【正文】 用戶光標(biāo)指向圖形就會顯示分數(shù)跟比對數(shù)目：圖 綠線為序列與數(shù)據(jù)庫相似度最高區(qū)域，藍線為該區(qū)段與數(shù)據(jù)庫比對到的數(shù)目 綠線 藍線 (Basic Local Alignment Search Tool) 　 以圖 為例，在位置 780bp 的部分為核酸 A，比對到的序列有 50 條，這 50 條序列分數(shù)的加總 為 分。所有的設(shè)定都決定好了之 后只要按下右上方的 就會開始進行分析，此時下方的字段就會出現(xiàn)分析的進度，用戶可以 在同一個 BLAST 程序下面進行多重分析(圖 )，當(dāng)需要進行多次 BLAST 分析時，就不需要重復(fù)開 啟 NCBI 網(wǎng)頁：圖 在同一個 BLAST，可進行多次 BLAST 分析 當(dāng)分析結(jié)束后 Status 會顯示 Finished(圖 )，此時就可以點選分析結(jié)果，本章范例是同時將核酸 序列以 和 MEGABLAST 進行比對，在 Hit count 項目會顯示比對到的序列數(shù)目：圖 在 Hit Count 中顯示出比對到的數(shù)目 用戶分析的結(jié)果可以儲存在計算機中，只要打開左上方的 Search 項目就可以進行儲存，日后 BLAST 的結(jié)果可以直接打開，不需要再重新操作 BLAST 進行比對。一般 BLAST 搜尋只要使用 nr 數(shù)據(jù)庫就可以了。； ） tblastn 是指將使用者的胺基酸序列反轉(zhuǎn)譯成為核酸序列后再去和 NCBI 的核酸數(shù)據(jù)庫做比對，注 意這個項目之下會因 6 Frame Translation 的緣故出現(xiàn)六種不同的核酸序列。 　 用戶可以在 NTI 的附屬程序(圖 )下找到 BLAST Search：圖 使用附屬程序內(nèi)的 BLAST Search 工具 也可以從主程序上方 Tools 的項目進入(圖 )：圖 使用 Vector NTI 主程序開啟 BLAST Search 的功能 (圖 )，詢問使用者欲連結(jié)至哪一個服務(wù)器進行分析，使用 者只要點選上方的 NCBI BLAST Sever 就可以了，然后按下 OK 進入 BLAST 程序：圖 跳出詢問鏈接至服務(wù)器的窗口，選擇 NCBI BLAST Server 就可以 進入 BLAST 程序之后用戶可以看見一個操作的窗口，大致上會被分成兩個區(qū)塊(圖 )： 上方的字段是輸入使用者欲分析的序列；下方的字段是可以顯示分析的結(jié)果。 Multiplex PCR List：和 Add to Oligo List 功能差不多，只是直接把欲分析引子的序 列加入暫存窗口內(nèi)進行引子分析的功能(圖 )：圖 使用 Multiplex PCR List 分析的結(jié)果 ：此功能將在多重序列比對的部分再進行說明。 Amplify Selection：此功能和 Find PCR Primers 幾乎一樣，差別只是在于引子 的設(shè)計位置會落在用戶所選擇序列范圍端點跟端點的前后片段：圖 Amplify Selection 的設(shè)定 　 這個窗口(圖 )下使用者想要夾 400bp 到 800bp 的片段，引子的設(shè)計落點 會在這個范圍前后兩端，在 Before 跟 After 的選項用戶可以把引子的分析點從端 點的前后推進來進行分析（也可以不用設(shè)定，這樣子引子只會落在分析范圍的端 點內(nèi)） ，程序會分析出最佳的引子落點（大約涵蓋在端點序列前后部份） ，其他操 作方式和 Find PCR Primers 是相同的(圖 )。 　 NOTE： 在做引子設(shè)計的時候盡量減少 dimer 和 hairpin Loop 的產(chǎn)生， 因為 dimer 和 hairpin Loop 會降低使用者 PCR 的效率。Add to Oligo List 功能和 Add to Gel Sample List 功能類似，一樣會把引子數(shù)據(jù)暫存在窗口中，以便于進一步的分析。