是非常有必要的，對(duì)于生物信息學(xué)的研究和學(xué)習(xí)都有很大的幫助。 最后用戶 使用完畢可以注銷安全退出。 RNA 序列信息 ER 圖 如下所示： 圖 DNA 序列信息 ER 圖 3. 蛋 白 質(zhì) 的 主 要 屬 性 有 P_ID ( 序列編號(hào) ),NAME( 序 列 名字 ),DEFINITION(注釋 ),SOURCE(數(shù)據(jù)來源 ),REFERENCE(文獻(xiàn) ), ORIGIN (蛋白質(zhì) 序列 ),KEYWORDS(關(guān)鍵字 )。序列名字 39。DNA 序列 39。, `DEFINITION` VARCHAR( 100 ) NOT NULL COMMENT 39。, `KEYWORDS` VARCHAR( 50 ) NOT NULL COMMENT 39。注釋 39。蛋白質(zhì)序列 39。這是該系統(tǒng)的最基本的功能。GENE_ID39。REFERENCE 39。$NAME 39。$SEQUNCE39。 ? （ 2） RNA 信息錄入功能： 基因數(shù)據(jù)庫(kù)管理系統(tǒng)提供 RNA 信息錄入功能，用戶可以通過 WEB 界面將基因信息保存在后臺(tái)的 MySQL 數(shù)據(jù)庫(kù)中。rna39。SOURCE39。NULL39。$REFERENCE 39。 $result=mysql_query($sql)。 //mysql 數(shù)據(jù)庫(kù)密碼 $mysql_database=genebase。KEYWORDS 39。DEFINITION39。$SOURCE39。 $conn=mysql_connect($mysql_server_name,$mysql_username,$mysql_password)。從第二行開始為序列本身，只允許使用既定的核苷酸或氨基酸編碼符號(hào)。border:1px solid dedede。39。width:400px。 //mysql 數(shù)據(jù)庫(kù)名 //插入數(shù)據(jù) $sql1=SELECT * FROM dna WHERE NAME=39。 。 echo堿基序列 $row[5]\n。 echo文獻(xiàn) :$row[4]\n。 echo(數(shù)據(jù)來源 :$row[3]\n)。 基因信息錄入測(cè)試主要是通過輸入一定的信息看系統(tǒng)是否可以成功的存儲(chǔ)在后臺(tái)的數(shù)據(jù)庫(kù)中。下面以查詢 p53 基因信息為例： 33 圖 序列查詢的結(jié)果顯示 二 ．系統(tǒng) 功能測(cè)試結(jié)果 系統(tǒng)經(jīng)過測(cè)試實(shí)現(xiàn)了預(yù)期功能功能，可進(jìn)行正常的基因信息錄入，基因序列轉(zhuǎn)化和基因信息查詢，同時(shí)系統(tǒng)在客戶端運(yùn)行良好。經(jīng)過測(cè)試，本系統(tǒng)的功能還是比較完備的 ，有些地方雖然比較簡(jiǎn)單，但是實(shí)現(xiàn)操作起來還是沒有問題的，基本能夠?qū)崿F(xiàn) 基因信息管理 系統(tǒng)的必備的功能。 在此 ,感謝和我一起生活、學(xué)習(xí)了四年的同學(xué)們，他們也給予了我許多的幫助和指點(diǎn)。在這里我要向所有的老師表示衷心的感謝！ 這次畢業(yè)設(shè)計(jì)的完成，我要特別感謝 學(xué)院的老師們 ， 在 本研究課題的資料收集、系統(tǒng)設(shè)計(jì)、開發(fā)過程中得到了 白老師的悉心指導(dǎo)和幫助，在完成項(xiàng)目及設(shè)計(jì)包括電子稿期間，白 老師為我的畢業(yè)設(shè)計(jì)較早的指明了方向，給予了我多方面的關(guān)懷和指導(dǎo)，使我不僅完成了畢業(yè)設(shè)計(jì)，更掌握了科學(xué)的學(xué)習(xí) 和研究方法。該 系統(tǒng)可以進(jìn)行 DNA,RNA，蛋白質(zhì)序列的錄入，查詢，查看相關(guān)注釋；并且具有序列格式轉(zhuǎn)換功能，轉(zhuǎn)化為標(biāo)準(zhǔn)的 FASTA格式。測(cè)試結(jié)果如下圖： 32 圖 序列轉(zhuǎn)化的結(jié)果顯示 基因數(shù)據(jù)庫(kù)管理系統(tǒng) 提供 基因信息的查詢，可以對(duì)堿基序列的序列名稱、序列物種、序列的關(guān)鍵詞進(jìn)行檢索，得到用戶想要的數(shù)據(jù)信息。 這樣的測(cè)試 方法也是最直接、最簡(jiǎn)單、最有效的。 