【正文】 :set nonu:取消行號。 ^U：向上滾動半個(gè)屏正文。 ^D：向下滾動半個(gè)屏正文。 e：把當(dāng)前光標(biāo)移動到該行的該字的末尾字符上。 w：把當(dāng)前光標(biāo)移動到該行的下一個(gè)字的首字符上。 $：把當(dāng)前光標(biāo)移動到該行行末。 →或 l：把當(dāng)前光標(biāo)向右移動一個(gè)字符。或者直接輸入 :wq 回車，代表保存并退出 2. 兩種操作模式 ? 編輯模式： 對文本進(jìn)行編輯處理 ? 命令模式 : 接收按鍵指令執(zhí)行操作，如復(fù)制、粘貼、搜索、替換、保存、另存為等 3. 編輯模式 i: 進(jìn)入編輯模式 a: 進(jìn)入編輯模式，將光標(biāo)向后移動一位 o: 進(jìn)入編輯模式，在光標(biāo)處插入一個(gè)空行 r: 按下 r 鍵，再按任意字符鍵，將光標(biāo)所在處的字符替換成新輸入的字符 Esc: 退出編輯模式 4. 命令模式 ? 移動光標(biāo) ↑或 k：把當(dāng)前光標(biāo)向上移動一行，保持光標(biāo)的列位置。 實(shí)例 1： 備份 test目錄下的文件，并命名為 ，可執(zhí)行命令： 清華大學(xué)生物高性能計(jì)算平臺 用戶使用手冊 24 tar – zcvf test 實(shí)例 2：解壓縮相關(guān)的 ，可執(zhí)行命令： tar – zxvf 3. 其他 名稱： echo 語法： echo $variable 說明： 顯示變量 variable 的值。 常用選項(xiàng)： f 強(qiáng)制刪除文件 實(shí)例： 刪除除后綴名為 .c的文件 rm *.c 名稱： cat 語法： cat[options] [filelist] 說明： 在標(biāo)準(zhǔn)輸出上連接、顯示文件列表 filelist里的文件 實(shí)例 1： 顯示 file1和 file2的內(nèi)容 cat file1 file2 實(shí)例 2： 將 file1和 file2合并成 file3 cat file1 file2 file3 名稱： more 語法： more[options] [filelist] 說明： 在標(biāo)準(zhǔn)輸出上連接、分頁顯示文件列表 filelist里的文件 實(shí)例： 分頁顯示文件 AAA more AAA 名稱： head 清華大學(xué)生物高性能計(jì)算平臺 用戶使用手冊 23 語法： head[options] [filelist] 說明： 顯示文件列表 filelist中的文件的起始部分，默認(rèn)顯示 10行； 實(shí)例： 顯示文件 AAA起始部分 head AAA 名稱： tail 語法： tail[options] [filelist] 說明： 顯示文件列表 filelist中的文件的尾部；默認(rèn)顯示 10行； 實(shí)例： 顯示文件 AAA尾部 tail AAA 名稱： ln 語法： ln[options] existingfile newfile ln[options] existingfilelist directory 說明： 為 “ existingfile” 創(chuàng)建鏈接，命名為 newfile 在 directory目錄，為 existingfilelist” 中包含的每個(gè)文件創(chuàng)建同名鏈接 常用選項(xiàng)： f 不管 newfile是否存在，都創(chuàng)建鏈接 s 創(chuàng)建軟鏈接 實(shí)例 1： 建立軟連接 ,指向 Chapter3 ln –s Chapter3 實(shí)例 2：為 examples目錄下的所有文件和子目錄建立軟連接 ln –s ~/linuxbook/examples/* /home/faculty/linuxbook/examples 名稱： chmod 語法： chmod [option] mode filelist 說明： 改變或設(shè)置參數(shù) filelist中的讀、寫或執(zhí)行權(quán)限 實(shí)例： 添加文件 job的可執(zhí)行權(quán)限 chmod +x job 名稱： tar 語法： chmod [option] [files] 說明： 備份文件。 常用選項(xiàng)： r 整個(gè)目錄復(fù)制 實(shí)例： 將文件 aaa 復(fù)制 (已存在 )，并命名為 bbb : cp aaa bbb 名稱： mv 語法： mv [options] source... directory 說明： 重新命名文件，或?qū)?shù)個(gè)文件移至另一目錄。 實(shí)例： 在工作目錄下，建立一個(gè)名為 AA的子目錄： mkdir AA 名稱： rmdir 語法： rmdir [p] dirName 說明： 刪除空的目錄。 實(shí)例： 進(jìn)入目錄 /usr/bin/： cd /usr/bin 名稱 : ls 語法： ls [options] [pathnamelist] 說明： 顯示目錄內(nèi)的文件名和“ pathnamelist”中指定的文件名 實(shí)例： 列出目前工作目錄下所有名稱是 s 開頭的文件： ls s* 名稱： pwd 語法： pwd 說明： 顯示當(dāng)前目錄的絕對路徑。