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新型蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析手段-氫氘交換質(zhì)譜技術(shù)進(jìn)展(留存版)

2024-09-12 16:57上一頁面

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【正文】 要采集0s、10s、1min、10min、60min、240min等多個時間點的數(shù)據(jù)。質(zhì)譜平臺還具備根據(jù)離子大小及形態(tài)進(jìn)行分離的功能(行波離子淌度分離)。SYNPAT質(zhì)譜提供的ETD(電子轉(zhuǎn)移解離)碎裂模式可以避免氘原子重排造成的信息混亂,并具有良好的碎裂信號[16]。沃特世氫氘交換質(zhì)譜解決方案所提供的DynamX軟件可以為科學(xué)家提供簡便直觀的分析結(jié)果,并包含多種呈現(xiàn)方式。因此,這些質(zhì)譜峰可能與哪些未發(fā)生交換反應(yīng)的多肽質(zhì)譜峰逐漸疊加、相互覆蓋。因此UPLC可以做到在不損失色譜分離效果的要求下,極大縮短液相分析時間的要求[9]。 與經(jīng)典的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)研究方法相比,如X射線晶體衍射(XRay Crystallography)和核磁共振(NMR. Nuclear Magnetic Resonance)等方法,氫氘交換質(zhì)譜不能夠提供精確的蛋白空間結(jié)構(gòu),它直接提供的主要信息包括哪些氨基酸序列位于蛋白質(zhì)空間結(jié)構(gòu)的表面位置(包括動態(tài)變化中的)、可能的活性位點和蛋白蛋白相互作用位點等。新型蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析手段氫氘交換質(zhì)譜技術(shù)進(jìn)展氫氘交換質(zhì)譜法是一種研究蛋白質(zhì)空間構(gòu)象的質(zhì)譜技術(shù)。系統(tǒng)采用亞二納米色譜顆粒填料,較HPLC使用的大顆粒填料,UPLC具有無與倫比的分離度。 氫氘交換實驗的質(zhì)譜數(shù)據(jù)中,隨著交換時間的延長,發(fā)生了交換反應(yīng)的多肽,由于質(zhì)量變大,其質(zhì)譜信號將逐漸向高質(zhì)荷比方向移動。人工完成如此巨大的信息處理工作,將消耗科學(xué)家大量的時間。在數(shù)據(jù)處理時,除多肽離子的質(zhì)荷比信息外,還可以通過離子遷移時間(離子淌度維度參數(shù))將不同離子區(qū)分。如果進(jìn)行人工手動實驗,很難做到對10S10min等幾個時間點的精確操作。在全世界范圍內(nèi),這套系統(tǒng)已經(jīng)幫助科學(xué)家在包括Cell、Nature等頂級研究期刊中發(fā)表研究論文[7,8]。其原理是將蛋白浸入重水溶液中,蛋白的氫原子將于重水的氘原子發(fā)生交換,而且蛋白質(zhì)表面與重水密切接觸的氫比位于蛋白質(zhì)內(nèi)部的或參與氫鍵形成的氫的交換速率快,進(jìn)而通過質(zhì)譜檢測確定蛋白質(zhì)不同序列片段的氫氘交換速率,從而得出蛋白質(zhì)空間結(jié)構(gòu)信息[1]。這個過程就像將握著的拳頭浸入水中,然后提出水面并張開手掌。除科研需求外,沃特世氫氘交換質(zhì)譜系統(tǒng)也受到眾多國際領(lǐng)先制藥公司的認(rèn)可,并用于新藥開發(fā)中蛋白藥物活性位點及表位的研究工作中。再考慮到重復(fù)實驗的需求,人工手動操作會對最終數(shù)據(jù)可信度產(chǎn)生影響。因此這種SYNPAT獨有的被命名為HDMSE的質(zhì)譜分析技術(shù)可以將因質(zhì)荷比相同而重疊的多肽分離開,輕而易舉地解決了質(zhì)譜信號疊加的問題,得到準(zhǔn)確的交換率數(shù)據(jù)[11,12](圖2)。n FJ, Jahnke W, et al. Targeting BcrAbl by bining allosteric with AT Pbindingsit
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