[理學]第十講腫瘤基因組和基因芯片-免費閱讀
【正文】 余弦相關(guān)是線性相關(guān)，考慮到DNA， mRNA和蛋白質(zhì)之間復(fù)雜的相互作用，我們不能夠期待 CGH和表達譜呈現(xiàn)一種強的正相關(guān)。我們對這 11個樣本的每個樣本計算了余弦相關(guān)系數(shù)以考察 CGH和表達譜的一致性。主要原理是采用經(jīng)過不同顏色熒光標記的腫瘤基因組DNA和正?；蚪M DNA與芯片上結(jié)合的覆蓋全部人類基因組的寡核苷酸探針雜交，根據(jù)雜交后兩種探針熒光信號的強度差異找出基因組中 DNA的增加或缺失區(qū)域。雜合性缺失在腫瘤細胞中是一種非常常見的 DNA變異。 ? RNA類型： 總 RNA進行實驗可能同時檢測了成熟的miRNA與前體 miRNA。 ? 腫瘤的分類：用表達圖譜區(qū)分出所檢測的標本是正常組織還是腫瘤；若是腫瘤，又能區(qū)分出是良性還是惡性。由于腫瘤細胞比起正常細胞在基因組上不穩(wěn)定，所以對放療的敏感度高于正常細胞，同時由于正常細胞具有完善的修復(fù)系統(tǒng)，比較耐受放療。 腫瘤細胞與來源器官中細胞的相似程度，分化良好的細胞有高度的特化特點，組織結(jié)構(gòu)清晰，很容易辨認。 DNA repair genes 腫瘤的促進（ promotion） ? Expansion of initiated cells ? Repetitive process Initiation amp。 ? 腫瘤細胞生長的分級 : 1 到 3分別對應(yīng)級別的低，中，高，在臨床上常稱為高分化，中分化，低分化。從活檢標本上看都象是腫瘤的兩個病人，他們都有腫瘤灶，你可以說它們看起一是一樣的，但事實上，一位病人已在別的部位有惡性生長了。如果一個基因在表達上的改變能重復(fù)出現(xiàn)，則這個基因就可用作基因診斷標記物 基因芯片在腫瘤研究中的應(yīng)用 ? 腫瘤的生物學指標 (包括組織學分級、biomarker、增殖指標等 )不僅能夠判斷腫瘤的預(yù)后，還能夠預(yù)測腫瘤對治療的反應(yīng)，并為腫瘤的個體化治療提供依據(jù)。 基因芯片在腫瘤研究中的應(yīng)用 小 結(jié) ? 目前腫瘤診斷和治療中存在的問題 ? 利用基因芯片進行分子分型 ? 其他基因芯片類型在腫瘤研究中的應(yīng)用 miRNA芯片 CGH芯片 甲基化芯片等 miRNA芯片 microRNA ? microRNA(miRNA)是 20～ 24nt的單鏈 RNA, 在進化上具有高度的保守性，它通過與靶 mRNA 不完全互補配對，抑制蛋白翻譯 ,調(diào)節(jié)內(nèi)源基因表達，在基因調(diào)控中扮演了重要的角色。 green, downregulated miRNA。 CGH最突出的優(yōu)點在于：通過一次實驗就能完成對整個基因組中所有遺傳物質(zhì)增加或丟失的分析，實驗所使用的 DNA可以是從新鮮凍存的組織中提取的，也可以提取自福爾馬林固定石蠟包埋的保存材料。運用ACE算法分析實驗數(shù)據(jù)，尋找前列腺癌染色體擴增和缺失。 ? 發(fā)現(xiàn)新的染色體畸變，如 。 小結(jié) ? 不同類型的芯片應(yīng)用于腫瘤分子分型 下一講內(nèi)容 ? Tiling array ? Exon array 。 ? 53個基因表達可能受到染色體畸變影響 ? 本研究發(fā)現(xiàn)的常見染色體畸變區(qū)域大部分在以前的研究中報道過，但是與前人的研究結(jié)果相比也存在畸變區(qū)域和畸變頻率方面的一些差異。運用平均 ratio值（ R ≥ or R ≤ ）和非參數(shù) t檢驗（ p ≤ ）雙重標準篩選前列腺癌差異表達基因，并對差異表達基因進行 EASE分析。 DNA Extraction amp。 ? 使用純化的小 RNA進行實驗可能會引入錯誤：目前無法測量小 RNA在總 RNA中的比例情況，如果癌癥與良性組織含有不同比例的小 RNA，那么純化小 RNA實驗的前提（同樣量的 miRNA被純化得出）則會受到根本的影響。s first step toward standardizing these multigene expression tests. ? DNA陣列雜交結(jié)果最直接的影響是診斷；雜交結(jié)果中可以得到藥物靶標基因，可為最后治療癌癥打下基礎(chǔ) ? 挑戰(zhàn)：隨著實驗技術(shù)及儀器的不斷改進和基因組數(shù)據(jù)的急劇增長，基因芯片產(chǎn)生的各種基因表達數(shù)據(jù)，規(guī)模龐大，內(nèi)容復(fù)雜；如何分析挖掘數(shù)據(jù)成為生物信息學中的挑戰(zhàn)性課題。 ? Ntzani和 Ioannides在總結(jié) 1995年到 2022年 4月MEDLINE共 84篇關(guān)于此類技術(shù)的論文后發(fā)現(xiàn) ,只有 30篇涉及臨床結(jié)果 ,他們提出 ,DNA微陣列技術(shù)還需大規(guī)模前瞻性臨床試驗證實 ,同時應(yīng)與現(xiàn)有的一些已知預(yù)測因子聯(lián)合進行比較 ,最后作出謹慎的審核與決定。 ? 傳統(tǒng)的組織病理診斷：以組織形態(tài)、免疫組織化學染色；通常以單一基因的不同表現(xiàn)對腫瘤作出診斷。 Promotion Time No tumor No tumor No tumor No tumor Tumor Tumor = Promoter = Initiator Gr. 1 Gr. 2 Gr. 3 Gr. 4 Gr. 5 Gr. 6 Initiation amp。 pounds，高三氧化二砷 Arsenic trioxide，高三硫化砷 Arsenic trisulfide，高石棉 Asbestos ? 癌基因（如 myc 、 ras） ? 需要反復(fù)刺激 Initiation amp。 腫瘤的病理學診斷方法 ? 冰凍切片和石蠟切片的染色和組織化學方法：確定腫瘤細胞的分化程度；鑒別腫瘤的類型；研究腫瘤組織發(fā)生 ? 流式細胞術(shù)定量診斷（腫瘤細胞核形態(tài)參數(shù)）：癌（瘤）細胞 DNA含量的檢測；良性病變多為二倍體；惡性腫瘤多為非整倍體 ? 問題：單基因的組織化學檢測是否能準確反映腫瘤類型及分化程度？
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