【正文】 FT CC XX SQ blank // identifier accession number data description keywords anism(species) anism(classification) Organelle reference number reference ment reference positions crossreference reference authors reference title reference location database crossreference feature header feature table data ments spacer line sequence header sequence data termination line （身份號） （記錄號） （日期） （描述） （關(guān)鍵詞） （物種） （分類） （細(xì)胞器） （文獻(xiàn)編號） （文獻(xiàn)說明） （文獻(xiàn)大?。? （相關(guān)文獻(xiàn)） （文獻(xiàn)作者） （文獻(xiàn)題目） （文獻(xiàn)出處） （相關(guān)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫） （主表頭） （主表數(shù)據(jù)） （說明） （空白行） （序列頭） （空白） （終止行） 該行的第一項(xiàng)內(nèi)容是該數(shù)據(jù)庫記錄的名稱，該名稱是唯一的，是由 EMBL數(shù)據(jù)庫給定的。其它內(nèi)容注明了該記錄的一些狀況 (如是否已經(jīng)被核實(shí) —本例中為已核實(shí)，即 standard；記錄的堿基數(shù)等 ) 每個(gè)記錄號均是唯一的，并從不更改，是由 GenBank給定的。如果兩個(gè)記錄被合并成一個(gè)記錄，原始上著2個(gè)記錄號均會被注明 2個(gè)日期被注出，一個(gè)是該數(shù)據(jù)第一次被記錄時(shí)間，另一個(gè)是最后一次的時(shí)間。 對該基因的文字描述 描述該基因的關(guān)鍵詞 物種名稱 物種的一個(gè)簡單分類，該分類并不一定準(zhǔn)確，應(yīng)謹(jǐn)慎從事 該基因是否在某一個(gè)特殊的細(xì)胞器中 與該記錄研究相關(guān)的文獻(xiàn)信息 見文中說明 該記錄主要內(nèi)容列表表頭 見文中說明 對記錄的文字說明 有關(guān)該序列大小和組成的信息 一個(gè)記錄的終止符號 NCBI NCBI NCBI NCBI NCBI 相關(guān)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫 (DR) 的說明 ? 許多二級數(shù)據(jù)庫內(nèi)容來自初始數(shù)據(jù)庫 ? OMIM數(shù)據(jù)庫是有關(guān)人類遺傳疾病的數(shù)據(jù)，如 OMIM中的一個(gè)記錄與 EMBL中一個(gè)已知序列的基因有關(guān)，則該基因?qū)⑴c該記錄建立聯(lián)系， EMBL庫中該序列的 DR欄中將包括 OMIM和 OMIM中相關(guān)記錄的名稱。 ? DR欄中有該 DNA序列翻譯成蛋白質(zhì)序列的 SWISSPROT記錄號等。 NCBI EMBL數(shù)據(jù)庫記錄 相關(guān)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫 NCBI 相關(guān)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫 (DR) 的說明 ? DR欄內(nèi)容有助于了解與該原始 DNA序列相關(guān)信息的狀況和存貯站點(diǎn)。 ? 與 DR欄有關(guān)的數(shù)據(jù)庫： SWISSPROT、 EMBL、 OMIM、PROSITE(保守蛋白質(zhì)模序數(shù)據(jù)庫 )、 HSSP、 PDB 、 PIR 、MEDLNE(與 RL欄相關(guān)的文獻(xiàn)摘要數(shù)據(jù)庫 ) 等。 NCBI 相關(guān)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫 (DR)的說明 ? 注釋中另一個(gè)需要說明的重要內(nèi)容是主表數(shù)據(jù) (feature table data, FT)欄。 ? 主表試圖將盡可能多的序列信息囊括其中，并以計(jì)算機(jī)可以閱讀的格式編排。 ? 3個(gè)主要 DNA數(shù)據(jù)庫 (EMBL、 GenBank和 DDBJ)已經(jīng)對該表的表述格式達(dá)成了一致。具體表述在： ? NCBI General Information NCBI Additional Information NCBI Additional Information NCBI Sequence NCBI Primary Accession－頭部 NCBI Primary Accession－中部 NCBI Primary Accession－尾部 NCBI 序列文件格式 ? 文本格式 ? 簡單文本格式 ? Line, Plain Text ? Staden ? FASTA ? Bio (生物網(wǎng)膜 allows ments) ? 加入注釋的文本格式 ? GenBank ? GCG ? 