oculinapatagonica珊瑚伴生菌生物系趙闖營(yíng)-在線瀏覽
2024-08-27 16:30本頁(yè)面
【正文】 通過(guò)分析從克隆文庫(kù)和獨(dú)立菌落中提取的 16S rRNA基因，可以判定從白化的地中海Oculina patagonica珊瑚和巖洞生長(zhǎng)的 O. patagonica珊瑚組織和黏液中細(xì)菌的相對(duì)豐度。得出的結(jié)果也與先前發(fā)表的正常 O. patagonica珊瑚的數(shù)據(jù)進(jìn)行了比對(duì)。以序列相似性 %標(biāo)準(zhǔn)表明，白化的珊瑚菌中 316個(gè)克隆序列中的 25%與不動(dòng)桿菌屬完全一致（ 100% identity)。正常珊瑚優(yōu)勢(shì)菌則是燦爛弧菌。從白化珊瑚、巖洞珊瑚和正常珊瑚中分離的能大量培養(yǎng)的細(xì)菌分別與Microbulbifer sp.、之前從正常珊瑚中分離的一種 α變形菌和一種 α原生菌序列最為接近。首次發(fā)現(xiàn) 1996年的地中海。除了在潮水坑，砂巖，暗礁棲息外，在無(wú)蟲(chóng)藻素生長(zhǎng)的黑暗的巖洞中也能發(fā)現(xiàn)它們。但這些珊瑚會(huì)在秋天和冬天恢復(fù)。從 95年到 2022年，對(duì)溫度與珊瑚白化的關(guān)系也進(jìn)行了大量研究。近來(lái)，攻毒實(shí)驗(yàn)表明， shiloi 弧菌先黏附與珊瑚表面，滲透進(jìn)入珊瑚外胚層后被殺死。越來(lái)越多的數(shù)據(jù)表明，與珊瑚伴生的細(xì)菌在正常和病態(tài)珊瑚中起重要角色作用。珊瑚前生命期假說(shuō)認(rèn)為：當(dāng)外界環(huán)境發(fā)生諸如，溫度上升、微生物種類發(fā)生大的改變等情況時(shí)，珊瑚就會(huì)發(fā)生異變。這種脅迫是由珊瑚白化引起的無(wú)蟲(chóng)藻素共生。 實(shí)驗(yàn)材料與方法 樣品采集 樣品采集點(diǎn) Sedot Yam，位于地中海水域以色列海岸。巖洞中采集的樣品深度在 13m，兩采集點(diǎn)間距小于 料袋中帶回實(shí)驗(yàn)室。離心后的碎片加入人工海水研磨，放置 15min后，取漂浮物即為珊瑚組織。涂平板后 300C培養(yǎng)一周。所有平板的細(xì)菌用 SYBR Gold法進(jìn)行計(jì)數(shù)。進(jìn)行 PCR時(shí)，從菌落基因組中、海水中、珊瑚黏液樣品中、珊瑚組織樣品中提取的 16SrRNA基因均用 8F 和1492R引物。產(chǎn)物用 ExoSAPIT174。 鏈末端終止法對(duì)得到的 DNA測(cè)序。 克隆文庫(kù)的構(gòu)建 將擴(kuò)增的珊瑚黏液和組織 DNA與 pGEM174。每一克隆都由 M13正向和反向引物通過(guò)菌落 PCR得到。純化和測(cè)序與上述相同。利用 DOTUR將序列一致性%的序列歸為一簇。對(duì)所得的每一簇序列進(jìn)行 BLAST網(wǎng)上比對(duì)。在分離 DNA前將組織和黏液分開(kāi)，這樣可培養(yǎng)細(xì)菌和總細(xì)菌的數(shù)量就是一定的。白化的和巖洞 菌無(wú)明顯差異。其中一種
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