quantityone-說明(文件)
【正文】 nds進行一些處理，然后就可以進行最終的結果分析了。此時我們很難通過會自等高線的辦法精確的描繪出每條Band獨立的輪廓。 提示: 高斯建模必須建立在有效的泳道背景去除之后。另外高斯建模并不是一個必須的步驟。請鉤選“One”，然后再輸入需要建模的泳道代碼就可以了（比如下圖中的第2泳道）；如果選擇了“All”則對所有泳道進行高斯建模，當然建模這么多泳道會費一點時間了。這個數(shù)據表示的就是Band光密度分布曲線下面積，也就是Quantity One用來表達Band內分子總量的方式。 下面讓我們回過頭來看看高斯建模之后電泳圖片的分析結果到底發(fā)生了什么變化。還是在相同位置，這時代表第2泳道第6個Band的黃色光密度曲線是不是呈完整的高斯對稱了？而且后面的“Gauss Model Trace”也不再是“”，而變成了“ OD”，對比上面的“Trace”= OD，大家想想為什么要大一些呢？ 前面我們和大家學習了用Quantity One進行電泳條帶定量的基本方法。 分子量預測：首先大家必須知道的是分子量的預測是建立在泳道和條帶都已經創(chuàng)建好的基礎上。在已經創(chuàng)建好泳道和條帶的圖片上，執(zhí)行“MatchStandard”命令，在彈出的“Select Standards”選項卡中選擇一個合適的marker。例如上圖中200KD就移動到第15泳道的200KD的位置，以此類推，將每個Marker都標記上相應的數(shù)字。 上面說明說過，在Band Information中除了“trace”和“gauss model trace”以外我們還有幾個項目沒有填入數(shù)據。只不過這里我們用已知Band的物質的量做為Marker，就像用5ul的DL2000跑電泳，每條Band含50ng的雙鏈DNA。點擊“Measure”按鈕后可以選擇“Trace Density”、“Contour Density”、“Peak Density”和“Average Density”。您可以多點選幾個作為Marker的Bands（至少3個，多多益善），然后回到“Quantity Standards”框。到此我們的軌跡法定量終于告于一個段落了。大家可以在以后的學習中自己實踐。首先打開您的電泳照片，不用任何泳道或者條帶識別步驟，直接執(zhí)行“VolumnVolumn Contour Tool”，將變成綠色加號的鼠標指向您感興趣的Bands，在Bands的外圍輕輕點擊一下，Quantity One會為您自動描繪出這個band的等高線輪廓范圍。Quantity One有一個很明顯的缺點就是“Edit”工具中居然沒有“Undo”的選項！如果我們對圈定的等高線不滿意而又不能使用“Undo”怎么辦？可以用鼠標指向我們想刪除的Band，然后用“Del”鍵刪除。 提示: 在“Volumn Report Options”中大家注意一個參數(shù)“Backgroud Substruction Method”。這樣一來您就可以直接在“VolumnVolumn Analysis Report”得到真實的定量值了。圈定后雙擊該區(qū)域，在彈出的“Volumn Properties”選項中選擇該區(qū)域作為“Backgroud”），這時您最好選擇“Globe”方式；如果您沒有選擇一塊區(qū)域作背景則選擇“l(fā)ocal”方式做背景去除。執(zhí)行“VolumnVolumn Analysis Report”，在彈出的“Volumn Report Options”選項卡中選擇你感興趣的項目，然后按“Done”按鈕，在隨后的報告單中就會顯示出關于你圈定的Band的相關信息了。這些工具都可以用來圈定Band的范圍。他的好處和壞處最前面已經有過闡述，請大家斟酌使用。不過大家如果會用Quantity One提供的“Automation manager”就可以把前面的繁瑣程序一步搞定了。后面的“Dilution factor”項可暫時不管；其他兩項“Lane”和“Match”主要用來一次性填入一條泳道上所有的Bands的標記，填寫方法類似“Band”。 3.“Select”：在“Select”后面有三個選項，Band、Match、Lane。重要的信息包括： 1.“Units”：指作為marker的物質的量的單位，例如ng，ug，mg等等。剛才我們已經學習了如何預測分子量，大家現(xiàn)在再用“BandBand Information”命令看看您感興趣的Band，是不是“”已經被填上數(shù)字了？現(xiàn)在只剩下“Quantity/Unit”，讓我們開始學習如何測定具體的定量值（原來測定的僅僅是光密度值和Band之間的物質的量的比，而沒有落實到具體的實際數(shù)字）。 如果您有多條Marker泳道，您可以再多表記幾條以提高軟件預測的準確性。如下圖在“Standard”中輸入一個名稱，然后在下面的表格中輸入各個Marker的分子量和名稱。當然如果我們能夠在一次電泳中多跑幾條不同分子量成分的marker，必然能夠提高我們預測的準確性。這個功能對于蛋白質而言是分子量預測，對于核酸而言就是核酸大小的預測了。這是因為它一部分和鄰近的Band相互融合在一起了。 提示: Quantity One有一點讓人感到很不明白。方法是將變成藍色驚嘆號的鼠標移到剛才已經識別的Band的部位，一個詳細的“Band Information”信息框就會立刻彈出來（見下圖）。如果Bands在泳道上松散的分布則可以不使用高斯建模。去除背景的時候最好選擇Rolling Disk Size小一些的方案。Quantity One
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