若要在引子兩端加入限制酶剪切序列 可以點選 ：圖 Find PCR Primers 進階設(shè)定，在引子兩端可加入限制酶剪切序列 　 使用者可以在下方 Attach to 5’terminus(圖 )點選 加入欲設(shè)定的限制酶 即可；上方 UserDefined Primers 的項目可以把在 Local Database 中現(xiàn)有的引子資 料直接使用。首先在主程序中用戶將 PCR 反應(yīng)的區(qū)段序列用光標(biāo)選取，接 著進入 Analyses→Primer Design(圖 )：圖 選取 PCR 反應(yīng)的區(qū)段，設(shè)計特定核酸引子 　 此項目可以提供用戶根據(jù)不同的實驗需求進行引子設(shè)計。 　 Add to Gel Sample List：這一項功能可以將用戶欲分析的電泳片段存取在一 個程序內(nèi)建的數(shù)據(jù)窗口，用戶可以利用此窗口進行快速存取，接口十分友善。使用者打開左邊的文件夾后，會見到 電泳分析的結(jié)果；右手邊膠片數(shù)字編號的部分，按下鼠標(biāo)右鍵后也可以見到電泳 分析的結(jié)果(圖 )：圖 打開左窗口的檔案，于右窗口得到電泳分析結(jié)果 　 使用者還可以計算被限制酶剪切的片段在膠片上分離的時間， 只要用鼠標(biāo)選 就可以了(圖 )： 取欲分析之片段，再按下 圖 剪切限制酶的片段，進行片段的電泳分析 　 電泳圖的顏色和線條可以進行編輯，用戶只要在左邊窗口(圖 、)中 選項進行編輯： 的文件夾按下鼠標(biāo)右鍵或是點選 圖 在文件夾按鼠標(biāo)右鍵，以編輯電泳圖的顏色或線條 圖 設(shè)定電泳圖的線條 ，使用者可以在 Local Database 里 面設(shè)定使用者自己的 Marker(圖 )：圖 選取自己數(shù)據(jù)庫的 Marker 　 用戶在 Local Database 的窗口(圖 )中點選 Gel Markers 選項，就可以自行 加入新的 Marker 檔案，用戶將 Marker 的數(shù)據(jù)設(shè)定好之后按下確定即可。點選 　 此窗口中用戶可以設(shè)定電泳的條件，例如電泳片的大小、種類、電壓、緩沖 液等；在左下角的 View Parameters 選項可以設(shè)定電泳運作的時間。選擇好之后按下 Calculate 程序就會顯示分析后的結(jié)果(圖 )：圖 利用 RELP 顯示出所選取的分析結(jié)果 　 　 窗口中 Create Gel 的項目往后會再進一步介紹。在主程序中，開啟上方 Analysis 選項進入 Restriction Analysis：圖 限制酶切位和切割后的片段分析 　 在 Restriction Sites 的選項中用戶可以設(shè)定欲分析的限制酶：圖 利用 Restriction Sites 選項設(shè)定欲分析的限制酶 　 在窗口的左邊是程序默認的限制酶(圖 )，欲進行調(diào)整可以點選 Remove 或 是 Remove All 移除。 　 Back Translation：此功能能夠幫助用戶把胺基酸序列反轉(zhuǎn)譯成為 DNA 序列， 使用者只要選取欲分析之片段，接著執(zhí)行 Analyses→Back Translation 即可，執(zhí)行 反轉(zhuǎn)譯功能后會出現(xiàn)一個新窗口(圖 )：圖 利用 Back Translation 將胺基酸序列反轉(zhuǎn)譯為 DNA 序列 　 窗口上方的序列是原本的胺基酸序列，下方是進行反轉(zhuǎn)譯后所產(chǎn)生之 DNA 序列，我們可以根據(jù)物種的不同來進行條件的設(shè)定，Translation Table 可以下拉選 擇物種。 　 