blast簡(jiǎn)介及其應(yīng)用-免費(fèi)閱讀
【正文】 本例中分析的是蛋白質(zhì)序列，所以單擊選擇 Basic BLAST→Protein Blast 項(xiàng)，進(jìn)入蛋白質(zhì)比對(duì)分析界面。它會(huì)自動(dòng)將 DNA翻譯成 6種可能的蛋白質(zhì)。 ? 將該序列用 FASTA格式存入記事本。 BLAST搜索 是研究一個(gè)蛋白質(zhì)和基因的最基本的方法之一 。 BLAST是基于匹配 短序列片段 ，用一種強(qiáng)有力的統(tǒng)計(jì)模型來確定未知序列與數(shù)據(jù)庫(kù)序列的最佳局部聯(lián)配，可在序列數(shù)據(jù)庫(kù)中對(duì)查詢序列進(jìn)行相似性比對(duì) 工作。 生物序列的同源性 5 相似性和同源性關(guān)系 序列的相似性和序列的同源性有一定的關(guān)系，一般來說 序列間的相似性越高的話，它們是同源序列的可能性就更高 ，所以經(jīng)常可以通過序列的相似性來推測(cè)序列是否同源。BLAST簡(jiǎn)介及其應(yīng)用 Basic Local Alignment Search Tool 2 實(shí)驗(yàn)?zāi)康? 了解 Blast資源和功能 了解 blast的應(yīng)用 掌握使用 blast進(jìn)行序列搜索 3 生物序列的相似性 相似性 (similarity)： 是指一種很直接的 數(shù)量關(guān)系 ，比如部分相同或相似的百分比或其它一些合適的度量。 正因?yàn)榇嬖谶@樣的關(guān)系，很多時(shí)候?qū)π蛄械南嗨菩院屯葱跃蜎]有做很明顯的區(qū)分，造成經(jīng)常等價(jià)混用兩個(gè)名詞。 8 BLAST簡(jiǎn)介 BLAST搜索的六大優(yōu)點(diǎn)： ? 使用方便，功能齊全 ? 速度快，結(jié)果可信 ? NCBI精心維護(hù)，持續(xù)開發(fā) ? 配套數(shù)據(jù)庫(kù)不斷更新 ? 免費(fèi)服務(wù)（ NCBI、 EBI、 TIGR） ? 免費(fèi)下載，本地安裝 9 主要的 BLAST程序（功能） 程序名 查詢序列 數(shù)據(jù)庫(kù) 搜索方法 Blastn 核酸 核酸 在核酸數(shù)據(jù)庫(kù)中比對(duì)核酸序列 Blastp 蛋白質(zhì) 蛋白質(zhì) 在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)中比對(duì)蛋白質(zhì)序列 Blastx 核酸 蛋白質(zhì) 在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)中比對(duì)待檢的核酸序列（用所有 6種可讀框翻譯） Tblastn 蛋白質(zhì) 核酸 在核酸數(shù)據(jù)庫(kù) （用所有 6種可讀框翻譯）中比對(duì)待檢的蛋白質(zhì)序列 TBlastx 核酸 核酸 在核酸數(shù)據(jù)庫(kù)（用所有 6種可讀框翻譯）中比對(duì)待檢的核酸序列（也用所有 6種可讀框翻譯） 10 兩種版本的 BLAST比較（一）
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