【正文】 復(fù)旦大學(xué)，中科院長(zhǎng)春應(yīng)用化學(xué)所 課題負(fù)責(zé)人及主要學(xué)術(shù)骨干： 霍克克 、 楊秀榮 、李育陽(yáng)、 王建國(guó) 專題 2: 重 要生理、病理體系的功能蛋白質(zhì)組學(xué)研究 預(yù)期目標(biāo) ：通過(guò)對(duì)造血系統(tǒng)（如胎肝和 CD34+造血干 /祖細(xì)胞細(xì)胞）表達(dá)譜、蛋白質(zhì)功能連鎖圖、物理連鎖圖和一批新型蛋白的功能研究，揭示重要生理、病理體系的功能蛋白質(zhì)組變化規(guī)律，發(fā)現(xiàn)或確認(rèn)一批（ 500 種以上）人類新型蛋白質(zhì)，加深對(duì)生命基本活動(dòng)的全面認(rèn)識(shí)，為重大疾病的比較蛋白質(zhì)組研究以及新型生物制劑開(kāi)發(fā)奠定基礎(chǔ)。 ? 建立肝臟系統(tǒng)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)圖（包括蛋白質(zhì)表達(dá)譜和蛋白質(zhì)功能連鎖群）和主要調(diào)控分子的作用圖譜。 ? 建立造血干 /祖細(xì)胞發(fā)育、分化的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)圖，并建立相應(yīng)的轉(zhuǎn)錄組 蛋白質(zhì)組聯(lián)合數(shù)據(jù)庫(kù)。 承擔(dān)單位： 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射醫(yī)學(xué)研究所、 國(guó)家人類基因組南方研究中心 課題負(fù)責(zé)人及主要學(xué)術(shù)骨干： 賀福初 ， 王志勤 ， 萬(wàn)晶紅、 李 勇 專題 3: 重大疾病的比較蛋白質(zhì)組研究 預(yù)期目標(biāo)： 通過(guò)對(duì)肝炎 肝硬變 肝癌以及腫瘤復(fù)發(fā)轉(zhuǎn)移、神經(jīng)系統(tǒng) 疾病與損傷、心血管疾病的比較蛋白質(zhì)組學(xué)研究和群體化的功能驗(yàn)證， 揭示它們的發(fā)病機(jī)制，提供上述重大疾病預(yù)警、預(yù)防、早期診斷的新型 標(biāo)志蛋白質(zhì)或藥物靶標(biāo)。 ? 利用激光捕獲技術(shù)（ LCM）等獲取臨床原位癌及轉(zhuǎn)移癌灶或基因剔除所致腫瘤轉(zhuǎn)移的動(dòng)物模型，進(jìn)行比較蛋白質(zhì)組分析； ? 肝炎 — 肝纖維化 肝硬化 — 肝癌 的蛋白質(zhì)表達(dá)譜變化規(guī)律和蛋白質(zhì)群的相互作用網(wǎng)絡(luò)。 ? 篩選新的肝癌標(biāo)志物，用于高危人群監(jiān)測(cè)、普查和早期診斷，開(kāi)拓肝癌防治和新藥研發(fā)的新靶點(diǎn)。 承擔(dān)單位： 中科院上海生化細(xì)胞所，復(fù)旦大學(xué)肝癌研究所 課題負(fù)責(zé)人及主要學(xué)術(shù)骨干： 陳正軍 、 劉銀坤 、叢文銘、趙慕鈞、楊 曉 課題 6. 神經(jīng)系統(tǒng)疾病和損傷修復(fù)的功能蛋白質(zhì)組學(xué)研究 以研究蛋白酶對(duì)淀粉樣肽 A β 和突觸核蛋白的降解作用為切入點(diǎn)，從蛋白質(zhì)積聚和降解兩方面認(rèn)識(shí)老年癡呆等神經(jīng)退行性疾病的機(jī)理。 ? 神經(jīng)退行性變過(guò)程 的比較蛋白質(zhì)組學(xué)研究。 承擔(dān)單位： 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究所、 中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院 基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究所 課題負(fù)責(zé)人及學(xué)術(shù)骨干： 劉少君 、 彭小忠 、 丁勤學(xué)、胡紅雨 課題 7. 心血管疾病的蛋白質(zhì)組學(xué)研究 動(dòng)態(tài)觀察心肌細(xì)胞 /血管內(nèi)皮細(xì)胞氧化應(yīng)激發(fā)生及其所致細(xì)胞凋亡，肥大 /增生和異常分化過(guò)程中蛋白質(zhì)組的變化；比較分析心血管疾病發(fā)生發(fā)展過(guò)程中血樣的蛋白質(zhì)譜，深入認(rèn)識(shí)心肌肥大、心肌梗死及高血壓、動(dòng)脈粥樣硬化等重要心血管疾病的發(fā)病機(jī)理，發(fā)現(xiàn)和鑒定可供疾病預(yù)警和診斷的標(biāo)志性蛋白質(zhì)及進(jìn)行 藥物研發(fā)的靶標(biāo)分子。 ? 動(dòng)態(tài)觀察心肌細(xì)胞 /血管內(nèi)皮細(xì)胞氧化應(yīng)激發(fā)生及其所致心肌細(xì)胞凋亡、肥大等過(guò)程和血管內(nèi)皮細(xì)胞凋亡、增生及異常分化等過(guò)程中的蛋白質(zhì)組變化。 