Feature(圖 )：這個選項的功能和上述功能很接近，差別只是在于用戶可 以利用此功能直接轉(zhuǎn)譯序列中的某特定區(qū)段， 只要把光標(biāo)點選欲分析的區(qū)塊就可 以執(zhí)行此功能：圖 利用 Feature 工具，可以直接轉(zhuǎn)譯序列中所選取的部分 　　 CDS with Splicing：這個項目將在日后進行 Intron、Exon 分析時再進行更進 一步的說明。 　 如此一來我們就有一張漂亮的序列圖形，可以應(yīng)用在報告或論文寫作上了。所輸入的文字也可以進行相關(guān)的調(diào)整： 圖 為圖形增加文字批注 　 按下 OK 就會顯示在圖譜窗口上(圖 )， 所輸入的文字批注也會在文字窗口 中出現(xiàn)。我們要在序列標(biāo)示特定標(biāo)記時，先將光標(biāo)移至圖譜窗口，接著按下 指令會出現(xiàn)圖 ：圖 編輯圖形設(shè)定 　 在窗口中左邊是程序已經(jīng)內(nèi)建好的圖形， 每一個圖形代表著序列種種不同的 生物功能；右邊我們可以編輯圖形的范圍和命名，設(shè)定好以后按 OK 就可以了。圖譜 大小用 來放大縮小圖片，可以依照個人喜好調(diào)整。 ，可以進入上方 View 選項(圖 )：圖 使用 View 選項，改變主程序中窗口的位置 　 　最下面的三個指令( Change panes layout, Maximize Pane, Switch to standard layout )(圖 )可依個人喜好更改窗口的位置和排列方式。在主程序 Edit 項目下 Cut 和 Delete 這兩個指令也可以執(zhí)行刪除序列，操作方法同上。這時候可以將 Word 的字型和格式進行修改就可以修 正。學(xué) 會了文字編輯后，接下來我們發(fā)現(xiàn)序列的排列似乎不是很美觀，想要改變序列的 排列方式可以在序列窗口狀態(tài)下點鼠標(biāo)右鍵進入 Display setup，或是點 這時會出現(xiàn)下面指令(圖 )：圖 檢視工具 按鈕 　 點選 Sequence setup 項目后會出現(xiàn)： 　 我們可以在這個序列檢視工具 (圖 )之下設(shè)定各種的排列方式，底下的序 列窗口為一個預(yù)覽窗口，會依我們的設(shè)定而變動，將設(shè)定調(diào)整好后按 OK 就可以 了，如此一來就可以有一個整齊美觀的序列呈現(xiàn)在我們面前。 　 文字窗口會把我們所執(zhí)行的分析指令作一個簡單的描述整理， 以文件夾的型 態(tài)顯示，可以打開文件夾看個別的描述；其他敘述和說明則是在我們上一章所提 到，剪貼序列時操作窗口中可以設(shè)定的部分。 現(xiàn)在我們已經(jīng)將斑馬魚的基 因序列加載主程序中，接下來要如何處理文字和序列的編輯呢？ 匯入序列后將出現(xiàn)如圖 畫面：圖 一般接口操作指令 　 注意在紅色框線的那一排是窗口的一般操作指令，隨著光標(biāo)所在位置的不 這三個指令，分別代表著三 同，窗口所出現(xiàn)的指令也會不同。除此之外，當(dāng)我們把程序關(guān)閉時，程 序也會自動幫我們進行自動儲存的動作，可以避免我們忘記儲存的疏忽。之后要開 啟此數(shù)據(jù)時，只要進入 Local Database 后，在自己建立的文件夾下連續(xù)點兩下該 文件名就可以直接開啟。 　 接下來要建立屬于自己的數(shù)據(jù)庫了，以斑馬魚的基因序列為例，第一步在 后會在 Invitrogen vectors 下方出現(xiàn) ，會跳 DNA/RNA Molecules (圖 )的項目下點選 一個 Group1 的文件夾，可以自己改名。我們自身主機的數(shù)據(jù)庫叫做 Local Database，同時 NTI 提供了數(shù)據(jù)庫分享的功能，可以透過網(wǎng)絡(luò)和其他主機交換或 分享序列數(shù)據(jù)。加載序列最 直接的方式是從程序的左上角點選File→Open將序列檔案開啟，但是注意檔案必須為 GenBank/GenPept， EMBL/SWISSPROT 或FASTA、ASCII等格式，要在符合格式的 情況下才能順利開啟序列。