【正文】 床實(shí)驗(yàn)室應(yīng)該（i）確定數(shù)據(jù)庫(kù)更新的頻率，數(shù)據(jù)策劃是否得到支持，以及使用什么方法進(jìn)行策劃。 當(dāng)使用人類數(shù)據(jù)庫(kù)時(shí)，必須確定是使用健康隊(duì)列還是疾病隊(duì)列，如果可能，還應(yīng)確定最好包括家庭中的一個(gè)以上個(gè)體以及符合受試者的年齡范圍。 數(shù)據(jù)庫(kù)可用于收集信息，但應(yīng)謹(jǐn)慎使用。 和（iii）推薦使用術(shù)語“致病性”而不是“影響功能”，因?yàn)榕R床解釋通常直接評(píng)估致病性。 然而，實(shí)驗(yàn)室應(yīng)該評(píng)估突變對(duì)所有臨床相關(guān)轉(zhuǎn)錄物的影響，包括在這些區(qū)域中已知的突變?cè)谂R床上可解釋時(shí)含有額外的外顯子或擴(kuò)展的非翻譯區(qū)的替代轉(zhuǎn)錄物。轉(zhuǎn)錄應(yīng)代表最長(zhǎng)的已知記錄和/或最臨床相關(guān)的記錄。基因組坐標(biāo)或一個(gè)涵蓋整個(gè)基因的基因組參考序列(包括539。臨床報(bào)告應(yīng)包括序列參考，以確保在DNA水平上對(duì)突變進(jìn)行明確的命名，以及提供編碼蛋白質(zhì)命名法以協(xié)助功能性解釋（例如，“g.”，用于基因組序列，“c.”，用于編碼DNA序列，“p.”用于蛋白質(zhì)，“m.”用于線粒體）。命名方法推薦通過一組標(biāo)準(zhǔn)化標(biāo)準(zhǔn)通知的統(tǒng)一命名法，以確保明確指定突變，并能夠有效共享和下游使用基因組信息。還應(yīng)該指出，目前，大多數(shù)疾病具有異質(zhì)性，大多數(shù)突變沒有數(shù)據(jù)來支持對(duì)五個(gè)類別中的任何一個(gè)的突變確定性的定量分配。雖然術(shù)語“可能”沒有定量定義，但在某些突變分類設(shè)置中已經(jīng)提出了指導(dǎo)。還應(yīng)該指出。 因此，建議將兩個(gè)術(shù)語用術(shù)語“突變”替換為以下修飾物：（i）致病性，（ii）可能的致病性，（iii）不確定的意義，（iv）可能良性或（v）良性。我們期望隨著技術(shù)和知識(shí)的改進(jìn)，這種突變分類方法將會(huì)發(fā)展。應(yīng)該指出的是，雖然大多數(shù)答復(fù)者都贊成一個(gè)積分制，但工作組認(rèn)為，為每個(gè)標(biāo)準(zhǔn)指定具體要點(diǎn)意味著對(duì)目前不支持科學(xué)評(píng)估的每個(gè)標(biāo)準(zhǔn)的定量水平的理解，并沒有考慮到解釋遺傳證據(jù)的復(fù)雜性。2013年11月，工作組在AMP會(huì)議上與50多名與會(huì)者舉行了研討會(huì)，介紹了修訂的分類標(biāo)準(zhǔn)和兩個(gè)潛在的評(píng)分系統(tǒng)。此外，對(duì)具有最常見類型證據(jù)的突變的典型示例進(jìn)行了分類分配，以確保系統(tǒng)根據(jù)工作組成員當(dāng)前應(yīng)用的方法對(duì)這些突變進(jìn)行分類。 調(diào)查結(jié)果和公開論壇表明，（i）使用“致病性”，“可能致病性”，“不確定性意義”，“可能良性”和“良性”這五個(gè)術(shù)語系統(tǒng)是首選的，已經(jīng)在大多數(shù)實(shí)驗(yàn)室使用，以及（ii）工作組的首次努力應(yīng)著重于孟德爾病和線粒體突變。為了評(píng)估臨床實(shí)驗(yàn)室的意見，要求輸入術(shù)語偏好和評(píng)估變異分類的證據(jù)。 