【正文】 結(jié)構(gòu)顯示它是個 winged helix fold。 4. 氫鍵約束 ? H鍵可通過 1H交換實驗和 /或跨 H鍵偶合實驗來確定 ? H鍵以類似于 NOE的距離約束方式引入結(jié)構(gòu)計算， 1H －受體的距離的典型值為： 197。其中 ?1=， ?2=T/2=。標(biāo) ?的是 1H?，標(biāo) ? 的是 1H??？捎靡跃_地測定 α螺旋與 β片層。 ? 核酸分子： DNA、 RNA ? 蛋白質(zhì)復(fù)合物：蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)復(fù)合物、蛋白質(zhì)與 DNA或 RNA復(fù)合物，蛋白質(zhì)與藥物小分子復(fù)合物、蛋白質(zhì)與拮抗劑小分子復(fù)合物。 ? J－耦合可用以直接確定肽鍵的二面角 φ， ψ， χ。從左到右，每個殘基的HNCO譜和 HN(CA)CO譜依次相鄰。 d?N(3, 4) NOEs ? weak d?N(1, 2) amp?？赏ㄟ^準(zhǔn)確測量在不同磁場強(qiáng)度下的 1J偶合常數(shù)獲得 RDC信息。 （ 2）考察計算結(jié)果的各種結(jié)構(gòu)幾何特性與對應(yīng)的經(jīng)驗允許值之間的吻合程度；經(jīng)驗允許值可由理論計算或從蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫 (PDB)、 核酸數(shù)據(jù)庫 （ NDB） 、劍橋結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫（ CSD） 統(tǒng)計衍生得來。 SNase?3的構(gòu)象 : 在復(fù)合體中的 HSQC譜 在水溶液中的 HSQC譜 可以看到 SNase ?3在復(fù)合物中已具有一定的構(gòu)象。 ? 依賴于所用結(jié)構(gòu)計算算法，特殊共價鍵如二硫鍵，環(huán)肽鍵必須用距離約束來維持。相循環(huán)為： ?1＝ x,x,x,x＋ t2間接維頻率區(qū)分（ TPPI或者 StatesTPPI）， ?2＝ x， ?3＝ x＋ t1間接維頻率區(qū)分（ TPPI或 StatesTPPI）， ?4＝ x,y， ?rec＝ x,x,x,x,y,y,y,y。 （ A） CC(CO)NH實驗的 15N平面；（ B） HCCHTOCSY實驗 I76的側(cè)鏈 13C各個對應(yīng)的 1H1H 平面。 ? 溶液核磁共振方法中常見的傳遞方式，一是通過跨鍵連接，也就是標(biāo)量耦合進(jìn)行傳遞，如同核傳遞，異核傳遞；二是通過跨空間相互作用。提供蛋白質(zhì)的氨基酸組分，排列順序以及各類原子數(shù)。 ? NOE：核自旋之間的偶極－偶極相互作用產(chǎn)生的交叉馳豫導(dǎo)致 NOE現(xiàn)象，在兩個核之間的距離小于 5197。從左到右，每個殘 基的 CBCA(CO)NH和 HNCACB譜圖依次相鄰。 dNN(3, 4) NOEs ? weak dNN(1, 2), d?N(2, 3) amp。 以金黃色葡萄球菌酶（ 149個酸）為例， 1H 對數(shù)目為 422， 740。自由度是 n個扭轉(zhuǎn)角，構(gòu)象由所有的扭轉(zhuǎn)角確定。 3. Chemicalshift mapping or Differential chemicalshift mapping 檢測底物小分子： Based on T2 and T1enhancement: the large differences in the rates of rotational and translational motions of a small molecule in the free state relative to when it is bound to a macromolecule 新的脈沖方法： SEATROSY: selects solventexposed amide protons in uniformly deuterated 15Nlabelled proteins dissolved in H2O by magization transfer from H2O. 二氫葉酸還原酶 (DHPR) Met ε13CH3 resonance region a. Chemicalshift mapping 方法： 綠色表示沒有底物存在，藍(lán)色表示存在 底物類似物 pyridine2,6dicarboxylate (PDC)． b. Differential chemicalshift mapping方法： 藍(lán)色表示結(jié)合 PDC，紅色表示結(jié)合 4chloroPDC. SEATROSY脈沖方法 Conventional [15N,1H]HSQC [15N,1H]TROSY SEATROSY selects solventexposed 1HN Methods based on T2 and T1enhancement 1. T2 (小分子 ) T2 (蛋白質(zhì) ) the resonance lines in the NMR spectra of small molecules are much narrower than those in the spectra of macromolecules. 2. T1 (小分子 ) transferred NOEs: small positive NOEs for free small ligand。 笛卡兒空間的分子動力學(xué)模擬退火 ? 這種算法通過數(shù)字求解牛頓運動方程來獲得分子體系的軌跡 ,以各原子的笛卡兒坐標(biāo)為自由度。 23t a n ( )NcHHdI JTI ?? ?? ? ? ?☆ 獲得弛豫參數(shù) ? 現(xiàn)有譜儀的磁場強(qiáng)度下主要是偶極弛豫起作用 這里 J稱為譜密度函數(shù)，同分子運動方式及快慢有關(guān) 2 2 2CH1 H C C H C61 / [ ( ) 3 ( ) 6 ( ) ]4T J J Jr?? ? ? ? ? ?? ? ? ? ?2 2 2CH2 H C C H H C61 / [ 4 ( 0) ( ) 3 ( ) 6 ( ) 6 ( ) ]8T J J J J Jr?? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? ? ?H H C H CC H C C H C[6 ( ) ( ) ]N O E 1[ ( ) 3 ( ) 6 ( ) ]JJJ J J? ? ? ? ?? ? ? ? ? ?? ? ???? ? ? ?SNase三個片段的 R1, R2和1H15N NOE R2來源于 ns時間尺度的分子轉(zhuǎn)動和 ms?s時間尺度的構(gòu)象交換 ☆ 確定化學(xué)交換 Ssh10b 異核相關(guān)縱向弛豫 /化學(xué)交換實驗 ☆ 殘余偶極耦合常數(shù)確定 (5) 確定蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) ☆ 二級結(jié)構(gòu)確定 167。 dNN(i+1, j1) NOEs (4) Turns Reverse turn II: ? strong NOEs: d?N(2, 3) amp。 ? 對于 1H13C 的異核傳遞通過 1JCH，一般取 ，約。 ? 蛋白質(zhì)的三級結(jié)構(gòu)：蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)單元在三維空間中的相對排列，提供原子間的遠(yuǎn)程距離信息 。 ☆ 核磁共振波譜信息 ? 化學(xué)位移 ： 氨基酸的 H、 C原子的核磁共振峰在α螺旋與 β鏈中的化學(xué)位移分布呈現(xiàn)規(guī)律性的差異。 蛋白質(zhì)分子 穩(wěn)定同位素 (13C, 15N)標(biāo)記 核 自旋 自然豐度 (%) 1H 1/2 D 1 13C 1/2 12C 0 15N 1/2 14N 1 (2) 蛋白質(zhì)樣品的準(zhǔn)備 需要對白質(zhì)分子進(jìn)行穩(wěn)定同位素 (13C, 15N)標(biāo)