【正文】 zip包的文件夾。 在控制臺中輸入如下命令： library(vegan) library(ade4) 程序包內(nèi)的函數(shù)的用法與 R內(nèi)置的基本函數(shù)用法一樣。 1 ? 2 RGuiHelpHtml help 3 apropos() 4 help() 5 () 6 查看 R包 pdf手冊 29 圖 11 R幫助文件的內(nèi)容與格式 30 幫助文件的內(nèi)容 ? lm{stats} 函數(shù)名及所在包 ? Fitting Linear Models 標題 ? Description 函數(shù)描述 ? Usage 默認選項 ? Arguments 參數(shù) ? Details 詳情 ? Author(s) 作者 ? References 參考文獻 ? Examples 舉例 31 練習(xí)一 安裝 R并導(dǎo)入程序包 1. 安裝 R軟件、熟悉菜單 2. 安裝程序包 3. 調(diào)用程序包，查看程序包的幫助 library(vegan) library(ape) 查找 ape包中 輸入 ? 將其中的 Example粘貼到控制臺中，查看運行的結(jié)果。隨著用戶的操作，其窗口還可以顯示出相應(yīng)操作的 R程序，對于初學(xué)者可能會有幫助。 而這些困難可以通過編程解決。 35 二 函數(shù)與對象 36 R的函數(shù) R是一種解釋性語言，輸入后可直接給出結(jié)果。 函數(shù)形式 : 函數(shù) (輸入數(shù)據(jù)，參數(shù) = ) 如果沒有指定，則參數(shù)的以默認值為準。 如 plot()就是泛型函數(shù)，可以根據(jù)數(shù)據(jù)的類型，調(diào)用底層的函數(shù)，應(yīng)用相應(yīng)的方法繪制相應(yīng)的圖形。 38 R有哪些函數(shù) ? 查詢的方法： HelpHtml helppackages log() log10() exp() sin() cos() tan() asin() acos() () () () glm(y ~ x1+x2+x3, binomial) () mean() sd() var() …. 39 圖 13 箱線圖修飾前后 (左：默認值，右：修改屬性后 ) 函數(shù)的調(diào)用方法 , 函數(shù)名 () 如 plot(), lm(),并將對象放入括號中。 data=bac 數(shù)據(jù)來源 bac col=“red” 箱線圖為紅色 xlab=“Virus” 橫軸名稱為 Virus ylab=“days” 縱軸名稱為 days 41 練習(xí)二：查詢函數(shù)幫助 查看 boxplot的幫助文件 ?boxplot 查看最后的 examples 將幫助文件中的內(nèi)容粘貼到控制臺中，運行并觀看運行結(jié)果。 1. 區(qū)分大小 寫 ,注意 China和 china的不同。 3. 建議不要用過短的名稱。 4. 不要使用保留名： NA, NaN, pi, LETTERS, letters, , 44 元素的類型 對象是由各元素組成的。 如 c(1,2,3)。 dim(x) c(3,4) [,1] [,2] [,3] [,4] [1,] 1 4 7 10 [2,] 2 5 8 11 [3,] 3 6 9 12 46 對象的 類 數(shù)組 (array) 數(shù)組是 k維的數(shù)據(jù)表 （ k in 1:n, n 為正整數(shù) ） 。 列表 (list) 列表可以包含任何類型的對象 。, amp。, |, || 48 數(shù)據(jù)表的行與列 低地 33 220 25 10 49 樣方 5 低地 20 260 24 12 38 樣方 4 山坡 45 390 20 11 46 樣方 3 山坡 30 350 26 12 51 樣方 2 山頂 25 600 22 15 40 樣方 1 類型 坡度 海拔 屬數(shù) 科數(shù) 物種數(shù) 行名 Row names 字符串 列名 Column names 每列可看做帶名稱的向量 表 1 數(shù)據(jù)表、數(shù)據(jù)框與向量 字符串、因子 每行作為一個Entry 49 數(shù)據(jù)框的組成 ? 每個數(shù)據(jù)表可以看作一個數(shù)據(jù)框 (dataframe)。 ? 由很多不同類型的向量組成，如字符型，因子型，數(shù)值型。 txt文件，制表符間隔 csv文件，逗號間隔 一些 R程序包（如 foreign）也提供了直接讀取 Excel, SAS, dbf, Matlab, spss, systat, Minitab文件的函數(shù)。 (file=(),header=T) 可以彈出對話框，選擇文件。 53 第一種方式：從控制臺輸入數(shù)據(jù) 數(shù)據(jù)量較少時可以從控制臺直接輸入： heightc(, , , , , ) weightc(60, 72, 57, 90, 95, 72) height^2 ratioweight/ (ratio, mu=) 54 第二種方式 從外部讀取數(shù)據(jù) 數(shù)據(jù)量較大時用 txt文件讀取 第 1步 將 Excel中的數(shù)據(jù)另存為 .txt格式（制表符間隔）或 .csv格式。 55 圖 14 在 Excel中將數(shù)據(jù)存為 txt文件 56 例： t檢驗 (續(xù) ) 一般從 txt文檔讀取數(shù)據(jù)。每一行的變量用制表符，空格或逗號間隔開。 用 。 a菌株： 2, 4, 3, 2, 4, 7, 7, 2, 5, 4 b菌株： 5, 6, 8, 5, 10, 7, 12, 6, 6 c菌株： 7,11,6, 6, 7, 9, 5, 10, 6, 3, 10 59 準備數(shù)據(jù)表 圖 15 數(shù)據(jù)表的準備 day和 type 各為一列 60 例：方差分析 (續(xù) ) 數(shù)據(jù)讀取，將 bac中， header=T表示保留標題行。 例如：提取前面群落數(shù)據(jù)表中，物種數(shù) 30的行，提取其中的某一列，進行分析等。 rep(1:2,c(10,15)) 66 向量創(chuàng)建 ——產(chǎn)生隨機數(shù) runif(10, min = 0, max= 1) rnorm(10, mean = 0, sd = 1) 幾個隨機數(shù)的相關(guān)函數(shù) 概率密度 dunif(x, min=0, max=1, log = FALSE) 累積函數(shù) punif(q, min=0, max=1, …) 分位數(shù) qunif(p, min=0, max=1, …) 隨機均勻分布 runif(n, min=0, max=1) 67 矩陣的創(chuàng)建 生成矩陣的函數(shù) dim()和 matrix() dim() 定義矩陣的行列數(shù)，例如： x 1:12 dim(x) c(3,4) [,1] [,2] [,3] [,4] [1,] 1 4 7 10 [2,] 2 5 8 11 [3,] 3 6 9 12 matrix(1:12,nrow=3,byrow=T) t(x)轉(zhuǎn)置 為行或列添加名稱： () () 68 數(shù)據(jù)框的創(chuàng)建 創(chuàng)建數(shù)據(jù)框的函數(shù) :(), (), cbind(), rbind() cbind() 按列組合成數(shù)據(jù)框 rbind() 按行組合成數(shù)據(jù)框 () 生成數(shù)據(jù)框 head() 默認訪問數(shù)據(jù)的前 6行 69 列表的創(chuàng)建 列表可以是不同類型甚至不同長度的向量 (數(shù)值型，邏輯型，字符型等等 )、數(shù)據(jù)框甚至是列表的組合。 以下函數(shù)，主要用在函數(shù)處理異常時使用，目的是增強程序的穩(wěn)健性。 引用第 5