我們對(duì)任何給定序列突變的臨床意義的理解是循序漸進(jìn)的，其范圍從那些幾乎肯定是疾病致病性突變到幾乎肯定是良性的突變。 臨床遺傳檢測(cè)。本報(bào)告建議使用具體的標(biāo)準(zhǔn)術(shù)語 “致病性”，“可能致病性”，“不確定性意義”，“可能良性”和“良性”來描述在導(dǎo)致孟德爾病癥的基因中鑒定的突變。在這方面，ACMG于2013年召集了一個(gè)由ACMG，分子病理學(xué)協(xié)會(huì)（AMP）和美國(guó)病理學(xué)家學(xué)會(huì)的代表組成的工作組，重新審視和修訂了序列突變解釋的標(biāo)準(zhǔn)和準(zhǔn)則。ACMG全外顯子測(cè)序指南摘要：美國(guó)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)與基因組學(xué)學(xué)會(huì)（ACMG），隨著高通量測(cè)序的出現(xiàn)，測(cè)序技術(shù)迅速發(fā)展。該組由臨床實(shí)驗(yàn)室主任和臨床醫(yī)生組成。此外，該建議描述了基于使用典型類型的突變證據(jù)（例如，群體數(shù)據(jù)，計(jì)算數(shù)據(jù)，功能數(shù)據(jù)，分離數(shù)據(jù)）的標(biāo)準(zhǔn)將突變分類為這五個(gè)類別的過程。 解釋；報(bào)告。 雖然以前的美國(guó)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)和基因組學(xué)會(huì)（ACMG）的建議提供了序列突變的解釋類別和解釋算法。實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)經(jīng)驗(yàn)包括罕見疾病以及藥物基因組學(xué)和體細(xì)胞癌檢測(cè)。在第一次調(diào)查中，實(shí)驗(yàn)室也被要求提供突變?cè)u(píng)估方案，11個(gè)人分享了他們的方法。第二次調(diào)查于2013年8月發(fā)送給那些相同的通過GeneTests確認(rèn)的實(shí)驗(yàn)室，以及通過AMP的約2,000個(gè)成員，以及提出的分類方案和詳細(xì)的補(bǔ)充描述如何使用每個(gè)標(biāo)準(zhǔn)的實(shí)驗(yàn)室。一個(gè)系統(tǒng)與這里提出的方法一致，另一個(gè)系統(tǒng)是一個(gè)點(diǎn)系統(tǒng)，其中每個(gè)標(biāo)準(zhǔn)給出了一些點(diǎn)，為病原標(biāo)準(zhǔn)指定積極點(diǎn)和良性標(biāo)準(zhǔn)的負(fù)點(diǎn)，從而對(duì)所以突變的分類進(jìn)行了定義。工作組還對(duì)來自其他專業(yè)社會(huì)和工作組的建議進(jìn)行了評(píng)估，其中已經(jīng)制定了乳腺癌，結(jié)腸癌和囊性纖維化中良好基因的變異分類指南。我們還應(yīng)該注意，在特定疾病組中工作的那些人應(yīng)該繼續(xù)制定關(guān)于特定基因中突變分類的更集中的指導(dǎo)，因?yàn)橘x予某些標(biāo)準(zhǔn)的適用性和重量可能因基因和疾病而異。 雖然這些修飾劑可能不涉及所有人類表型，但是它們包括與本指南中所述的與孟德爾病有關(guān)的突變的五級(jí)分類系統(tǒng)。推薦用于拷貝數(shù)突變的模式，同時(shí)包括五個(gè)層次，使用“不確定的臨床意義 可能致病性“和”不確定的臨床意義 可能良性“。然而，在ACMG公開論壇期間對(duì)協(xié)會(huì)的調(diào)查顯示，“可能”一詞的用途范圍更廣泛。 