這樣DNA molecules， proteins， enzymes， oligos，and gel markers 將組成NTI 的 數(shù)據(jù)庫，并出現(xiàn)下列三個窗口()。圖 Vector NTI 授權(quán)網(wǎng)絡(luò)設(shè)定，成功右下角會顯示 Connect OK ，在 Dynamic license 的頁面記得按下 Apply，最后在 Applications (圖 )把所有項目的 Demo mode 改成 Dynamic license。圖 授權(quán)設(shè)定 Applications 頁面中(圖 )，點選下面的 Dynamic 按鈕，上面四個字段請?zhí)?上使用者的姓名，系所單位，電話和電子郵件位置，最下面一欄 URL of DLS 請入以 下字符串： :8080/。第一章 安裝和執(zhí)行程序 第一章　安裝和執(zhí)行程序　 Vector NTI 目前為網(wǎng)絡(luò)版本，需要連到主機確認用戶權(quán)力后才能運作。 請下載下面這個檔案進行安裝 ，變更為自服務(wù)器取得授權(quán)的方式： →程序集→Invitrogen→Vector NTI Advance 10→License Manager(圖 )。圖 Vector NTI 授權(quán)網(wǎng)絡(luò)設(shè)定 　　 Test Connection，程序會自動聯(lián)機測試，如果在右邊的聯(lián)機結(jié) 果顯示 Connection OK(圖 )，就表示設(shè)定成功；如果顯示 Connection error，則 表示聯(lián)機不成功，如果有開啟防火墻/防病毒軟件，請關(guān)閉或調(diào)整設(shè)定后再試一次。圖 Vector NTI 主程序及附屬程序 各別開啟 主程序開啟 ，點選 OK。 　 　接下來就是將序列加載程序中，我們可以將實驗或是搜尋所獲得的序列數(shù)據(jù)放 進程序，本文將以一個針對斑馬魚基因篩選實驗所得到的序列作為范例。 NTI 的程序中會有一個內(nèi)建好的數(shù)據(jù)庫， 在 同時把 存盤的路徑預(yù)先設(shè)定在數(shù)據(jù)庫的位置之中。數(shù)據(jù)庫會因為序列的性質(zhì)不同而有不同的歸類， 想要看不同的類別可以在左上角選擇。 　 接著按 OK 后再按確定(圖 )，如此便建立好我們的序列數(shù)據(jù)了。 存檔：我們把序列加載主程序后要如何儲存？NTI 已經(jīng)默認檔案儲存路徑是指向 Local Database，只要按下 就可以存盤。 　接口基本操作本章介紹序列窗口和文字窗口的基本操作指令。在這三個指令后面的按鈕 則是該窗口可執(zhí)行的功能，此圖則是位于檢視圖譜窗口。圖 修改序列背景、字號和顏色 　 圖 是將其中一段的文字背景改成紫色，另一段的文字顏色改成紅色。 　 指令：這個指令可以直接將基因序列轉(zhuǎn)譯成胺基酸序列，轉(zhuǎn)譯出的胺基 (圖 )； 指令可以將胺基酸的序列反轉(zhuǎn)錄回基 因序列（序列必須為氨基酸） ，我們想要看基因轉(zhuǎn)譯的氨基酸序列時，只要用鼠 標(biāo)選取欲分析的片段后再按下 擊 析：圖 藍色區(qū)塊上方為斑馬魚海大基因序列進行轉(zhuǎn)譯后的結(jié)果 就可以了，若要消除轉(zhuǎn)譯分析的結(jié)果，可以單 按鈕就可以消除，下面的例子是選取一段斑馬魚的基因序列進行轉(zhuǎn)錄分 　 在序列編輯好以后， 如何將編輯好的序列輸出呢？我們只要點選 或是開 啟鼠標(biāo)右鍵點選 Camera 后會出現(xiàn)一個窗口(圖 )： ，來儲存序列 　　 　 我們可以選擇復(fù)制完整或部分的序列片段，若點選 file 可以直接將序列轉(zhuǎn)存 為文本文件；若是點選 Clipboard 我們就可以復(fù)制序列到其他的檔案下面，例如 Word、Power Point 等文件，選擇好格式后點選 Copy，之后，在其他的程序中按 貼上就可以輸出序列了，以下是輸出至 Word 檔的例子(圖 )：圖 將序列復(fù)制到