【正文】 單 晶 結(jié) 構(gòu) 分 析 電 子 教 案O HHHHHH O O HOHH OH O第五章 用 SHELXTL程序 進(jìn)行結(jié)構(gòu)分析的方法 new open copy archive delete exit edit edit .res edit .ins edit .cif edit .prp edit .lst copy .res→ .ins Xl XH 一、 SHELXTL文件 1. 文件名 一般，同一結(jié)構(gòu) ， 所有文件都用相同的名（不能超過８個字符），只是擴(kuò)展名不同 2. 兩個必要文件 (由 XPREP程序產(chǎn)生 ) *.hkl文件 : 所有的衍射點，每一點一行。 格式為： h k l F2 σ (F2) 4 2 2 4 2 2 4 2 2 4 2 2 ………………………………….. *.ins 文件：組成上可分成五部分 TITL 041203e in P2(1)/c CELL ZERR LATT 1 SYMM X, +Y, SFAC C H N O Co S UNIT 108 104 40 20 8 16 信息區(qū) SIZE HTAB 2 . 8 ACTA BOND FMAP 2 PLAN 20 晶胞參數(shù) X光波長 標(biāo)題 空間群 單胞中 分子數(shù)目 晶胞參數(shù)的標(biāo)準(zhǔn)偏差 晶格類型 對稱操作碼 原子類型 單胞中 原子數(shù)目 命令區(qū) 可輸入各種讓 XS和 XL執(zhí)行的命令 DFIX o5 c27 WGHT FVAR TEMP 25 Co1 5 = Co2 5 = N1 3 = N2 3 = …………………………………………………………………. 命令區(qū) HKLF 4 END 原子表 坐標(biāo)、占有率、溫度因子 衍射點文件類型 文件結(jié)束命令 res lst plt cif fcf pcf tex xs、 xl、 refine產(chǎn)生的文件 記錄 xs、 xl、 refine過程和結(jié)果的文件 XP中做的圖形文件 晶體學(xué)信息文件 結(jié)構(gòu)因子文件 晶體結(jié)構(gòu)報表文件 記錄儀器型號、晶體外觀等的文件 結(jié)構(gòu)解析和精修的過程，是 ins文件建立和不斷更新的過程，這主要是下列過程實現(xiàn)的： xprep、 xshell—refine、 xl、 xp、 edit、 copy SHELXTL的主要子程序和文件 * . i n s* . h k lX P R E PX SX LX PX C I F* . r e sX S H E L L* . c i f* . f c f* . p s* . s a v* . p l t* . l s t* . t e x* . p c f二、常用的 XS和 XL指令 指 令 含 義 ACTA 產(chǎn)生 cif文件 AFIX 將原子坐標(biāo)強(qiáng)制性地固定在指定位置上， 或在指定位置上產(chǎn)生原子 ANIS 將各向同性換成各向異性精修 BOND 計算鍵長、鍵角 (加 $H包括 H的鍵長、鍵角 ) BIND 計算指定原子對的鍵長、鍵角 CONF 計算扭轉(zhuǎn)角 DELU 限制指定原子具有相似的位移參數(shù) DFIX 限定指定原子對間的距離 EADP 給兩個或多個原子指定相同的位移參數(shù) 指 令 含 義 END 指令輸入結(jié)束 EQIV 提供分子內(nèi)或分子間鍵合原子的對稱操作碼 ESEL 限制 E值的下、上限 EXTI 對晶體消光效應(yīng)參數(shù)進(jìn)行精修 EXYZ 讓兩個或多個原子具有相同的坐標(biāo) FLAT 限制指定原子在相同的平面上 FMAP 所計算 Fourier圖的類型 FREE 不計算指定原子對的鍵長、鍵角 FVAR 全比例系數(shù) HFIX 限制 H原子在理想位置上 HKLF 衍射數(shù)據(jù)的格式 HTAB 計算氫鍵 指 令 含 義 ISOR 限制指定原子的位移參數(shù)類似于各向同性 . 指定 XL中用最小二乘法進(jìn)行精修的輪數(shù) LATT 晶格的類型 .依次為 :P I R F A B C,無心為負(fù)值 MOVE 移動或轉(zhuǎn)換坐標(biāo) MPLA 計算平面 OMIT 忽略指定的衍射點或限定 theta角范圍 PART 劃分成鍵原子的范圍（用于無序結(jié)構(gòu)） PLAN 計算和列出 Q峰的數(shù)目 SFAC 晶體中存在的原子的種類 SIMU 限制指定范圍內(nèi)的原子有相同的位移參數(shù) SIZE 晶體的大小 指 令 含 義 SYMM 所屬空間群的對稱操作 TEMP 衍射數(shù)據(jù)收集的溫度 TITL 樣品的編號（或名稱）和空間群 UNIT 晶胞中每種原子的總個數(shù) WGHT 指定所用權(quán)重 ZERR 晶胞中分子個數(shù)和晶胞參數(shù)的標(biāo)準(zhǔn)偏差 三、 SHELXTL結(jié)構(gòu)分析的步驟 打開 SHELXTL程序：點 project new，輸入文件名，查找到 hkl 文件并打開 2. 結(jié)構(gòu)的解析 1) 結(jié)構(gòu)解析的基本原理 XS用直接法或 Patterson法解決相角問題，試驗性找出部分原子或重原子的位置（坐標(biāo)） * 所謂直接法（ direct methods）， 就是運用數(shù)學(xué)的方法，利用不同衍射點的關(guān)系，從大量強(qiáng)度數(shù)據(jù)中，直接找出各個衍射點的相角，從而達(dá)到解析晶體結(jié)構(gòu)的目的。其過程概括如下： a 將 |Fo|轉(zhuǎn)化為歸一化結(jié)構(gòu)因子 |Eo| b 建立可以利用正切公式的三相角及四相角關(guān)系 c 賦于起始相角 d 利用正切公式精修相角 e 計算診斷指標(biāo)，判斷各套相角的質(zhì)量 f 采用診斷指標(biāo)最佳的相角數(shù)據(jù)計算解析電子密度圖，即 E圖 * Patterson法是其本人 1934年提出 ， 通常只用來解析含有重原子的結(jié)構(gòu) 用這種方法時，首先利用重原子的特征峰，即Harker峰，求出重原子坐標(biāo)，再通過 Fourier合成獲得其它原子的坐標(biāo) Harker峰，或 Harker截面，就是同一套等效的原子組成的 Patterson峰，由于平方效應(yīng)，重原子的Harker峰會顯得十分突出，尋找起來一般比較容易。因此，可以輕松地從分析重原子的 Harker峰，得到重原子的坐標(biāo) 2) 用 XS和 XSHELL程序定出結(jié)構(gòu)雛形（初始套） 一般先試直接法，再試 Pattson法，用什么方法是通過改變 Edit .ins文件中的指令來實現(xiàn)的 直接法： TITL 020908b in C2/c CELL ZERR LATT 7 SYMM X, Y, SFAC C H N O Cr UNIT 144 112 24 56 8 TEMP 25 TREF HKLF 4 END Patterson法： TITL 020908b in C2/c CELL ZERR LATT 7 SYMM X, Y, SFAC C H N O Cr UNIT 144 112 24 56 8 TEMP 25 PATT HKLF 4 END 繼續(xù)嘗試直接法： TITL 020908b in C2/c CELL