生物信息學(xué)學(xué)習(xí)報(bào)告-免費(fèi)閱讀
【正文】 所得調(diào)和序列是輸入序列中保守區(qū)域的拼接，通過(guò)得到的調(diào)和序列和每條輸入序列的兩兩比對(duì)，就很容易分辨輸入序列中保守的堿基和變異的堿基，從而構(gòu)造多序列比對(duì)結(jié)果。其中：“—”代表空位：x 和 y 代表兩個(gè)不同的堿基)，然后將這些分值 累加起來(lái)，得到每列的分值，最后將每列的分值累加，即可得到 SPScore。假設(shè)一條長(zhǎng)度為 m 的生物序列是由 m 個(gè)字符組成的字符串，字符串中的字符取自于一個(gè)有限的字母表Σ，對(duì)于DNA序列，Σ包含 A、T、C、G 四個(gè)字母，分別代表 4 種不同的核苷酸，將其統(tǒng)稱(chēng)為堿基。針對(duì)這個(gè)問(wèn)題，本文提出了一種基于圖模型的新方法，將 de Bruijn graph 方法應(yīng)用到 DNA 全局多序列比對(duì)中，使多序列比對(duì)的時(shí)空復(fù)雜度降低到線性 O(NL)。漸進(jìn)比對(duì)方法迭代地利用兩序列動(dòng)態(tài)規(guī)劃算法，先由兩條序列的比對(duì)開(kāi)始，逐漸添加新序列，直到所有序列都加入為止。實(shí) 驗(yàn) 報(bào) 告題 目 基于最大權(quán)值路徑算法的 DNA 多序列比對(duì)方法學(xué)習(xí)報(bào)告學(xué) 院： 軟件學(xué)院 系 計(jì)算機(jī) 專(zhuān)業(yè)班級(jí)： 軟件工程 學(xué)生姓名： 何宇凡 學(xué)號(hào)： 406629515011 2016年 6月 1 日摘要 在對(duì)《基于最大權(quán)值路徑算法的 DNA 多序列比對(duì)方法》的分析學(xué)習(xí)中，文中提出針對(duì)生物序列分析中的多序列比對(duì)問(wèn)題，當(dāng)輸入數(shù)據(jù)量比較大時(shí)，人們提出了很多啟發(fā)式的算法來(lái)改善計(jì)算速度和比對(duì)結(jié)果。但是，不同的添加順序會(huì)產(chǎn)生不同的比對(duì)結(jié)果，所以，確定合適的比對(duì)順序是漸進(jìn)比對(duì)方法的一個(gè)關(guān)鍵問(wèn)題。基于最大權(quán)值路徑算法的 DNA 多序列比對(duì)方法本算法用 de Bruijn graph[19]的形式表示輸入序列，將輸入
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