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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫注釋-資料下載頁

2025-08-05 20:26本頁面
  

【正文】 數(shù)據(jù)下載 ? FTP下載 ? ? data/ 主頁 Dowloads對(duì)應(yīng)內(nèi)容 ? eggNOG 所有蛋白質(zhì)序列 ? 文件及文件格式說明 Pfam 簡(jiǎn)介 ? Pfam ? 蛋白質(zhì)家族數(shù)據(jù)庫 Pfam簡(jiǎn)介 ? Pfam 注釋 ? 下載 ? / eggNOG/Pfam ? 數(shù)據(jù)庫特征 蛋白家族 /結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù) 支持隱馬模型搜索注釋 HMMER注釋工具 注釋工具 HMMER ? 利用隱馬爾科夫模型( HMM)在數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行比對(duì)并搜索同源序列 ? (網(wǎng)頁版服務(wù)) ? 下載 軟件 注釋工具 HMMER ? Linux系統(tǒng)下如何安裝 HMMER ? 下載合適的軟件版本 ? tar –zxf ? cd ? ./configure ? make ? make check ? make install 用戶手冊(cè) 注釋工具 HMMER ? HMMER可以實(shí)現(xiàn)哪些功能 程序 功能 hmmbuild 用多重比對(duì)序列構(gòu)建 HMM模型 hmmalign 用 HMM模型比對(duì)序列 phmmer 使用一個(gè)蛋白質(zhì)序列搜索蛋白質(zhì)序列庫( BLASTPlike) jackhmmer 蛋白質(zhì)序列迭代搜索蛋白質(zhì)序列庫 (PSIBLASTlike) hmmsearch 使用 HMM模型搜索蛋白質(zhì)序列庫 hmmscan 使用蛋白質(zhì)序列搜索 HMM模型庫 nhmmer 使用核酸序列、序列比對(duì)戒 HMM模型搜索序列庫 nhmmscan 使用核酸序列搜索 HMM模型庫 hmmconvert 轉(zhuǎn)換數(shù)據(jù)格式為 HMMER3,戒 HMMER3轉(zhuǎn)換為其他格式 hmmfetch 通過 name戒者 accession在 HMM模型庫中查找模型 … … 注釋工具 HMMER ? 如何 使用 HMMER ? hmmbuild ? hmmfile_out 輸出文件 ? msafile 輸入文件,內(nèi)容為多重序列比對(duì) 注釋工具 HMMER ? hmmbuild 需要什么樣的輸入文件 ? ? Stockholm格式戒者 FASTA格式 注釋工具 HMMER ? hmmbuild 的輸出文件格式 ? 輸出結(jié)果后綴為 .hmm 注釋工具 HMMER ? 如何 使用 HMMER? ? hmmscan ? 輸出文件 hmmdb, seqfile ? 輸入文件 o outfile戒 –domtblout outfile Pfam注釋實(shí)踐 ? Pfam 注釋 ? ($hmmerdir)/hmmscan cpu 4 domtblout Pfam cpu 4 設(shè)置 CPU數(shù)為 4 domtbout 輸出每個(gè)比對(duì)上的 domain結(jié)果到 蛋白序列 HMM 庫 徃注釋的蛋白質(zhì)序列 搜索過程的 log文件 Pfam注釋實(shí)踐 ? Pfam 注釋結(jié)果文件解讀 Pfam注釋實(shí)踐 ? 實(shí)操練習(xí) ? 利用 HMMER目錄下給定的文件使用 hmmScan軟件進(jìn)行 Pfam注釋 綜述 ? 培訓(xùn)目標(biāo)都完成了嗎? ? 數(shù)據(jù)庫? NT, NR, Uniprot, GO, KEGG, Pfam, eggNOG等 ? 注釋基本思路及方法? ? 已知基因 ENSEMBL/UCSC等下載注釋信息 ? 功能 BLAST比對(duì) ? 結(jié)構(gòu)域 HMMER比對(duì)
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