dna甲基化及其檢測(參考版)
2024-08-22 14:48本頁面
【正文】 Past and predicted methylome analysis milestones for current and potential future approaches. Beck S, et al. Trends Ge. 2022。 局限性： ? DNA樣本要求純度較高，提取過程中的小離子，未消化完全的蛋白， RNA對結果有干擾作用。 ?靈敏度準確性高。 質譜技術原理 質譜儀的示意圖 (A), Nucleoside standards obtained under the optimized conditions. (B),Nucleosides from 2 ng genomic DNA of HCC tissues. Shown in the inset is the expanded chromatogram to reveal better the separation of 5mdC, dC, C, dG, and 5hmdC. Chen ML, Fan S, et al. Clinical Chemistry (2022)59:5。 T, thymidine. 總體甲基化 =100% 5mC/(5mC+5C） 生物質譜技術檢測 DNA總體甲基化水平 應用二：生物質譜技術 質譜分析法是通過對被測樣品離子的 質荷比 的測定來進行分析的一種分析方法。 C, cytidine。 高效毛細管電泳（ HPCE法） Resolution of nucleosides obtained from enzymatic hydrolysis of genomic DNA from human cancer cell line HT29 by HPCE. mC, 5methylcytidine。 相比 HPLC, HPCE方法更加簡便，快速，經濟。 MsSnuPE, methylationsensitive single nucleotide primer extension； MsSSCP, methylationsensitive singlestranded conformational polymorphism。但是該方法的得到的不是嚴格意義上的全基因組 DNA甲基化率，并不能精確的反映全基因組 DNA甲基化水平的實際情況。 ? 對于檢測位點要求低，可檢測未知序列信息，覆蓋到人類基因組的所有 CpG位點； ?對于樣品要求低，適用于新鮮、冷凍和 FFPE樣本。 CCD感應器檢測到光信號后， Pyrogram轉化為檢測峰，每個峰的高度（光信號）與摻入的核苷酸數(shù)目呈正比 ?Apyrase不斷降解未摻入的核苷酸和 ATP，淬滅光信號，再生反應體系 焦磷酸測序法 （ Pyrosequencing） 焦磷酸測序 焦磷酸測序 焦磷酸測序 焦磷酸測序的優(yōu)勢： ?靈敏度高，可測到鄰近 CpG區(qū)域的單個甲基化水平，甚至包括測序的引物區(qū)域。如果
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