二進(jìn)制格式 (通常都帶有注釋 ) ? MacVector NCBI 序列文件格式例子（ Fasta） gi|995614|dbj|D49653|RATOBESE R at mRNA for obese. CCAAGAAGAAGAAGACCCCAGCGAGGAAAATGTGCTGGAGACCCCTGTGCCGGTTCCTGTGGCTTTGGTCCTATCTGTCCTATGTTCAAGCTGTGCCTATCCACAAAGTCCAGGATGACACCAAAACCCTCATCAAGACCATTGTCACCAGGATCAATGACATTTCACACACGCAGTCGGTATCCGCCAGGCAGAGGGTCACCGGTTTGGACTTCATTCCCGGGCTTCACCCCATTCTGAGTTTGTCCAAGATGGACCAGACCCTGGCAGTCTATCAACAGATCCTCACCAGCTTGCCTTCCCAAAACGTGCTGCAGATAGCTCATGACCTGGAGAACCTGCGAGACCTCCTCCATCTGCTGGCCTTCTCCAAGAGCTGCTCCCTGCCGCAGACCCGTGGCCTGCAGAAGCCAGAGAGCCTGGATGGCGTCCTGGAAGCCTCGCTCTACTCCACAGAGGTGGTGGCTCTGAGCAGGCTGCAGGGCTCTCTGCAGGACATTCTTCAACAGTTGGACCTTAGCCCTGAATGCTGAGGTTTC 以上這個(gè) FASTA文件中包含了 gi號碼、 GenBank檢索號碼、 LOCUS名稱、以及GenBank記錄中的 DEFINATION字段。 一種最簡單的 fasta序列形式可以表示為： D49653 CCAAGAAGAAGAAGACCCCAGCGAGGAAAATGTGCTGGAGACCCCTGTGCCGGTTCCTGTGGCTTTGGTCCTATCTGTCCTATGTTCAAGCTGTGCCTATCCACAAAGTCCAGGATGACACCAAAACCCTCATCAAGACCATTGTCACCAGGATCAATGACATTTCACACACGCAGTCGGTATCCG…. NCBI 序列文件格式例子 (GenBank) ? LOCUS RATOBESE 539 bp ssmRNA ROD 23SEP1995 ? DEFINITION Rat mRNA for obese. ? ACCESSION D49653 ? KEYWORDS . ? SOURCE Rattus norvegicus (strain OLETF, LETO and Zucker, ) differentiated ? adipose cDNA to mRNA. ? ORGANISM Rattus norvegicus ? Eukaryotae。 mitochondrial eukaryotes。 Metazoa。 Chordata。 ? Vertebrata。 Sarcopterygii。 Mammalia。 Eutheria。 Rodentia。 ? Sciurognathi。 Myomorpha。 Muridae。 Murinae。 Rattus. ? REFERENCE 1 (bases 1 to 539) ? AUTHORS Murakami,T. and Shima,K. ? TITLE Cloning of rat obese cDNA and its expression in obese rats ? JOURNAL Biochem. Biophys. Res. Commun. 209, 944952 (1995) ? STANDARD full automatic ? COMMENT Submitted (10Mar1995) to DDBJ by: ? Takashi Murakami ? Department of Laboratory Medicine ? School of Medicine ? University of Tokushima ? Kuramotocho 3chome ? Tokushima 770 ? Japan ? Phone: +81886337184 ? Fax: +81886319495. NCBI 序列文件格式例子 (GenBank) ? NCBI gi: 995614 ? FEATURES Location/Qualifiers ? source 1..539 ? /anism=Rattus norvegicus ? /strain=OLETF, LETO and Zucker ? /dev_stage=differentiated ? /sequenced_mol=cDNA to mRNA ? /tissue_type=adipose ? CDS 30..533 ? /partial ? /note=NCBI gi: 995615 ? /codon_start=1 ? /product=obese ? /translation=MCWRPLCRFLWLWSYLSYVQAVPIHKVQDDTKTLIKTIVTRIND ? ISHTQSVSARQRVTGLDFIPGLHPILSLSKMDQTLAVYILTSLPSQNVLQIAHDLE ? NLRDLLHLLAFSKSCSLPQTRGLQKPESLDGVLEASLYSTEVVALSRLQGSLQDIL ? LDLSPEC ? BASE COUNT 121 a 167 c 133 g 118 t ? ORIGIN ? 1 ccaagaagaa gaagacccca gcgaggaaaa tgtgctggag acccctgtgc cggttcctgt ? 61 ggctttggtc ctatctgtcc tatgttcaag ctgtgcctat ccacaaagtc caggatgaca ? 121 ccaaaaccct catcaagacc attgtcacca ggatcaatga catttcacac acgcagtcgg ? 181 tatccgccag gcagagggtc accggtttgg acttcattcc cgggcttcac cccattctga ? 241 gtttgtccaa gatggaccag accctggcag tctatcaaca gatcctcacc agcttgcctt ? 301 cccaaaacgt gctgcagata gctcatgacc tggagaacct gcgagacctc ctccatctgc ? 361 tggccttctc caagagctgc tccctgccgc agacccgtgg cctgcagaag ccagagagcc ? 421 tggatggcgt cctggaagcc tcgctctact ccacagaggt ggtggctctg agcaggctgc ? 481 agggctctct gcaggacatt cttca