abinit實戰(zhàn)手冊轉(zhuǎn)載-wenkub.com
2024-10-09 11:31 本頁面
【正文】 當然也可以通過采 4 4 4 用 ngkpt, nshiftk和 shiftk來設(shè)置 定義 SCF 計算中的參數(shù) nstep 15 SCF 循環(huán)的最大步數(shù) diemac 盡管這個不是必須的，對預(yù)處理 SCF 循環(huán)是很值 得的。最好設(shè)置為原子的總個數(shù)，實際上它的默認值是natom（即原子的總個數(shù)）。 tolwfr2 shiftk2 其他的參數(shù)是用來設(shè)置晶格結(jié)構(gòu)以及原子的種類和坐標，平面波切斷動能，自洽收斂參數(shù)。由于是在自洽計算中，此時設(shè)置的數(shù)較小。當 prtdos=3時，表示采用四面體方法計算分波態(tài)密度 (angularmomentum projected)，同時需設(shè)置原子球半徑。在計算態(tài)密度時，需將 prtdos 設(shè)置為 2 或 3。 下面介紹采用 ABINIT 程序電子態(tài)密度時的步驟，解釋 需要輸入的關(guān)鍵詞，以及計算結(jié)果的處理說明。 然后就可以對轉(zhuǎn)換后的文件進行畫圖了。 第三次提示要輸入的量是你計算了多少個 k 點 ； 第四次提示要輸入的是體系的費米能級。注意這里是針對 abinit 計算輸出的本征值單位為 Hatree。) open(11,file=output, status=39。 read(5,*) ef write(6,*) 39。 read(5,*) nbands2 write(6,*) 39。 的內(nèi)容如下： ! for ABINIT ! program prog real, allocatable :: e(:,:) real, allocatable :: k(:,:) real, dimension(3) ::k0,a character(len=32):: input, output character(len=32):: xx, yy write(6,*) 39。 nstep 60 自洽迭代時的最大步數(shù) 計算得到的本征值文件 zroo_DS2_EIG 內(nèi)容為： Eigenvalues (hartree) for nkpt= 57 k points: kpt 1, nband= 30, wtk= , kpt= (reduced coord) kpt 2, nband= 30, wtk= , kpt= (reduced coord) 。 nshiftk1 4 使生成的 k 點進行平移。 下面以立方的 ZrO2 晶體為例，采用 ABINIT 來計算。 OUT ment 取出得到的數(shù)據(jù)如下： 畫圖可以看到 8x8x8 的 k 點網(wǎng)格就能保證體系的總能很好的收斂了。 計算完后對 OUT 進行分析， grep 39。 OUT summary 得到 summary 類似如下數(shù)據(jù) : +01 +03 +01 +03 +01 +03 +01 +03 +01 +03 +01 +03 +01 +03 +01 +03 +01 +03 +01 +03 +01 +03 +01 +03 +01 +03 +01 +03 +01 +03 +01 +03 +01 +03 +01 +03 +01 +03 +01 +03 畫圖可以看到當 Ecut 取 40 Ha 時，體系的總能有很好的收斂了。 運行下面的命令 abins OUT 對 OUT 采用進行分析，用下面的命令取出一些數(shù)據(jù) : grep 39。 輸入文件， 的內(nèi)容為： INP OUT zroi zroo zro ./ ./ 在測試平面波切斷動能的收斂性時，我們通過設(shè)置平面波切斷動能從 20 Ha 開始，以 2 Ha 遞增，直到 58 Ha，其他參數(shù)不變計算 ZrO2 的總能。Etotal39。 的內(nèi)容為 （紫色標示） ： Begin INP 設(shè)置關(guān)鍵詞的文件名為 INP OUT 主要的輸出文件為 OUT，該文件將被寫入計算最重要的結(jié)果 sii si si 贗勢的文件名 END INP 文件的內(nèi)容為： Crystalline cubic Si ndtset 11 說明下 面將有 11 組數(shù)據(jù) acell: 3* 晶格常數(shù) a=b=c，將從 .... acell+ 3* 晶格常數(shù)將以 Ground state calculation kptopt 1 在 k點網(wǎng)格取樣時根據(jù)對稱性來取樣，并由下面的 ngkpt 和 kptrlatt, 或 者 nshiftk和 shiftk來確定 k 點的數(shù)目 iscf 5 采用 CG方法對能量進行優(yōu)化，用在基態(tài)計算中。 大致的步驟是在 Si 的晶格常數(shù)的實驗值附近取 11 個數(shù)據(jù)點，也就是說取 11 個晶格常數(shù)或體積，然后計算在這些晶格常數(shù)下的總能。 軟件的 Windows 版本實戰(zhàn)守則 （ by ） 前言 第一性原理計算發(fā)表文章的要點 1. 你算的是什么， 2. 你為什么要算這個東西， 3. 你用了怎樣的算法， 4. 你算出來了什么， 5. 你怎樣解釋你算出來的東西，有什么結(jié)論。在計算得到總能后，采用狀態(tài)方程擬合得到狀態(tài)方程、平衡態(tài)時的體積（或晶格常數(shù)）和體彈性模量。 Definition of the unit cell rprim 下面三行定義了原 胞的基矢，本例子中 Si是 fcc 結(jié)構(gòu) Definition of the atom types ntypat 1 定義原胞中原子的類別的數(shù)目，本例子中只有 1類原子 znucl 14
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