《蛋白質(zhì)組研究技術(shù)》ppt課件-全文預覽
【正文】 TOFMS做肽質(zhì)量指紋譜分析。操作時，將預分離的蛋白質(zhì)混合物放進聚焦室中，隨著等電聚焦電泳的進行，混合物中的蛋白質(zhì)根據(jù)各自的等電點不同而聚焦到相應的樣品室中并被分別收集 多間隔電離法示意圖 很難被分開： 商業(yè)化的 IPG膠條的 pH范圍通常在 310，等電點超過 10的蛋白質(zhì)很難被分開。 2. 2 膜蛋白 ? 膜蛋白是一些 疏水性 的蛋白質(zhì)，在常規(guī) 2DE的提取液中的 溶解度低 ，另外因聚焦而產(chǎn)生 濃縮、聚集 ，從而使得膜蛋白很 難融解并進入二向 SDSPAGE電泳 ，因此很難被檢測到 樣品預分離 （ prefractionation) 分步提取法 （ sequential extraction） ? 原理：蛋白質(zhì)的溶解度差異 ? 采用 3種不同的提取液 進行 分步提取 和 分別電泳 ；實際上是增加了 融解性能 不同的 第三維分離 多間隔電離法（ multipartment electrolyser） ? 實質(zhì)上是一種制備等電聚焦的方法。樣品經(jīng)過電荷和質(zhì)量兩次分離后，得到等電點和分子量的信息 、膜蛋白的檢測與樣品預分離 低豐度蛋白 ? 大部分的蛋白質(zhì)是低豐度的蛋白質(zhì)，而低豐度的蛋白質(zhì)往往是執(zhí)行重要生物功能的蛋白質(zhì) ? 密碼子偏性（ codon bias） :指生物體中編碼同一種氨基酸的同義密碼子的非均衡使用現(xiàn)象。移動過程中，蛋白分子可能獲得或失去質(zhì)子，并隨著移動的進行，該蛋白所帶的電荷數(shù)和遷移速度下降。第三章 蛋白質(zhì)組研究方法 Chapter 3 Research Methods in Proteomics 主 要 內(nèi) 容 ? 蛋白質(zhì)研究方法的概述 ? 大規(guī)模的蛋白質(zhì)分離技術(shù) ? 高通量蛋白質(zhì)鑒定技術(shù) 第一節(jié) 概述 一、蛋白質(zhì)組的研究遠比基因組的研究要復雜的多 ? 蛋白質(zhì)的數(shù)目遠大于基因的數(shù)目： 基因的拼接和翻譯后修飾 ? 蛋白質(zhì)是動態(tài) /基因是相對靜態(tài)的 ? 氨基酸種類遠多于核苷酸種類 ? 技術(shù)手段上： 基因研究有 PCR、 DNA自動測序技術(shù)、 DNA微陣列技術(shù)等；蛋白質(zhì)沒有相匹配的技術(shù) DNA 蛋白質(zhì) 檢測水平 /靈敏度 可用 PCR技術(shù)擴增 檢測限約為 30個拷貝 /樣本 無法被擴增 檢測方法 高度特異 DNA與其互補序列（ DNA/RNA）的雜交能力使得 DNA很容易固相化在靶上并用熒光探針檢測。 三、蛋白質(zhì)組研究步驟 ? 2D電泳 ? 高效柱層析分離蛋白質(zhì) ? 氨基酸組成分析、 C端或 N端氨基酸序列分析及 MS鑒定所分離的蛋白質(zhì) ? 生物信息學數(shù)據(jù)庫對鑒定結(jié)果進行存儲、處理、對比和分析 蛋白樣品的 IEF和 PAGE電泳分離 生物學問題的提出 實驗模型的設計 實驗組和對照組樣品的制備 圖像掃描和初步分析 感興趣蛋白點的切取 胰酶對脫色后蛋白質(zhì)的消化 質(zhì)譜的多肽指紋圖、微測序分析 質(zhì)譜結(jié)果的生物信息學分析和比對 新蛋白質(zhì)的發(fā)現(xiàn) 其它實驗的進一步驗證 蛋白信息的初步獲得 蛋白質(zhì)組研究策略 蛋白質(zhì)組研究的基本技術(shù)路線 凝膠中的蛋白膠上原位酶切 蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫 蛋白質(zhì)樣品的制備（細胞、組織、體液） 雙向電泳 圖像分析、數(shù)據(jù)處理 電轉(zhuǎn)印至膜上的蛋白 混合肽 氨基酸分析、氨基酸組成 Edman降解、N端測序 肽序列標簽 肽質(zhì)量指紋圖 數(shù)據(jù)庫檢索 蛋白質(zhì)鑒定 MALDITOFMS ESIMSMS 寡核苷酸合成 基因 蛋白實驗 蛋白活性 免疫組化 蛋白定位 抗體 肽合成 四、新的蛋白質(zhì)組研究技術(shù) ? 定量蛋白質(zhì)組學研究：同
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