生物學(xué)常用軟件簡介(已修改)
2025-08-27 22:52 本頁面
【正文】 生 物 信 息 學(xué) 常 用 軟 件 簡 介 前言 生物信息學(xué)是一門新興的交叉學(xué)科 ， 它將數(shù)學(xué)和計(jì)算機(jī)知識應(yīng)用于生物學(xué) ， 以獲取 、加工 、 存儲 、 分類 、 檢索與分析生物大分子的信息 ， 從而理解這些信息的生物學(xué)意義 。 上面是狹義的生物信息學(xué)含義 ,也是現(xiàn)階段生物信息學(xué)的基本工作 . 內(nèi)容概要 一 生物信息學(xué)軟件的主要功能簡介 /基因組的注釋 二 .生物學(xué)軟件部分常見功能使用技巧 PCR 引物設(shè)計(jì) DNA、蛋白質(zhì)序列同源分析及進(jìn)化樹構(gòu)建 Contig ExpressDNA 序列片斷拼接 DNA 模擬電泳 三 生物信息學(xué)軟件的系統(tǒng)平臺 生物信息學(xué)軟件一般可以分成商業(yè)的和開源的兩大類 ,大部份商業(yè)的軟件都是用在windows平臺下的 ,而大部分開源軟件是在unix/linux平臺下的 . 大部分 的軟件基于 unix/linux平臺 . 一 生物信息學(xué)軟件的主要功能簡介 (1)數(shù)據(jù)的常用格式 : 生物信息學(xué)中數(shù)據(jù)的常用格式有 : Fasta、 NBRF/PIR， EMBL、 CLUSRAL、Genbank、 phylip等。 這些格式雖然不同，但用一些軟件可以進(jìn)行轉(zhuǎn)換，下面一起看一下 Fasta和 EMBL FASTA格式又稱 Pearson的格式 ， 該序列格式要求序列的標(biāo)題行以大于號 開頭 ， 下一行起為具體的序列 。 一般建議每行的字符數(shù)不超過 60個(gè) ， 以方便程序處理 。 多條核苷酸序列格式即將該格式連續(xù)列出即可 ID identification code for sequence in the database AC accession number giving origin of sequence DT dates of entry and modification KW key crossreference words for lookup up this entry OS, OC source anism RN, RP, RX, RA, RT, RL literature reference or source DR i. d. In other databases CC Description of biological function FH, FT information about sequence by base position or range of positiions source range of sequence, source anism misc_signal range of sequence, type of function or signal mRNA range of sequence, mRNA CDS range of sequence, position of intron mutation sequence position, change in sequence for mutation SQ count of A, C, G, T and other symbols gaattcgata aatctctggt ttattgtgca gtttatggtt ccaaaatcgc cttttgctgt 60 atatactcac agcataactg tatatacacc cagggggcgg aatgaaagcg ttaacggcca 120 . . // symbol to indicate end or sequence EMBL格式 (2)峰圖轉(zhuǎn)化 (phred) Phred是 phred\phrap軟件包的一部分，主要是用來分析和裝配基因組中大片段序列。 phred能處理測序儀直接生成的色譜圖，并且產(chǎn)生相關(guān)的信息。 phred\phr
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