【正文】 然選擇和人工選擇）中性。5. 容易獲得。6. 取材非損害性。7. 分析容易快速。8. 可重復(fù)性高。9. 自動(dòng)化分析程度高。，交流容易? 同工酶(isozyme)：電泳可區(qū)分的同一種酶（系統(tǒng)）的不同變化（位點(diǎn)）. 定義1：具有相同底物，但電泳遷移率不同的酶。可來源于多個(gè)基因座或等位基因的表達(dá)，也可能是基因翻譯后形成的。定義2：來源于同一種系、機(jī)體或細(xì)胞的同一種酶具有不同的形式。催化同一化學(xué)反應(yīng)而化學(xué)組成不同的一組酶。產(chǎn)生同工酶的主要原因是在進(jìn)化過程中基因發(fā)生變異，而其變異程度尚不足以成為一個(gè)新酶。同工酶（isozyme，isoenzyme）廣義是指生物體內(nèi)催化相同反應(yīng)而分子結(jié)構(gòu)不同的酶。按照國際生化聯(lián)合會(huì)（IUB）所屬生化命名委員會(huì)的建議，則只把其中因編碼基因不同而產(chǎn)生的多種分子結(jié)構(gòu)的酶稱為同工酶。最典型的同工酶是乳酸脫氫酶（LDH）同工酶。 同工酶的基因先轉(zhuǎn)錄成同工酶的信使核糖核酸，后者再轉(zhuǎn)譯產(chǎn)生組成同工酶的肽鏈，不同的肽鏈可以不聚合的單體形式存在，也可聚合成純聚體或雜交體，從而形成同一種酶的不同結(jié)構(gòu)形式。同工酶是指催化相同的化學(xué)反應(yīng)，但其蛋白質(zhì)分子結(jié)構(gòu)、理化性質(zhì)和免疫性能等方面都存在明顯差異的一組酶? 等位酶(allozyme)：由于同一基因座上不同等位基因的差異而導(dǎo)致的具有不同電泳遷移率的編碼蛋白，是一種特殊的同工酶。由一個(gè)位點(diǎn)的不同等位基因編碼的同種酶的不同類型，其功能相同但氨基酸序列不同. 等位酶作為一種特殊形式的同工酶，它由一個(gè)基因位點(diǎn)、不同等位基因編碼。根據(jù)等位酶譜帶的遺傳分析確定出每種等位基因在居群中的頻率，從而計(jì)算出它們的遺傳相似度或遺傳距離，再根據(jù)遺傳距離分析植物對(duì)污染的適應(yīng)過程中遺傳結(jié)構(gòu)變化，依據(jù)分子鐘進(jìn)化理論計(jì)算出遺傳進(jìn)化的理論時(shí)間，從而評(píng)估污染對(duì)植物進(jìn)化影響的速度和強(qiáng)度。目前的研究結(jié)果表明，經(jīng)歷污染時(shí)間越長，居群間的遺傳相似系數(shù)就越小。PCR: 定義1：用引物和DNA聚合酶進(jìn)行體外擴(kuò)增特定的DNA區(qū)域的一種技術(shù)。定義2：體外酶促合成特異脫氧核糖核酸片段的技術(shù)。定義3：通過DNA互補(bǔ)雙鏈解鏈、退火和聚合延伸的多次循環(huán)來擴(kuò)增DNA特定序列的方法。定義4：由穆利斯(K. B. Mullis)于1988年首創(chuàng)的一種在體外模擬發(fā)生于細(xì)胞內(nèi)的DNA快速擴(kuò)增特定基因或DNA序列的復(fù)制過程的技術(shù)。RAPD: RAPD 技術(shù)是1990 年發(fā)明并發(fā)展起來的，RAPD是建立在PCR (Polymerase Chain Reaction)基礎(chǔ)之上的一種可對(duì)整個(gè)未知序列的基因組進(jìn)行多態(tài)性分析的分子技術(shù)。其以基因組DNA為模板， 以單個(gè)人工合成的隨機(jī)多態(tài)核苷酸序列( 通常為10 個(gè)堿基對(duì)) 為引物，在熱穩(wěn)定的DNA 聚合酶( Taq 酶) 作用下，進(jìn)行PCR 擴(kuò)增。擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)瓊脂糖或聚丙烯酰胺電泳分離、溴化乙錠染色后，在紫外透視儀上檢測多態(tài)性。