shelxtl5結(jié)構(gòu)分析軟件包(參考版)
2025-01-10 12:26本頁面
【正文】 。 ,exit 這兩個命令推出 XP。在 XL指令中有把各向同性修正轉(zhuǎn)化成各向異性修正的指令，但不提供相反的指令。 file命令保存當前的原子數(shù)據(jù)，注意若使用 uniq命令，則只保存這時的原子數(shù)據(jù)，其它原子將不被保存，因此在使用 file命令前，最好先使用 fmol命令調(diào)用所有的原子除非想刪除其它碎片的原子，同時 file命令把差 Fourier峰也當做原子保存下來，因而必須先刪除差 Fourier峰 (否則自動把它當做 SFAC中第一類型的原子參與后續(xù)的計算 )，在運行 file命令時，要從選定的文件中復制 TITL???UNIT等指令。則按芳香烴類型加一個氫 。 hadd提供了理論加氫功能，命令使用格式為： hadd type dist U keyword 其中 dist及 U分別定義了 H原子與母原子的間距及加上的 H原子的溫度因子值，通常被忽略， keyword定義了 要加氫的原子，可以是某些原子或某一類原子或者全部原子， type定義了加氫類型： Type= 氫原子類型 1 叔碳氫 2 仲碳氫 3 伯碳氫 4 芳香烴碳 或氨基 9 烯烴碳 若忽略所有參數(shù)， hadd自動按照 C， N， O周圍的成鍵類型及鍵角進行理論加氫，但這時要注意某些原子周圍的氫可能加錯，特別是對構(gòu)型為的 的 C原子，如苯環(huán)上的 C原子及正丁基上除端 C之外的 C原子， XCY鍵角更靠近 109176。 kill命令用來刪除某些指定的原子，一類原子，一系列原子 或所有原子。在觀察鍵角時，可以把第一個原子寫在第四列，第二個原子，第五列．．．，此時鍵角對應的原子就是相應行和列上的原子。 該命令用于重新排序原子，通常需采用兩條命令來完成原子排序： sort/n /按 原子名稱的序號排序 sort $e1 $e2… /按原子種類排序 雖然 pick命令在運行時可顯示出當前原子的成鍵情況，但這些數(shù)值中不包含因?qū)ΨQ操作引入的鍵，而且也不提供鍵角， envi可顯示某一原子周圍的所有鍵及其鍵角，其命令形式如下： envi del keyword 其中 del定義了成鍵距離 (br1+br2+del，缺省值為 )， keyword可用于指定某一原子。 被選定的原子在閃爍時， XP將顯示其 峰高 (直接法及差 Fourier的峰高的標度不相同 )及其周圍的鍵，此時可以對這一原子進行操作： SP鍵跳過這一原子， BS鍵則忽略上一步操作并回退， ESC鍵忽略所有操作并返回， /鍵保存當前所有操作并返回， CR鍵則有兩個用途：直接 CR刪除原子，輸入原子名稱并 CR重命名原子 (同時按照輸入的名稱重新設(shè)置原子類型 )。 pick命令以圖形顯示當前原子表的所有原子，投影角度與上次的 proj相同。此時可使用 fuse命令， 該命令刪除那些通過對稱操作使的這個原子與某一原子的間距小于 。 fuse grow命令使用當前的所有原子及所有的對稱位置來對化合物進行擴展，若懷疑存在的結(jié)構(gòu)不是完整的單元時可以使用這一指令：假設(shè)結(jié)構(gòu)中存在對稱面，而在結(jié)構(gòu)解釋中只出現(xiàn)一半的原子， grow命令就可找出另一半原子使得化合物的結(jié)構(gòu)變得完整。使用 uniq命令后，當前的原子表發(fā)生變化，以后的操作都只對這些獨立出來的原子進行，可使用 fmol重新調(diào)用所有原子。 在研究的化合物結(jié)構(gòu)中，可能存在多個碎片 ， uniq命令使用于從多個碎片中孤立出某一碎片，它的使用方式為： uniq atom 下圖即為 uniq s1后的結(jié)果。 假設(shè)在這里不存在 Q3，且在直接法中產(chǎn)生的 Q1， Q4， Q5， Q6， Q7不在這一位置，而在其它等效位置。該命令主要使圖形轉(zhuǎn)動到某一合適位置便于觀察，它是觀察化合物結(jié)構(gòu)的主要手段。 arad則定義了原子的半徑： ARAD， BRAD， SRAD，其中 ARAD及 SRAD只與繪制結(jié)構(gòu)圖時有關(guān)，而 BRAD則定義了成鍵間距 (共價半徑 )，在 SHELXTL中，成鍵距離設(shè)置為 br1+br2+delta，其中 delta的缺省值為 。在 SHELXTL中，反常原子 (原子位置不準確，原子類型不符合 )的溫度因子通常都不正常：較高的溫度因子表明該原子可能太重或根本不存在，較小的溫度因子表明原子可能太輕。 下面以 YLID為例說明 XP的使用過程： xp ylid fmol調(diào)用所有的原子及差 Fourier峰 (簡單其見，在后續(xù)中都把它當作原子 )并形成一個原子表，它通常是 XP在讀取文件之后的第一個命令，只有被 fmol調(diào)用后的原子才參與后續(xù)的所有計算?？赏ㄟ^ XP下的 help命令來列出所有 XP的命令，并可通過 help inst(inst代表某一命令 )來獲得該命令的含義及使用方法。它的運行命令為： xp name 若存在 ， XP首先讀取這個文件的所有數(shù)據(jù)，否則讀取 文件的數(shù)據(jù)，可通過使用下列命令： xp 強制 XP讀取 。C)
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