【正文】 管理軟件 可選遠(yuǎn)程服務(wù)器管理軟件 其他特點 工作環(huán)境溫度 工作 (系統(tǒng) ):5176。 BLASBech是使用 C語言來調(diào)用 BLAS（使用 Fortran 寫的）的程序，并且它能夠動態(tài)的分配我們的內(nèi)存。其中矩陣與矩陣已經(jīng)在上面的 LinPach測試中看見了。當(dāng)然你也可以改變，你可以在 Makefile文件里面修改。這個測試主要是得到我們 C庫中執(zhí)行 Memset（）函數(shù)的效能。在這個程式中 會有兩次內(nèi)存的操作，第一次是從 memory/cache 中讀取我們的數(shù)據(jù)到 register 中，第二次是將register的數(shù)據(jù)寫入到我們的 cache中。它通過讀取 Cache中的數(shù)據(jù)到 register中 Cache Write 這個程式和 Read類似，它通過指定的循環(huán)寫入不同向量長度的包，以便測試我們的 Cache寫入數(shù)據(jù)的帶寬。它的目標(biāo)是獲得系統(tǒng)的 Cache性能的最優(yōu)參數(shù)。了解這個瓶頸有利于在設(shè)計 MPI程序時避免這些開銷。它向每個節(jié)點發(fā)送一個數(shù)據(jù)鏡像，我們可 以通過這個測試了解數(shù)據(jù)廣播包的發(fā)送性能 AlltoAll 使用 Broadcast 方法來實現(xiàn)每個節(jié)點到每個結(jié)點之間的傳送數(shù)據(jù)。它使用的方法和 Bandwidth 很類似，唯一不同的是在Roundtrip中 slave進(jìn)程收到消息后不再是發(fā)送 4個位的數(shù)據(jù)給 master，而是直接把接到的數(shù)據(jù)回傳回去。測試兩端都使用 nonblocking的方式來接收（無阻塞方式）和發(fā)送。雖然最好值取決于系統(tǒng)的計算 /通信性能比，但有代表性的良好塊規(guī)模是 32到 256個間隔。 Rmax: 在 Nmax規(guī)定的問題規(guī)模下，達(dá)到的最大 GFLOPS。 使用基準(zhǔn)測試一般需要和收集的信息包括： R: 它是系統(tǒng)的最大的理論峰值性能，按 GFLOPS表示。 (一般針對于SMP來說 ) HPL與其前輩不同，因為，使用者可以選擇矩陣的規(guī)模（問題規(guī)模）。 HPL版 Linpack一般用于 TOP500超級計算機站上的并列式超級計算機。 Linpack使用幾個線性代數(shù)方程，使用高 斯消元法在分布式內(nèi)存計算機上按雙精度 (64 bits)算法，測量解線性方程的密集系統(tǒng)所需的時間。一般來說比較合理的實際峰值都只有理論峰值的百分之四十到五十左右，而且這樣的情況也是在同構(gòu)的平臺下才能得到這樣的效果。測試包括 High Performance Linpack (HPL)與 LLCBench(Low Level Architectural Characterization Benchmark Suite)兩個方面。那我們可能以通過指令 clusterfork ps – U$USER 完成，系統(tǒng)會在當(dāng)前節(jié)點順序列出每一個節(jié)點的節(jié)點名稱及工作狀況。 服務(wù)器端的安裝： 使用 BASE ROLLS CD 引導(dǎo)系統(tǒng)，在安裝過程中可以設(shè)置集群系統(tǒng)的基本信息如集群名稱、網(wǎng)絡(luò)參數(shù)及分區(qū)大小等，而集群并行環(huán)境、計算用的數(shù)學(xué)庫等集群系統(tǒng)參數(shù)則會通過預(yù)先設(shè)置優(yōu)化好的大量的安裝腳本自動完成。在版本方面，視不同的硬件有 i38 X8664及 IA64三個版本；目前總版本號為 VERSION 。 交換機在集群計算過程中承擔(dān)著重要的數(shù)據(jù)交換功能，是集群計算性能的重要影響因素，我們建議采用 1000M交換機，可選品牌有華為 3Com、 Sisco。 