擴(kuò)增產(chǎn)物的多態(tài)性反映了基因組的多態(tài)性。RAPD 技術(shù)現(xiàn)已廣泛的應(yīng)用于生物的品種鑒定、系譜分析及進(jìn)化關(guān)系的研究上。隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性DNA技術(shù)，是由美國科學(xué)家Wiliams和Welsh于1990年分別研究提出的，又稱任意引物PCR。它的應(yīng)用是基于這樣的一個(gè)推理：對(duì)于同一模板DNA，用同一引物擴(kuò)增既可能得到相同的帶譜（模板基因組間可能具有同源性），也可能得到不同的帶譜。僅在某一特定模板中出現(xiàn)的條帶就可作為該模板的分子標(biāo)記。事實(shí)上，不同基因組DNA總是一定差異的，所以用RAPD就可以進(jìn)行分子標(biāo)記研究。理論上講，在一定的擴(kuò)增條件下，擴(kuò)增的條帶數(shù)取決于基因組的復(fù)雜性。對(duì)特定的引物，復(fù)雜性越高的基因組所產(chǎn)生的擴(kuò)增條帶數(shù)也越多。 ISSR: 　ISSR(intersimple sequence repeat)是Zietkeiwitcz等于1994年發(fā)展起來的一種微衛(wèi)星基礎(chǔ)上的分子標(biāo)記。其基本原理是:用錨定的微衛(wèi)星DNA為引物，即在SSR序列的339。端或539。端加上24個(gè)隨機(jī)核昔酸，在PCR反應(yīng)中，錨定引物可引起特定位點(diǎn)退火，導(dǎo)致與錨定引物互補(bǔ)的間隔不太大的重復(fù)序列間DNA片段進(jìn)行PCR擴(kuò)增。所擴(kuò)增的inter SSR區(qū)域的多個(gè)條帶通過聚丙烯酞胺凝膠電泳得以分辨，擴(kuò)增譜帶多為顯性表現(xiàn)。 　　ISSR引物的開發(fā)不像SSR引物那樣需測序獲得SSR兩側(cè)的單拷貝序列，開發(fā)費(fèi)用降低。與SSR標(biāo)記相比，ISSR引物可以在不同的物種間通用，不像SSR標(biāo)記一樣具有較強(qiáng)的種特異性。與RAPD和RFLP相比，ISSR揭示的多態(tài)性較高，可獲得幾倍于RAPD的信息量，精確度幾乎可與RFLP相媲美，檢測非常方便，因而是一種非常有發(fā)展前途的分子標(biāo)記。目前，ISSR標(biāo)記已廣泛應(yīng)用于植物品種鑒定、遺傳作圖、基因定位、遺傳多樣性、進(jìn)化及分子生態(tài)學(xué)研究中。ISSR 技術(shù)與RAPD 基本相同，區(qū)別之處在于ISSR 引物序列是根據(jù)微衛(wèi)星序列設(shè)計(jì)，退火溫度比RAPD 高，重復(fù)性好。RFLP ——Restriction fragment length polymorphism and Southern blotting: RFLP標(biāo)記是發(fā)展最早的DNA標(biāo)記技術(shù)。RFLP是指基因型之間限制性片段長度的差異，這種差異是由限制性酶切位點(diǎn)上堿基的插入、缺失、重排或點(diǎn)突變所引起的。 　　RFLP技術(shù)主要包括以下基本步驟： 　　DNA提取→用限制性內(nèi)切酶酶切DNA→用凝膠電泳分開DNA片段→把DNA片段轉(zhuǎn)移到濾膜上→利用放射性標(biāo)記的探針雜交顯示特定的DNA片段（Southern雜交）和結(jié)果分析。 　　RFLP遍布低拷貝編碼序列，并且非常穩(wěn)定，但RFLP實(shí)驗(yàn)操作繁瑣，檢測周期長，成本高昂，不適于大規(guī)模的分子育種，在植物分子標(biāo)記輔助育種中需要將RFLP轉(zhuǎn)換成以PCR為基礎(chǔ)的標(biāo)記。 　　