39。 bbot: 指定隊(duì)列中，所有同優(yōu)先級作業(yè)最后獲得調(diào)度。 作業(yè)恢復(fù)（ bresume） 用 bresume 恢復(fù)作業(yè)運(yùn)行 $ bresume 1266 Job 55167 is being resumed $ bjobs JOBID USER STAT QUEUE FROM_HOST EXEC_HOST JOB_NAME SUBMIT_TIME 55167 gyfeng RUN TOTAL login01 node58 sleep 60 Nov 18 15:55 調(diào)整隊(duì)列（ bwitch） 用 bswitch 將正在運(yùn)行的作業(yè)調(diào)度到其他隊(duì)列中 $bswitch MID 55179 Job 55179 is switched to queue MID 改變作業(yè)排隊(duì)次序（ btop/bbot） 用戶可以使用 btop/bbot 改變本用戶提交且處于“ PEND”狀態(tài)的作業(yè)調(diào)度次序。 請用戶耐心等待（大約 1 分鐘）， lsf 將完整作業(yè)刪除工作。 查詢各主機(jī)系統(tǒng)狀態(tài)（ lsload） $ lsload HOST_NAME status r15s r1m r15m ut pg ls it tmp swp mem node09 ok 0% 0 38784 424G 1G 61G node27 ok 0% 0 10264 424G 450M 61G node04 ok 0% 0 8552 422G 1G 61G node06 ok 0% 0 8552 424G 1G 61G node02 ok 0% 0 5484 422G 1G 61G node10 ok 0% 0 38784 424G 1G 61G node03 ok 0% 0 8552 422G 1G 61G node08 ok 0% 0 8544 424G 1G 61G login01 ok 1% 4 1 250G 1G 28G node58 ok 0% 0 38784 424G 524M 61G bnode01 ok 0% 0 1392 252G 1024M 502G 控制作業(yè)執(zhí)行 刪除作業(yè)（ bkill） 用 bkill 停止作業(yè)運(yùn)行。 !/bin/sh BSUB q QUEUENAME BSUB –a MPITYPE BSUB n Z BSUB o OUTPUTFILE BSUB e ERRFILE program 清華大學(xué)生物高性能計(jì)算平臺 用戶使用手冊 16 提交作業(yè)如果需要其他選項(xiàng)，如 J、 R、 M、 W、等請按照以上格式自己添加。 提交腳本 ,運(yùn)行命令 bsub 腳本名，即可提交作業(yè)。 撰寫腳本有兩種方式： 方法 1： 建立包含 bsub 的腳本 創(chuàng)建文件（如 job），在 job 中寫入 bsub 提交命令，如： bsub a intelmpi –o output.%J –e error.%J n 12 /examples/cpi 然后 chmod +x job 直接運(yùn)行 ./job，就可以提交作業(yè)。用戶如果發(fā)現(xiàn)作業(yè)為 SSUSP，請及時(shí)和管理員聯(lián)系，確認(rèn)掛起原因。 此外，為防止內(nèi)存不足造成的計(jì)算緩慢或系統(tǒng)死機(jī)等問題。 例 1： 提交 intelmpi 并行作業(yè) bsub a intelmpi –o output.%J –e error.%J n 12 /cpi 例 2： 提交 mvapich 并行作業(yè) bsub a mvapich –o output.%J –e error.%J n 12 /examples/cpi 例 3： 提交 openmpi 并行作業(yè) bsub –a openmpi –o output.%J –e error.%J n 12 /examples/cpi 清華大學(xué)生物高性能計(jì)算平臺 用戶使用手冊 15 大內(nèi)存并行作業(yè)提交 系統(tǒng)計(jì)算節(jié)點(diǎn)內(nèi)存有兩種配置， 48G 和 32G。 bsub a openmp n 12 R span[hosts=1] myOpenMPJob MPI 并行作業(yè)提交 用 關(guān)鍵字提交作業(yè)，并使用 a 選項(xiàng)指定所選用的 mpi。 2． 向某個(gè)隊(duì)列提交作業(yè)： bsub –q。作業(yè)管理系統(tǒng)不僅方便用戶使用，更提高了整個(gè)系統(tǒng)使用效率。 清華大學(xué)生物高性能計(jì)算平臺 用戶使用手冊 13 第 5 章 lsf 使用說明 本集群使用 lsf 作業(yè)管理系統(tǒng)進(jìn)行作業(yè)的管理與分配。 g) 用戶在編寫程序的時(shí)候，應(yīng)盡力減少文件的產(chǎn)生。 f)