希望隨著時(shí)間的推移，將會(huì)開發(fā)客觀地將變異的致病性信心的實(shí)驗(yàn)和統(tǒng)計(jì)學(xué)方法開發(fā)出來，并且采用更加嚴(yán)格的方法來定義臨床協(xié)會(huì)在信心方面的期望，將更充分地說明術(shù)語和可能性。 標(biāo)準(zhǔn)基因變異命名法（）由人類基因組變異學(xué)會(huì)（HGVS）7維護(hù)和版本化，其使用被推薦作為確定變異命名法的主要準(zhǔn)則，除非另有說明。應(yīng)使用ATG翻譯起始密碼子的“A”作為位置號(hào)1來描述編碼術(shù)語。和339。學(xué)會(huì)支持的參考文獻(xiàn)通常可以通過Locus Reference Genomic10， Consensus CDS數(shù)據(jù)庫(kù)，11人基因突變數(shù)據(jù)庫(kù)（：//。并非所有類型的突變（例如，復(fù)雜突變）都被HGVS建議所涵蓋，,12。文獻(xiàn)資料庫(kù)的使用大量數(shù)據(jù)庫(kù)包含在人類基因組中不斷發(fā)現(xiàn)的越來越多的突變。人類數(shù)據(jù)庫(kù)（表1）可用于獲取大群體變異頻率。疾病數(shù)據(jù)庫(kù)（表1）主要包含在患有疾病的患者中發(fā)現(xiàn)的突變并評(píng)估突變的致病性。 （ii）確認(rèn)使用HGVS命名并確定用于命名突變的基因組構(gòu)建和轉(zhuǎn)錄物參考。 使用較舊的術(shù)語和分類或基于單次觀察的文獻(xiàn)應(yīng)謹(jǐn)慎使用。 這可能會(huì)錯(cuò)誤地導(dǎo)致受影響患者的重復(fù)計(jì)數(shù)和變異頻率的虛假增加。 鼓勵(lì)臨床實(shí)驗(yàn)室對(duì)諸如ClinVar等突變數(shù)據(jù)庫(kù)做出貢獻(xiàn)，包括用于變異分類的臨床斷言和證據(jù)，以幫助持續(xù)了解人類變異的影響。 標(biāo)準(zhǔn)化將更容易獲得更新的信息，并便于臨床實(shí)驗(yàn)室提交。 這些工具主要的兩個(gè)類別包括那些預(yù)測(cè)錯(cuò)誤變化是否損害所得蛋白質(zhì)功能或結(jié)構(gòu)的工具，以及預(yù)測(cè)是否對(duì)剪接有影響的工具（表2）。有幾項(xiàng)努力評(píng)估了可用的預(yù)測(cè)軟件的性能，以便將它們相互比較，并評(píng)估其預(yù)測(cè)“已知”。雖然許多不同的軟件程序使用不同的算法進(jìn)行預(yù)測(cè)，但它們的基礎(chǔ)有相似之處。 然而，這些只是預(yù)測(cè)，并且應(yīng)該仔細(xì)地實(shí)施它們?cè)谛蛄型蛔兘忉屩械氖褂谩?在外來組織或基因組研究的背景下，將這些規(guī)則應(yīng)用于候選基因（“不確定的基因”（GUS））時(shí)，必須注意，因?yàn)楸局改喜⒉恢荚跐M足研究界在確定疾病中的新基因的需要。致病性檢測(cè)應(yīng)獨(dú)立于在給定患者中解釋疾病的原因。 它們可能導(dǎo)致較大比例的突變被歸類為不確定的意義。每個(gè)致病標(biāo)準(zhǔn)被稱為非常強(qiáng)（PVS1），強(qiáng)（PS14）。然后根據(jù)表5中的評(píng)分規(guī)則組合標(biāo)準(zhǔn)，從五層系統(tǒng)中選擇分類。例如，如果一個(gè)反式突變（在反式染色體上）的檢測(cè)值是在其他致病性突變檢測(cè)突變的數(shù)倍（參見PM3 BP2順式/反式檢驗(yàn)進(jìn)一步指導(dǎo)），則PM3可以升級(jí)為強(qiáng)。請(qǐng)注意，在評(píng)估全部證據(jù)以解釋突變證據(jù)強(qiáng)度的差異時(shí)，必須采用專家判斷。