RFLP（Restriction Fragment Length Polymorphism，限制性內(nèi)切酶片段長度多態(tài)性）作為第一代分子生物學(xué)標(biāo)記自問世以來已廣泛運(yùn)用于多門生物學(xué)科研究中，但它運(yùn)用于植物抗性研究還只是近幾年的事。RFLP能對(duì)植物的抗性基因進(jìn)行定位和分離，利用RFLP技術(shù)，對(duì)于核基因組或葉綠體基因組、尤其是后者，若能提取純凈DNA，則可直接從酶切后的電泳圖譜看出其多態(tài)性，利用這一方法可以測定種群內(nèi)、種群間不同水平的物種在污染環(huán)境下抗性分化進(jìn)化水平上的差異。 　　與核酸序列分析相比，RFLP可省去序列分析中許多非常繁瑣工序，但相對(duì)RAPD 而言，RFLP方法更費(fèi)時(shí)、費(fèi)力，需要進(jìn)行DNA多種酶切、轉(zhuǎn)膜以及探針的制備等多個(gè)步驟，僅對(duì)基因組單拷貝序列進(jìn)行鑒定。但RFLP又有比RAPD優(yōu)越之處， 它可以用來測定多態(tài)性是由父本還是母本產(chǎn)生的，也可用來測定由多態(tài)性產(chǎn)生的突變類型究竟是由堿基突變或倒位、 還是由缺失、插入造成的。RFLP的類型::表現(xiàn)為DNA鏈中發(fā)生單個(gè)堿基的突變，且突變導(dǎo)致一個(gè)原有酶切位點(diǎn)的丟失或形成一個(gè)新的酶切位點(diǎn)。Southern雜交即可診斷。:因DNA鏈內(nèi)發(fā)生較大部分的缺失 重復(fù) 插入等變異，其結(jié)果是即使其內(nèi)切酶位點(diǎn)堿基序列沒有變化，但原有的內(nèi)切酶位點(diǎn)相對(duì)位置發(fā)生變化從而導(dǎo)致RFLP。RFLP的缺陷:? 費(fèi)時(shí)費(fèi)力? 費(fèi)用昂貴? 數(shù)據(jù)的信息量常比較有限? 常用同位素，有危險(xiǎn)性AFLP:擴(kuò)增片段長度多態(tài)性是指采用一定的技術(shù)方法對(duì)全基因組的一個(gè)隨機(jī)樣本進(jìn)行比較，DNA片段長度差異產(chǎn)生的多樣性。他具有RFLP的可靠性和PCR技術(shù)的高效性. AFLP（amplified fragment length polymorphism）技術(shù)是一項(xiàng)新的分子標(biāo)記技術(shù)，是基于PCR技術(shù)擴(kuò)增基因組DNA限制性片段，基因組DNA先用限制性內(nèi)切酶切割，然后將雙鏈接頭連接到DNA片段的末端，接頭序列和相鄰的限制性位點(diǎn)序列，作為引物結(jié)合位點(diǎn)。限制性片段用二種酶切割產(chǎn)生，一種是罕見切割酶，一種是常用切割酶。它結(jié)合了RFLP和PCR技術(shù)特點(diǎn)，具有RFLP技術(shù)的可靠性和PCR技術(shù)的高效性。由于AFLP擴(kuò)增可使某一品種出現(xiàn)特定的DNA譜帶，而在另一品種中可能無此譜帶產(chǎn)生，因此，這種通過引物誘導(dǎo)及DNA擴(kuò)增后得到的DNA多態(tài)性可做為一種分子標(biāo)記。 　　AFLP可在一次單個(gè)反應(yīng)中檢測到大量的片段。以說AFLP技術(shù)是一種新的而且有很大功能的DNA指紋技術(shù)。簡單重復(fù)序列（Simple SequenceRepeats，SSR）: 由1~8個(gè)堿基對(duì)為基本單元的串聯(lián)重復(fù)的DNA序列。?微衛(wèi)星（Microsatellite ）:微衛(wèi)星是基因組中一段串聯(lián)重復(fù)的非編碼序列，重復(fù)單元26個(gè)，重復(fù)數(shù)目從幾個(gè)到上百，例如TAG TAG TAG TAG TAG TAG TAG... 