承擔(dān)單位： 北京諾賽基因組研究中心有限公司 、 軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院環(huán)境醫(yī) 學(xué)研究所 課題負(fù)責(zé)人及主要學(xué)術(shù)骨干： 姚志建 、 錢令嘉 、顧東風(fēng)、 唐建國(guó) 課題 8. 腫瘤發(fā)生與轉(zhuǎn)移相關(guān)的功能蛋白質(zhì)組學(xué)研究 應(yīng)用我國(guó)特色的人源腫瘤細(xì)胞株系和組織樣品，采用 2DE 等蛋白質(zhì)組技術(shù)，特別 通過(guò)高分辨的蛋白質(zhì)分離、純化和鑒定技術(shù) 進(jìn)行比較蛋白質(zhì)組分析 ， 繪制不同時(shí)程、不同逆轉(zhuǎn)（應(yīng)用分化誘導(dǎo)劑或腫瘤轉(zhuǎn)移抑制藥物）狀況下腫瘤轉(zhuǎn)移相關(guān)的功能蛋白質(zhì)群，發(fā)現(xiàn)可用于惡性腫瘤預(yù)警、早期診斷和治療靶標(biāo)的關(guān)鍵蛋白質(zhì)。 課題 9. 蛋白質(zhì)組的生物信息學(xué)研究與系列數(shù)據(jù)庫(kù)的建立 建立蛋白質(zhì)組系列數(shù)據(jù)庫(kù) 與服務(wù)系統(tǒng) ，包括：通用數(shù)據(jù)庫(kù)、結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫(kù)、二維電泳圖數(shù)據(jù)庫(kù)、翻譯后修飾數(shù)據(jù)庫(kù)、三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù) 庫(kù)、集成基因組數(shù)據(jù)庫(kù)、代謝通路數(shù)據(jù)庫(kù)、知識(shí)庫(kù)等。進(jìn)行蛋白質(zhì)組的 生物信息學(xué)新理論、新方法 研究，發(fā)展 新技術(shù)、新軟件， 進(jìn)行 若干重要算法的比較分析 。 ? 蛋白質(zhì) 組的信息結(jié)構(gòu)分析 及 生物信息學(xué) 數(shù)據(jù)分析方法研究。 ? 蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)分析的標(biāo)準(zhǔn)化和實(shí)驗(yàn)室信息管理系統(tǒng)研究。 ? 蛋白質(zhì)組功能連鎖群理論模型建立。 選擇與人類重大疾病和人類重要生命活動(dòng)緊密相關(guān)的系統(tǒng)、器官、 細(xì)胞，如已有轉(zhuǎn)錄組基礎(chǔ)的胎肝和造血 CD34+細(xì)胞體系， 研究這 2種組織和細(xì)胞系的重要生理 /病理體系或過(guò)程的蛋白質(zhì)表達(dá)譜和蛋白質(zhì)連鎖群 。發(fā)現(xiàn)或確認(rèn) 500 種以上人類新型蛋白質(zhì)，探索蛋白表達(dá)的群集調(diào)控規(guī)律和蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)。 建立和完善具有國(guó)際先進(jìn)水平的高通量、高靈敏度、高準(zhǔn)確性、高穩(wěn)定性的蛋白質(zhì)組學(xué)研究技術(shù)平臺(tái)。研究和發(fā)展混合蛋白的二維陣列色譜 質(zhì)譜 /激光熒光分離和鑒定新技術(shù)、中孔分子篩基質(zhì)的 MALDI 新 技術(shù)、混合肽的多維色譜 /電泳高效分離和質(zhì)譜高靈敏鑒定技術(shù)；建立大規(guī)模、高通量獲取蛋白質(zhì)組功能和相互作用譜及蛋白質(zhì)連鎖群的新技術(shù)，重點(diǎn)研究高 通量酵母雙雜交篩選系統(tǒng)，發(fā)展新的可用于蛋白質(zhì)相互作用分析的光譜 /電化學(xué) /質(zhì)譜技術(shù)體系。 建立和完善蛋白質(zhì)組學(xué)研究的生物信息學(xué)技術(shù)體系、蛋白質(zhì)組系列數(shù)據(jù)庫(kù)、蛋白質(zhì)組功能連鎖群分析的理論模型及相應(yīng)算法，包括：通用數(shù)據(jù)庫(kù)、結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫(kù)、二維電泳圖數(shù)據(jù)庫(kù)、翻譯后修飾數(shù)據(jù)庫(kù)、三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)、集成基因組數(shù)據(jù)庫(kù)、代謝通路數(shù)據(jù)庫(kù)、知識(shí)庫(kù)等。 研究 惡性腫瘤以及心血管系統(tǒng)、神經(jīng)系統(tǒng)等重大疾病的蛋白質(zhì)組變化，確認(rèn)或發(fā)現(xiàn)一批功能明確的人類新型蛋白質(zhì)， 并對(duì)一些有潛在應(yīng)用前景的蛋白質(zhì)做進(jìn)一步的結(jié)