1或2個(gè)剪接位點(diǎn)，起始密碼子，單個(gè)外顯子或多重缺失突變）通過缺少轉(zhuǎn)錄而導(dǎo)致完全不存在基因產(chǎn)物來破壞基因功能或無義介導(dǎo)的衰變導(dǎo)致轉(zhuǎn)錄物的改變。（ii） 患者具有與中祖輩相一致的疾?。ɡ?，未受影響顯性遺傳病的父母）。 PS3 BS3功能研究功能研究可以成為支持致病性的有力工具。 為了評(píng)估功能測(cè)定的有效性，人們必須考慮功能測(cè)定反映生物環(huán)境的程度。在臨床實(shí)驗(yàn)室改進(jìn)修訂實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的測(cè)試或市售試劑盒中的測(cè)定中，這些因素得到緩解。 這可以通過搜索公開的人口數(shù)據(jù)庫(kù)（例如，1000個(gè)基因組計(jì)劃，國(guó)家心臟，肺和血液研究所外顯子測(cè)序項(xiàng)目外顯子突變服務(wù)器，外顯子聚合聯(lián)盟。 外顯子聚集聯(lián)盟最近發(fā)布了來自不同人群的＞60000個(gè)外顯子等位基因頻率數(shù)據(jù)，包括大約三分之二的外顯子測(cè)序項(xiàng)目數(shù)據(jù)。如果一個(gè)突變不存在（或低于預(yù)期的載體頻率，如果是隱性的）大的普通人群或?qū)φ贞?duì)列（ 1,000個(gè)人），并且群體與攜帶識(shí)別的突變的患者進(jìn)行種族匹配，則可以考慮該觀察一個(gè)適度的致病性證據(jù)（PM2）。 當(dāng)使用普通人群作為對(duì)照組時(shí)，患有亞臨床疾病的個(gè)體總是存在的。優(yōu)勢(shì)比（OR）或相對(duì)風(fēng)險(xiǎn)是基因型（即突變存在于基因組中）和表型（即受疾病/結(jié)果影響）之間關(guān)聯(lián)的量度，可用于孟德爾疾病或復(fù)合物表征。然而，OR的置信區(qū)間（CI）與關(guān)聯(lián)本身的度量一樣重要。 這些領(lǐng)域也一定缺乏良性變異。 例如，當(dāng)在隱性病癥的基因中鑒定了兩種雜合突變時(shí)，如果已知一種突變是致病性的，則確定另一種突變是反式的，可以被認(rèn)為是后一種突變（PM3）的致病性的適度證據(jù)。 在隱性基因中鑒定有不確定致病性的兩種雜合變異的情況下，突變的順式與反式性質(zhì)的確定不一定提供關(guān)于任一突變的致病性的附加信息。由于框內(nèi)缺失/插入和停止損失導(dǎo)致PM4 BP3蛋白長(zhǎng)度變化通過將終止密碼子改變?yōu)榘被崦艽a子（例如止血藥物突變），一個(gè)或多個(gè)氨基酸的缺失或插入以及蛋白質(zhì)的延伸更可能與單獨(dú)的錯(cuò)誤改變相比破壞蛋白質(zhì)功能， 蛋白質(zhì)長(zhǎng)度變化的結(jié)果。PM5在同一個(gè)位置新發(fā)的錯(cuò)義突變發(fā)生在與另一致病性錯(cuò)義變化相同位置（例如，Trp38Ser和Trp38Leu）的新型錯(cuò)義氨基酸變化被認(rèn)為是適度的證據(jù)，但不能被認(rèn)為是致病性的。 。已經(jīng)公布的一種統(tǒng)計(jì)學(xué)方法29,30，其中指出，鑒定的突變可能與該家族中真實(shí)致病突變的連鎖不平衡。和339。 在這種情況下，這個(gè)標(biāo)準(zhǔn)可以視為適度或強(qiáng)有力的證據(jù)，這取決于隔離的程度，而不是支持證據(jù)。 還必須考慮減少和年齡依賴性外顯率，以確保無癥狀的家族成員真正不受影響。 對(duì)于其中錯(cuò)義變異是疾病常見病因的基因，并且基因的非常少的良性變異，新的錯(cuò)義突變可以被認(rèn)為是支持致病性的證據(jù)（PP2）。PP3 BP4計(jì)算（硅片）數(shù)據(jù)沒有高估