。? 微衛(wèi)星標(biāo)記具有物種內(nèi)個(gè)體間的高度多態(tài)性，適用于DNA序列不能解決的DNA指紋、姻親分析等。數(shù)量分類: 　分類必須有被分類的對(duì)象，分類的對(duì)象是由許多被分類的實(shí)體所組成的集合。如此被分類的實(shí)體是分類的基本單位，稱為運(yùn)算分類單位，簡稱分類單位（OTU），由全部分類單位組成的集合稱為被分類群。分類還需要有分類的依據(jù)，分類的依據(jù)取決于被分類群中分類單位的性狀，所謂性狀，就是一個(gè)分類單位區(qū)分于其他分類單位的性質(zhì)、特征或?qū)傩?。分類單位在某個(gè)性狀所具有的狀態(tài)稱為性狀狀態(tài)，簡稱為狀態(tài)。例如種子植物某一屬的分類，可以取該屬的種或變種為運(yùn)算分類單位。如果以花的顏色作為分類性狀，花所具有的不同顏色就是性狀狀態(tài)。分類就是將被分類群中所有分類單位，依據(jù)它們的性狀狀態(tài)作出劃分或聚合。經(jīng)過分類獲得的分類單位集合，稱為分類群。 分支分類與表征分類的比較分類從形式上區(qū)分產(chǎn)生互相對(duì)立的概念：重疊與非重疊的分類，一元與多元的分類，劃分與聚合的分類，系統(tǒng)與非系統(tǒng)的分類。一個(gè)分類單位允許同時(shí)屬于不同分類群，稱這樣的分類為重疊的分類；依據(jù)一個(gè)性狀進(jìn)行的分類稱為一元分類，綜合多個(gè)性狀獲得的分類是多元分類；分類獲得的分類群根據(jù)隸屬關(guān)系可以排成一定的系統(tǒng)，稱這樣的分類為系統(tǒng)分類。分類有兩種進(jìn)行方式，從分類單位開始聚合為分類群稱為聚合的分類；先把被分類群看作是一個(gè)整體，再劃分為分類群，稱為劃分的分類。生物分類通常是非重疊的、多元的、系統(tǒng)的分類。數(shù)量分類學(xué)的分類方法常常采取聚合的分類。表型分類學(xué)派The School of Phenetic Taxonomy: 興起于20世紀(jì)五十年代初期。該學(xué)派強(qiáng)調(diào)系統(tǒng)學(xué)研究的精確性和可操作性，試圖使用一種較為標(biāo)準(zhǔn)、可重復(fù)、易于實(shí)施的手段，建立比較穩(wěn)定的分類系統(tǒng)。表型學(xué)派認(rèn)為真正的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系是無法重建的，人們只能基于生物體表現(xiàn)型的總體相似性（total similarity）去對(duì)生物進(jìn)行歸類和編級(jí)，特征的相似性反映了共同基因，因此生物表現(xiàn)出來的所有特征都具有同等的重要性，物種或類群之間的親緣關(guān)系可被表達(dá)為相似性的數(shù)值指數(shù)，相似性指數(shù)較高的物種或類群被歸類在一起，而不論這種相似性是來自真正的同源相似還是來自由平行、趨同或反向進(jìn)化形成的非同源相似。由于表型學(xué)派排除將生物系統(tǒng)發(fā)育、進(jìn)化等內(nèi)容作為生物系統(tǒng)學(xué)的基礎(chǔ)，因而受到廣泛批評(píng)。這一學(xué)派是根據(jù)兩個(gè)分類群之間總體相似程度來進(jìn)行分類，不論其來源是否為共同祖先，不分什么特征是主要的，那些特征是次要的，也不論這些特征是宏觀的還是微觀的，凡是特征相似的就是一類，它是研究兩個(gè)分類群之間的形似程度，因而不僅要定性，還涉及到數(shù)量，并以數(shù)量來表示其相似程度。數(shù)量分類學(xué)這個(gè)學(xué)派的方法。用這種方法劃分的分類群沒有進(jìn)化上的意義。