龐大的的開發(fā)團(tuán)隊 ROCKS CLUSTERS 龐大的開發(fā)團(tuán)隊包括 NPACI 自身、 San Diego Superputer Center,UCSD(加 8 / 23 利福尼亞圣迭戈分校超級計算機中心 )、 Millennium Group at UC Berkeley(位于加利福尼亞伯克利大學(xué)的開發(fā)團(tuán)隊 )、 Scalable SystemsPte Ltd in Singapore(新加坡可升級系統(tǒng)有限公司以及 OpenSCE in Thailand(泰國開放式可升級集群開發(fā)環(huán)境 )等。首先有來自最球最大的處理器生產(chǎn)商的大力支持，專為 CLUSTER高性能計算開發(fā)的一系列套件： intel mpi并行環(huán)境、 intel mkl數(shù)學(xué)函數(shù)庫、 TOTALVIEW、 MPI DEBUG工具等。 ROCKS CLUSTERS 對于故障節(jié)點的管理思想是，在硬件修復(fù)完成后，此節(jié)點只需接入集群網(wǎng)絡(luò)即會自動完成文件的下載與安裝，無需人為干預(yù)。 ROCKS CLUSTERS 以性能優(yōu)秀、成熟和穩(wěn)定的 REDHAT ADVANSCE SERVER為開發(fā)基礎(chǔ)，完全按照我們所介紹的 SMP集群的分布式架構(gòu)進(jìn)行開發(fā)。 7 / 23 其次，方案中整體的散熱系統(tǒng)的考慮。 輔助系統(tǒng)： 另外，為保證系統(tǒng)使用壽命、穩(wěn)定性和長時間的正常運轉(zhuǎn)，以下幾個方面的設(shè)備也是須謹(jǐn)慎對待的。整個運算過程中，主控節(jié)點控制整個系統(tǒng)，負(fù)責(zé)分派任務(wù)，為從節(jié)點機提供文件服務(wù)和對外的網(wǎng)絡(luò)連接；同時也是計算節(jié)點。 系統(tǒng)建設(shè)拓?fù)鋱D： 軟件系統(tǒng)： 基于集群架構(gòu)的要求，在軟件系統(tǒng)方面，我們建議以 NPACI ROCKS CLUSTER來組建我們的高性能 計算集群。 交換能力達(dá)到 1Gbps的以太網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)。 光電材料、凝聚態(tài)理論計算。這種混合編程模式充分利用了內(nèi)存共享和信息傳遞機制的特點，被公認(rèn)為是最有效的編程模式。 大量成熟而各具特色的集群軟件，如 ROCKS CLUSTERS、 OPENMOSIX、 OSCAR等。在這里我們叫它作節(jié)點，這些節(jié)點均使用它的網(wǎng)絡(luò)接口連接到互連網(wǎng) 絡(luò)，并通過網(wǎng)絡(luò)通信。這就制約了它的進(jìn)一步的發(fā)展。在這個系統(tǒng)中，處理器是以系統(tǒng)總線、交叉開關(guān)或其它專有網(wǎng)絡(luò)與內(nèi)存連接在一起。但如果考慮到采用大規(guī)模生產(chǎn)的商用計算機和同樣是大規(guī)模生產(chǎn)的商用 LAN及 ATM網(wǎng)絡(luò)來制造的話，主要都是如下兩種架構(gòu)。 高性能計算機集群簡介 簡單的說，高性能計算 (HighPerformance Computing)是計算機科學(xué)的一個分支，它致力于開發(fā)超級計算機，研究并行算法和開發(fā)相關(guān)軟件。 圖 1. 幾種計算機系統(tǒng)的可擴(kuò)展性 集群系統(tǒng)的優(yōu)點并不僅在于此 ， 下面列舉了集群系統(tǒng)的主要優(yōu)點： 1. 高可擴(kuò)展性：如上所述。但是當(dāng) CPU 的個數(shù)超過某一閾值，象 SMP這些多處理機系統(tǒng)的可擴(kuò)展性就變 得 極差。 對集群的研究起源于集群系統(tǒng)的良好的性能可擴(kuò)展性 (scalability)。并且集群系統(tǒng)的管理員可以隨意增加和刪改集群系統(tǒng)的節(jié)點。陣列柜產(chǎn)品主流有 SCSISATA、 SCSISCSI、 FCSATA和 FCFC等型號，應(yīng)用較廣的有 SCSISATA、 SCSISCSI，這也是我們構(gòu)建集群系統(tǒng)的所應(yīng)用的主流產(chǎn)品，性價比 相對較高。 專業(yè)的產(chǎn)品結(jié)構(gòu) 正特科技專注于服務(wù)器和存儲業(yè)務(wù)，為客戶提供最高性價比的服務(wù)器和存儲整體解決方案。 同時我們還是 Intel 華南區(qū)服務(wù)器業(yè)務(wù)核心合作伙伴， Supermicro服務(wù)器產(chǎn)品華南及西南區(qū)總代，微星服務(wù)器產(chǎn)品華南區(qū)總代，清華同方服務(wù)器中南區(qū)核心分銷商、清華同方磁盤陣列柜華南區(qū)獨家分銷商， Arena磁盤陣列柜核心代理商， Adaptec 中國區(qū)核心代理商， Seagate \ Maxtor授權(quán)代理商。目前正特科技已發(fā)展為華南地區(qū)知名的服務(wù)器和存儲解決方案供應(yīng)商之一，擁有自主品牌的“五舟”服務(wù)器和存儲產(chǎn)品。 我們的用戶群遍布各行各業(yè)，如電信（廣州電信、佛山電信）、教育（中山大學(xué)、暨南大學(xué)、華南師范大學(xué)、華工圖書館、荔灣教育局、清遠(yuǎn)教育局）、電視臺（廣東電視臺、廣州電視臺、珠海電視臺、廣州廣播電臺）、醫(yī)院（廣東醫(yī)學(xué)院附屬第二醫(yī)院、中山二院、湛江市農(nóng)墾醫(yī)院）、報社（廣州日報社、羊城晚報）、金融（省人民銀行、省建行）、郵電（省郵政儲匯局、廣州中心郵局、茂名郵局）、交通（省交通 集團(tuán)結(jié)算中心、廣惠公路）、石油（中海油西部）、電力（廣電集團(tuán)）等行業(yè)。 存儲產(chǎn)品有基于 DAS、 NAS、 SAN等不同的技術(shù)的產(chǎn)品線，如磁盤陣列柜、基于 Lunix技術(shù)的 NAS、光纖存儲網(wǎng)絡(luò)架構(gòu)的 SAN。一個理想的集群是，用戶從來不會意識到集群系統(tǒng)底層的節(jié)點，在他 /她們看來，集群是一個系統(tǒng)，而非多個計算機系統(tǒng)。直到 Linux集群的出現(xiàn)，集群的概念才得以廣為傳播。接著人們通過增加 CPU個數(shù)和內(nèi)存容量來提高性能，于是出現(xiàn)了向量機 、 對稱多處理機 (SMP)等。圖 1顯示了這 種 情況。 4. 高性價比：可以采用廉價的符合工業(yè)標(biāo)準(zhǔn)的硬件構(gòu)造高性能的系統(tǒng)。 5 / 23 影響高性能計算機系統(tǒng)分類的因素有很多，所以從不 同的分類標(biāo)準(zhǔn)得出的高性能集群計算機的系統(tǒng)架構(gòu)也各不相同。所以這種系統(tǒng)叫做一致內(nèi)存存取系統(tǒng)，或叫 SMP（對稱多處理計算機系統(tǒng)）系統(tǒng)。另一方面，它的可拓展性相對較差，一般如果處理器的數(shù)量超過四個，那它的制造成本就會變得相當(dāng)可觀。這種系統(tǒng)的每一個處理器和它的內(nèi)存空間構(gòu)成一個獨立的系統(tǒng)，由一個操作系統(tǒng)控制，可以獨立運行。 可使用成熟通用的 LINUX操作系統(tǒng)作為軟件平臺。在 這種模式下，節(jié)點內(nèi)的處理器利用共享內(nèi)存進(jìn)行通信，位于不同的節(jié)點的處理器在節(jié)點之間利用信息傳遞機制進(jìn)行通信。主要用于以下 3個方面的計算： 粒子物理及規(guī)范場方面的大規(guī)模計算。 系統(tǒng)建設(shè)目標(biāo)： 理論浮點計算能力要求達(dá)到 192GFlops。 任用 INTEL的 MPI及 MKL庫。 硬件系統(tǒng)： 在硬件系統(tǒng)方面，主節(jié)點和從節(jié)點均采用五舟 HPC－ 520R這一專門為 HPC應(yīng)用設(shè)計的機型。同時采用高質(zhì)量的交換機及雙絞電纜，以保證數(shù)據(jù)交換的低延時和穩(wěn)定性。另外，為防止雷 電對系統(tǒng)設(shè)備造成的損壞，添加后備電源也是一個不錯的主意。 中山大學(xué)物理系理工學(xué)院集群軟件介紹 基于分布式運算的觀點，在此方案中我們推薦使用 ROCKS CLUSTERS，一個 NPACI(美國高級計算基礎(chǔ)設(shè)施合作委員會 )負(fù)責(zé)開發(fā)的集群系統(tǒng)。這里體現(xiàn)的不是一個簡單的功能整合，而是融合了開發(fā)小組對于軟件與硬件方面的優(yōu)化。 豐富的應(yīng)用軟件