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2025-06-25 06:05本頁面
【正文】 起點(diǎn)位置，長度 起點(diǎn)位置，長度 起點(diǎn)位置，長度排除低質(zhì)量序列區(qū)或高度重復(fù)區(qū)作為引物的可能。Sequence Quality: 序列質(zhì)量參數(shù)(為一整數(shù))，高表示可信度高，低表示可信度低。Left Input : 輸入左引物，使其能檢出相應(yīng)的右引物。該序列必須為輸入序列的子串Right Input: 輸入右引物，使其能檢出相應(yīng)的左引物。該序列必須為輸入序列的子串Global ParametersPick Internal Oligo: 若非0，則選擇一個內(nèi)部的寡聚序列作為擴(kuò)增后的PCR產(chǎn)物的雜交探針。Liberal Base: 特殊堿基數(shù),與N值一樣處理， 為接受IUB/IUPAC密碼提供一個便捷的方式。Mispriming Library: 錯配引物文庫Max Mispriming: 與錯配引物文庫序列的相似性，默認(rèn)值12。Product Size Range: PCR產(chǎn)物長度范圍。CG Clamp: 在左右引物的3’末端連續(xù)的G, C核苷酸（GC夾），要盡量避免（對雜交序列沒有影響）。Optimum Primer Size: 引物序列最適當(dāng)?shù)拈L度。Minimum Primer Size: 引物序列最小的長度。Maximum Primer Size: 引物序列最大的長度。（不超過36）Primer Size與解鏈溫度及特異性相關(guān)。Optimum Tm: 最適當(dāng)?shù)腡m（解鏈溫度）值。Minimum Tm: 最小的Tm值。Maximum Tm: 最大的Tm值。Maximum Tm Difference: 左右引物解鏈溫度的最大差距，越小越好。Minimum GC Content: 包含GC的最小百分比。Maximum GC Content: 包含GC的最大百分比。GC Content 一般50%較好。Salt Comcentration: PCR中鹽（通常是KCL）的濃度。用來計(jì)算Tm。PCR的緩沖液中已優(yōu)化,默認(rèn)即可。Annealing Oligo Concentration: 退火低聚物濃度，即引物濃度，用來計(jì)算寡聚鏈熔點(diǎn)。默認(rèn)即可。默認(rèn)值為50nM，這是一個經(jīng)驗(yàn)值：20ml的反應(yīng)中包括20mmol/，10微毫克模板，每個dNTP , MgCl2, , 50mM KCl, 10mM TrisHCL (pH ), 56攝氏度的退火溫度。Maximum Ns Accepted: 任意引物中最大的不確定（N）堿基數(shù)，最好無。Maximum Complementarity: 最大互補(bǔ)數(shù)。允許左右引物的最大對準(zhǔn)數(shù)。，一個。只允許單堿基空位。沒有負(fù)數(shù)。引物自身基因工程物間互補(bǔ)之和,要盡量小。Maximum 3’Complementarity:左右引物的3’端匹配度，或一個引物的自身匹配度。沒有負(fù)數(shù)。Maximum PolyX: 最大的多聚單核苷酸數(shù)，應(yīng)盡量小。Number To Return: 引物鏈的最大返回數(shù)。引物鏈按“質(zhì)量”返回排序，換言之，即客觀運(yùn)行值，越低引物鏈越好。注意：過大的參數(shù)值會增加運(yùn)行時間。First Base Index: 第一堿基輸出,默認(rèn)即可。若輸入輸出用1堿基索引（類似GenBank和使用者通常所用的），設(shè)置參數(shù)為1。若輸入輸出用0堿基索引，設(shè)置參數(shù)為0。在3W界面，默認(rèn)值是1。Min Quality: 引物的最小質(zhì)量。Min End Quality: 引物5’端五聚物允許的最大質(zhì)量。Quality Range Min: 合法序列最小質(zhì)量。Quality Range Max: 合法序列最大質(zhì)量。Inside Penalty: 如有多段目的片段,且須重疊,則注明幾個,以保證各序列可重疊。 非默認(rèn)值只作用于目的片段為0或1 的序列。若引物跨越目標(biāo)（target）并覆蓋目標(biāo)，將此值乘以覆蓋的目標(biāo)序列核酸數(shù)，作為“位置罰分”。此參數(shù)允許Primer3包括target為objective運(yùn)行。Outside Penalty: 如有多段目的片段,且須緊接,則注明幾個,以保證各序列可緊接著。非默認(rèn)值只作用于目的片段為0或1 的序列。若引物跨越目標(biāo)（target）,但不覆蓋目標(biāo)，將此值乘以從3’端到target的核酸數(shù)，作為“位置罰分”。Max End Stability: 左右引物3’端五堿基穩(wěn)定性。數(shù)字越大，表示3’端穩(wěn)定性越高。推薦值9。Internal Oligo PerSequence InputsInternal Oligo Excluded Region: 不包括在內(nèi)部探針中的區(qū)域。Internal Oligo Inprt: 輸入內(nèi)部探針序列。Internal Oligo Global ParametersInternal Oligo Optimum Size: 內(nèi)部探針最適合大小。Internal Oligo Minimum Size: 內(nèi)部探針最小尺寸。Internal Oligo Maximum Size: 內(nèi)部探針最大尺寸。Internal Oligo Optimum Tm: 內(nèi)部探針最適合Tm值。Internal Oligo Minimum Tm: 內(nèi)部探針最小Tm值。Internal Oligo Maximum Tm: 內(nèi)部探針最大Tm值。Internal Oligo Minimum GC Content: 內(nèi)部探針最小GC含量。Internal Oligo Maximum GC Content: 內(nèi)部探針最大GC含量。Internal Oligo salt Concentration: 內(nèi)部探針鹽濃度。Internal Oligo DNA Concentration: 內(nèi)部探針DNA濃度。Internal Oligo Self Complementarity: 內(nèi)部探針自身互補(bǔ)度。Internal Oligo Maximum PolyX: 內(nèi)部探針最大多聚核苷酸數(shù)Internal Oligo Maximum 3’Self Complementarity: 內(nèi)部探針最大3’端自身互補(bǔ)度。Internal Oligo Mishyb Library: 內(nèi)部探針錯配文庫。Internal Oligo Max Mishyb: 內(nèi)部探針最大錯配值。Internal Oligo Min Quality: 內(nèi)部探針最小質(zhì)量。
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