這一學(xué)派的代表有P. H. A. Sneath（英）、R. R. S okal（美）、F. J. Rohlf（美）和P. H. Colleso（澳）。系統(tǒng)發(fā)育分類學(xué)派The School of Phylogenetic Taxonomy:這個(gè)學(xué)派研究植物的種系發(fā)生和分支演化，其理論建立在進(jìn)化論的基礎(chǔ)上，研究兩個(gè)分類群的關(guān)系如何，常常側(cè)重于了解它們是否由共同的祖先演化而來，而較少考慮其現(xiàn)存特征的相似程度。這一學(xué)派完全根據(jù)進(jìn)化過程中進(jìn)化分支關(guān)系來進(jìn)行分類，所以又稱為分支（譜系分支）分類學(xué)派。（德）、G. J. Nilson（美）、J. S. Farris（美）. Brainerd（丹麥）綜合系統(tǒng)學(xué)派Synthetic Systemetic School:這一學(xué)派是將上面兩大學(xué)派結(jié)合起來。它既考慮是否有共同的祖先，也適當(dāng)考慮兩個(gè)分類群的相似程度，但它特別強(qiáng)調(diào)鑒別特征，認(rèn)為具備明顯一致的鑒別特征就是同一類。這一學(xué)派的代表有E. Mayr （美）、G. G. Simpson（美）、Bock（澳）。進(jìn)化分類學(xué)派與分支學(xué)派的區(qū)別：1. 進(jìn)化分類學(xué)派認(rèn)為建立系統(tǒng)關(guān)系時(shí)，單純依靠血緣關(guān)系（即分支的順序，不能完全概括在進(jìn)化過程中出現(xiàn)的全部情況，尚需考慮到各分支之間的進(jìn)化程度。2. 進(jìn)化分類學(xué)派認(rèn)為凡起源于一個(gè)共同祖先的類群，均為單系群或單源群。3. 在方法論上，進(jìn)化學(xué)派認(rèn)為生物分類學(xué)家的工作是要分出生物的實(shí)際具體類群，分支學(xué)派的方法帶有過多的形式邏輯成分，先驗(yàn)性太強(qiáng)。4. 在分類系統(tǒng)的安排上，進(jìn)化學(xué)派指出分支學(xué)派的做法中，編級(jí)的層次太多，致使系統(tǒng)過于臃腫，在實(shí)踐中無法使用。DNA barcoding的理想:? 幾秒鐘至幾分鐘產(chǎn)生數(shù)據(jù)? 每個(gè)樣品的成本僅幾分錢? 在任何地方都能快速鏈接到數(shù)據(jù)庫? 只需一個(gè)“分類儀”（ taxonomic GPS）? 適合非專業(yè)人員使用.用DNA條形碼的十大理由:1. 不受材料不完整性的影響。2. 不受生活史階段的影響。3. 不受趨同偽裝的影響。4. 不存在含混不清。5. 讓專家有更多的精力發(fā)現(xiàn)新物種。6. 讓物種更接近民眾。7. 為野外用電子設(shè)備鑒別物種鋪平道路。8. 為”生命之樹”添枝加葉。9. 體現(xiàn)標(biāo)本館的作用。10. 加快生命大百科全書進(jìn)程對(duì)DNA barcoding的批評(píng):? 在種上等級(jí)DNA barcoding不能提供可靠的信息? 使分類科學(xué)簡單化? 不能區(qū)分新近分化的物種? 可能與幾十年以前的“表征分類”有同樣的下場? 與已經(jīng)雪上加霜的分類學(xué)搶經(jīng)費(fèi)? 回避了不該回避的物種問題植物DNA Barcoding還存在哪些問題:1. 通用標(biāo)記與專用標(biāo)記：能否找到植物界/高等植物/維管植物/種子植物通用的單一基因組的單一基因。2. 單一基因/多基因。3. 單一基因組/多基因組。4. 用哪個(gè)（些）基因。5. 如何定義物種。6. 分析方法DNA條形碼與分類學(xué)的關(guān)系: