基因結(jié)構(gòu)分析的基本策略分析-在線瀏覽
2025-02-08 18:05本頁面
【正文】 sm)、參考文獻 (Reference)、 著者(Author）、題目 (Title）、期刊 (Journal）、 Medline存取號(Medline）、序列特征 (Features）、基因 (Gene）、 CDS（ cDNA）、 等位基因 (Allele） 對等的肽 (MatPeptide ）、計算堿基數(shù)(Base Count）、原序列 (Origin）。目 錄例如：人 EPO基因序列檢索?輸入關(guān)鍵詞，選擇合適的程序目 錄?向下拉尋找符合目標的條目目 錄?點擊此條打開連接目 錄?向下拉尋找關(guān)注的內(nèi)容目 錄?凡是連接的地方都可以點擊查看?可以直接拷貝保存相關(guān)內(nèi)容目 錄?Entrez： 是一個用以整合 NCBI數(shù)據(jù)庫中信息的搜尋和檢索工具 3. NCBI數(shù)據(jù)庫搜索工具 ?BLAST：是一個 NCBI開發(fā)的序列相似搜索程序，還可作為鑒別基因和遺傳特點的手段 ?NCBI提供的附加軟件工具有：開放閱讀框?qū)ひ捚?（ORF Finder）， 電子 PCR， 和序列提交工具，Sequin和 BankIt ?Entrez的一個強大和獨特的特點是檢索相關(guān)的序列，結(jié)構(gòu)，和參考文獻的能力 ??目 錄?Entrez: ?目 錄?BLAST:目 錄?BLAST程序程序 數(shù)據(jù)庫 查詢 內(nèi)容Blastp 蛋白質(zhì) 蛋白質(zhì) 使用取代矩陣尋找較遠的關(guān)系： 可以進行 SEG過濾Blastn 核苷酸 核苷酸 尋找較高分值的匹配，對較遠關(guān)系 不太適用Blastx 核苷酸 蛋白質(zhì) 對于新的 DNA序列和 ESTs的分析極 （翻譯） 為有用Tblastn 蛋白質(zhì) 核苷酸 對于尋找數(shù)據(jù)庫中沒有標注的編碼 （翻譯） 區(qū)極為有用Tblastx 核苷酸 核苷酸 對于分析 EST極為有用 （翻譯） （翻譯） 目 錄點擊核酸序列 blast，在框內(nèi)輸入序列：目 錄選擇搜索條件：目 錄選擇特殊程序：目 錄比較兩個序列之間的相似性：目 錄 以上僅簡介了 NCBI相關(guān)數(shù)據(jù)庫及工具軟件關(guān)于其他數(shù)據(jù)庫及軟件工具等信息見書中第二十五章表 15。 ?甲基化干擾實驗 (Methylation interference assay) 是利用化學試劑如硫酸二甲酯 （ Dimethyl sulfate, DMS） 對活細胞 DNA進行甲基化修飾，從而干擾蛋白質(zhì)與 DNA的結(jié)合。 目 錄化學試劑提取 DNADNase I 或化學試劑變性凝膠電泳分析切割 DNA?化學修飾對蛋白質(zhì)與 DNA的結(jié)合有干擾，因此，體內(nèi)足跡實驗也叫干擾實驗?電泳圖譜需與未修飾的 DNA樣品進行比較，在未修飾樣品中出現(xiàn)空白區(qū)的位置是體內(nèi)發(fā)生化學修飾的 DNA區(qū)域正常對照 化學修飾提取 DNA目 錄2. 用電泳遷移率變動實驗研究啟動子電泳遷移率變動實驗 (Electrophoretic mobility shift assay, EMSA)?是利用結(jié)合蛋白質(zhì)的 DNA片段在凝膠中遷移滯后的特點，通過電泳分離研究核酸 蛋白質(zhì)互作的方法?又稱為凝膠阻滯實驗 (Gel retardation assay)目 錄細胞蛋白質(zhì)提取物標記的 DNA片段蛋白質(zhì)與 DNA結(jié)合蛋白質(zhì) DNA復合物電泳遷移滯后凝膠電泳顯影滯后條帶表明 DNA是與蛋白質(zhì)結(jié)合的區(qū)域目 錄染色體免疫沉淀(Chromatin immunoprecipitation, ChIP)?是在保持蛋白質(zhì)與染色體 DNA結(jié)合的同時，將染色體切割成小片段并沉淀下來 ?非變性 ChIP：是先用核酸酶處理細胞核，將染色體消化成碎片，然后用合適的抗體將結(jié)合有蛋白質(zhì)的染色體片段通過免疫沉淀選擇出來，再以 PCR或核酸雜交技術(shù)對 DNA序列進行分析 ?變性 ChIP：是先用甲醛處理細胞，使蛋白質(zhì)與 DNA在細胞內(nèi)發(fā)生交聯(lián)，然后分離染色體并進行剪切，用特異性抗體與 DNA結(jié)合蛋白相結(jié)合，以沉淀法分離DNA蛋白質(zhì)復合體 前面章節(jié)已介紹，這里不再詳述目 錄（三）生物信息學預測啟動子?真核基因組的測序正在以不斷增長的速度進行著，目前已經(jīng)可以獲得大約 50個完整真核生物基因組的序列信息，?預計在未來幾年內(nèi)將會完成更多的基因組測序工作?對基因組注釋工作中最難的就是精確鑒定和描繪啟動子，因此，啟動子的預測就顯得非常重要 預測啟動子的切入點?啟動子的結(jié)構(gòu)特征?啟動子在染色體上的位置目 錄1. 啟動子的結(jié)構(gòu)特征典型啟動子核心啟動子：一般在 TSS上游 35區(qū)域以內(nèi)近端啟動子：一般涉及 TSS上游幾百個堿基遠端啟動子：一般涉及 TSS上游幾千個堿基 含有增強子或沉默子?一些特征性的結(jié)構(gòu) TSS附近的 CG島經(jīng)常出現(xiàn)在啟動子中共通序列 (consensus sequence)目 錄2. 啟動子的預測分析?EPD (Eukaryotic promoter databases)?TRRD (Transcription regulatory regions databases)?基因 轉(zhuǎn)錄起始點數(shù)據(jù)庫 (DBTSS) ?啟動子數(shù)據(jù)庫 這些數(shù)據(jù)庫
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