第五節(jié)基因識(shí)別-預(yù)覽頁
【正文】 率分別為 1322211 . . .2 ????? nnn acbacbacb fffp11332221 ...3 ?????? nnn bacbacbac fffp? 第 i個(gè)閱讀框成為編碼閱讀框的概率 計(jì)算： ? 算法： 在序列上移動(dòng)長度為 n的窗口，計(jì)算 Pi 根據(jù) Pi的值識(shí)別編碼的閱讀框 321 ppppP ii ???基于編碼區(qū)域堿基組成特征的識(shí)別方法 ?編碼序列與非編碼序列在堿基組成上有區(qū)別 ? 單個(gè)堿基的組成比例 ? 多個(gè)堿基的組成 ?通過統(tǒng)計(jì)分析識(shí)別編碼序列 分析實(shí)例 真核基因識(shí)別問題 真核基因遠(yuǎn)比原核基因復(fù)雜： ?一方面，真核基因的編碼區(qū)域是非連續(xù)的，編碼區(qū)域被分割為若干個(gè)小片段。 基因識(shí)別的主要方法 兩大類識(shí)別方法： ?從頭算方法（或基于統(tǒng)計(jì)的方法） ? 根據(jù)蛋白質(zhì)編碼基因的一般性質(zhì)和特征進(jìn)行識(shí)別，通過統(tǒng)計(jì)值區(qū)分外顯子、內(nèi)含子及基因間區(qū)域 ?基于同源序列比較的方法 ? 利用數(shù)據(jù)庫中現(xiàn)有與基因有關(guān)的信息（如 EST序列、蛋白質(zhì)序列），通過同源比較，幫助發(fā)現(xiàn)新基因。 位點(diǎn)圖 （分層標(biāo)注剪切位點(diǎn)） 另設(shè)兩個(gè)特殊的頂點(diǎn)，即起點(diǎn)（ source）和終點(diǎn)（ sink） 。 ?擴(kuò)展的隱藏馬爾柯夫模型（ GHMMs ） ? 對(duì) HMM進(jìn)一步抽象，產(chǎn)生更一般的馬爾柯夫模型，以分析復(fù)雜的脊椎動(dòng)物基因 。 (2) 編碼區(qū)模型 ? 由于密碼子的長度為 3，因此密碼子模型的最后一個(gè)狀態(tài)應(yīng)該至少為 2階。 (3) 組合模型 ?將上述模型擴(kuò)展，使之可以識(shí)別具有多個(gè)外顯子的基因。 搜索，篩選 ８、基因識(shí)別程序介紹 表 基因識(shí)別程序及訪問地址 （ HP—主頁； ES—Email服務(wù)器； WS—web服務(wù)器； CL—客戶 /服務(wù)器協(xié)議； EX—有可執(zhí)行代碼； SC—有源代碼） 表 各程序的性能比較（敏感性 (1)—被預(yù)測出的真實(shí)編碼核酸的 %； 敏感性 (2)—被正確識(shí)別出的編碼外顯子的 %； 特異性 (1)—預(yù)測出的編碼核酸為真實(shí)編碼核酸的 %； 特異性 (2)—預(yù)測出外顯子為真實(shí)外顯子的 %） ? 基因識(shí)別方法存在的問題和局限性： （ 1）關(guān)于基因的定義不明確 → 統(tǒng)一定義 （ 2）目前的方法僅僅識(shí)別蛋白質(zhì)編碼基因 → 轉(zhuǎn)錄信號(hào) （ 3）現(xiàn)有的許多方法僅檢測單個(gè)基因 → 部分基因、多重基因 （ 4）基于同源分析的方法是保守的 → 不可能發(fā)現(xiàn)新的基因 （ 5） 忽視關(guān)于基因結(jié)構(gòu)的生物學(xué)知識(shí) → 基因表達(dá)的真實(shí)分子機(jī)制 謝謝！
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