echo(序列名字 :$row[1]\n)。 echo(注釋 :$row[2]\n)。 echo(數(shù)據(jù)來源 :$row[3]\n)。 28 $sql3=SELECT * FROM dna WHERE KEYWORDS=39。 //mysql 數(shù)據(jù)庫(kù)用戶名 $mysql_password =。border:1px solid dedede。 $b=strlen($xulie)。height:80px。序列文件的第一行是由大于號(hào) 或分號(hào) 。$DEFINITION39。$KEYWORDS 39。 ORIGIN 39。NAME 39。 //mysql 數(shù)據(jù)庫(kù)服務(wù)器 $mysql_username =root。 $conn=mysql_connect($mysql_server_name,$mysql_username,$mysql_password)。$SOURCE39。DEFINITION39。KEYWORDS 39。 //mysql 數(shù)據(jù)庫(kù)密碼 $mysql_database=genebase。 $result=mysql_query($sql)。$REFERENCE 39。NULL39。SOURCE39。dna39。 圖 系統(tǒng)界面 （ 1） DNA 信息錄入 功能 ： 基因數(shù)據(jù)庫(kù)管理系統(tǒng)提供 的 DNA,信息錄入功能 ，用戶可以通過 WEB 界面將基因信息保存在后臺(tái)的 MySQL 數(shù)據(jù)庫(kù)中 [9]。文獻(xiàn) 39。蛋白質(zhì)名稱 39。, `SEQUNCE` VARCHAR( 2020 ) NOT NULL COMMENT 39。, `NAME` VARCHAR( 10 ) NOT NULL COMMENT 39。文獻(xiàn) 39。序列編號(hào) 39。 的 主 要 屬 性 有 GENE_ID ( 序 列 編 號(hào) ),NAME`( 序 列 名字 ),DEFINITION(注釋 ),SOURCE(數(shù)據(jù)來源 ),REFERENCE(文獻(xiàn) ),SEQUNCE` (DNA 序列 ),KEYWORDS(關(guān)鍵字 )。然后用戶在管理系統(tǒng)可向系統(tǒng)提交任務(wù) ，得到相應(yīng)的 服務(wù)。 PHP 中也提供了強(qiáng)大的支持 MySQL 數(shù)據(jù)庫(kù)的函數(shù)， “phpMyAdmin” 為MySQL 數(shù)據(jù)庫(kù)提供了圖形化界面 使用起來更加直觀 。 系統(tǒng)的體系結(jié)構(gòu)主要如下： ? 界面表示層 :處理系統(tǒng)與用戶的交 互。因此，維護(hù)和升級(jí)革命的方式是 ―瘦 ‖客戶機(jī)， ―胖 ‖服務(wù)器。只要有一臺(tái)能上網(wǎng)的電腦就能使用，客戶端零維護(hù)。由于這三個(gè)軟件都是遵循 GPL的開 放源碼軟件，因此使用這種方式不用花一分錢就可以建立起一個(gè)穩(wěn)定、免費(fèi) 的網(wǎng)站系統(tǒng) 大降低了開 發(fā)成本。 5 數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介 MySQL 是一個(gè)小型關(guān)系型數(shù)據(jù)庫(kù)管理系統(tǒng)，開發(fā)者為瑞典 MySQL AB公司。 PHP 運(yùn)行環(huán)境 Apache 是世界使用排名第一的軟件。 4 （ 3）可伸縮性 傳統(tǒng)上網(wǎng)頁(yè)的交互作用是通過 CGI 來實(shí)現(xiàn)的。你還可以自己編寫外圍的函數(shù)取間接存取數(shù)據(jù)庫(kù)。 PHP 最初是 1994年 Rasmus Lerdorf創(chuàng)建的，在 1995 年中， 發(fā)布了。 PHP 技術(shù)是高效的 WEB 設(shè)計(jì)技術(shù)之一 ,以快速、方便的設(shè)計(jì)、友好的界面和靈活的嵌入特性見長(zhǎng)。 如今，生物數(shù)據(jù)庫(kù)的更新速度不斷加快，數(shù)據(jù)量呈指數(shù)增長(zhǎng)趨勢(shì)，數(shù)據(jù)庫(kù)使用頻率增長(zhǎng)更快，數(shù)據(jù)庫(kù)的復(fù)雜程度不斷增加，網(wǎng)絡(luò)化成為趨勢(shì)，應(yīng)用不斷增強(qiáng)，先進(jìn)的軟硬件配置不斷更新。 基因數(shù)據(jù)庫(kù)綜合管理系統(tǒng)在生