理學(xué)]3-1-蛋白質(zhì)分子設(shè)計-預(yù)覽頁
【正文】 體分子的人源化設(shè)計 抗體分子在導(dǎo)向藥物和很多疾病的治療中有明顯優(yōu)勢，但一般人們目前研究較多的鼠源性 抗體，它們在人體中會產(chǎn)生 免疫反應(yīng) 。 ?分子內(nèi)有兩對二硫鍵 ?酶的活性中心已經(jīng)確定 結(jié)構(gòu)分析得到的信息： ?Tyr24與 Asn84正對，二者的 Ca之間的距離為 ，滿足二硫鍵的特征（二硫鍵的 Ca的 平均距離： ），可能形成一個潛在的二硫鍵。 ? 在大腸桿菌中表達(dá)較難溶解，造成純化和生產(chǎn)的困難 ? 能否通過蛋白質(zhì)工程的辦法 ,提高其水溶性 ? 解決方法 ?利用鼠的干擾素 ?的晶體結(jié)構(gòu)預(yù)測了人的 干擾素 ?的空間結(jié)構(gòu)。 ?實驗結(jié)果 ?設(shè)計的 人的 干擾素 ?突變體的表達(dá)量大大提高，占到了總蛋白的 10%。 設(shè)計思路： ?模擬腫瘤壞死因子與兩種受體的相互作用情況，確定特異作用殘基，進(jìn)行突變。 模擬結(jié)果： ?Glu53與 R55的殘基有靜電作用，而與 R75沒有明顯的作用，故將 Glu53突變?yōu)閹д姾傻臍埢瑫档团c R55的作用，而不會對 TNF與 R75 的作用有影響。 選擇了兩種 TGFα3mSEA融合蛋白進(jìn)行結(jié)構(gòu)模建： mTSA 含長連接肽（ 8肽）的 TGFα3mSEA mTSB 含短連接肽（ 5肽）的 TGFα3mSEA 然后通過對兩種融合蛋白結(jié)構(gòu)的比較來確定連接肽長度。 mTSA（連接肽為 8肽的 TGFα3mSEA融合蛋白）空間結(jié)構(gòu) mTSB（連接區(qū)為 5肽的 TGFα3mSEA融合蛋白）的空間結(jié)構(gòu) TGFα3mSEA分子中 SEA與天然 SEA結(jié)構(gòu)的比較 TGFα3mSEA分子中 TGFα3與天然 TGFα結(jié)構(gòu)的比較 CA backbone Heavy mTSA 197。 197。 mTSB 197。 實驗驗證： ? 融合蛋白的表達(dá)、純化、活性測定工作由胥全彬博士完成。 B. pmTSA 。 ? 研究思路： ? 分析尿激酶原分子的結(jié)構(gòu)，尋找可能的插入位置。優(yōu)化采用 Modeler的有關(guān)程序進(jìn)行。 fibrinolytic specific activity determination of KGDWproUK mutant chimera. Standard proUK: 1IU,2IU,2IU。 CNTF的生物學(xué)功能 a、維持神經(jīng)元成活，誘導(dǎo)神經(jīng)元分化 b、 CNTF對肌肉的營養(yǎng)作用 c、 CNTF參與神經(jīng)損傷的修復(fù) d、 CNTF治療肥胖 分子設(shè)計采用的技術(shù)路線： 材料與方法 ? 本研究使用的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)（包括 CNTF、 IL6R及 IL6－ IL6R復(fù)合物的晶體結(jié)構(gòu)）取自蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫（ PDB）。所用的計算機(jī)是 SGI Origin 300圖形工作站。 CNTFCNTFRα復(fù)合物空間結(jié)構(gòu)的預(yù)測 復(fù)合物的結(jié)構(gòu)預(yù)測采用了 “ 結(jié)構(gòu)疊合 ” 加 “ 結(jié)構(gòu)優(yōu)化 ” 的辦法。優(yōu)化先用最陡下降法，后用共軛梯度法。 ? 圖中紫色部分代表的是 CNTF分子中Cα 原子所形成的骨架結(jié)構(gòu)。即 CNTF(A)：第 17位半胱氨酸變?yōu)榻z氨酸， 53位的丙氨酸變?yōu)槔i氨酸， 并去掉 C端的 16個氨基酸 ； CNTF(B)：第 17位半胱氨酸變?yōu)榻z氨酸，第 35位的蘇氨酸變?yōu)榈鞍彼?，?178位的苯丙氨酸變?yōu)槔i氨酸，并去掉 C端的 16個氨基酸 。 ? 采用 ，利用 CNTF蛋白對其的增殖效應(yīng)進(jìn)行檢測 。 盡管蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測和分子設(shè)計的現(xiàn)狀距離其最終目標(biāo)還很遙遠(yuǎn) ， 方法本身也正處于發(fā)展之中 ， 同時有很多的局限性 。
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