【正文】 構(gòu)特征 ?啟動子在染色體上的位置 目 錄 1. 啟動子的結(jié)構(gòu)特征 典型啟動子 核心啟動子：一般在 TSS上游 35區(qū)域以內(nèi) 近端啟動子：一般涉及 TSS上游幾百個堿基 遠端啟動子：一般涉及 TSS上游幾千個堿基 含有增強子或沉默子 ?一些特征性的結(jié)構(gòu) TSS附近的 CG島經(jīng)常出現(xiàn)在啟動子中 共通序列 (consensus sequence) 目 錄 2. 啟動子的預測分析 ?EPD (Eukaryotic promoter databases) ?TRRD (Transcription regulatory regions databases) ?基因 轉(zhuǎn)錄起始點數(shù)據(jù)庫 (DBTSS) ?啟動子數(shù)據(jù)庫 這些數(shù)據(jù)庫主要通過計算機識別、判斷及分析，在數(shù)據(jù)庫中尋找啟動子的特異性特征結(jié)構(gòu)。目 錄 第二十五章 基因結(jié)構(gòu)分析的基本策略 Basic strategy for analyzing gene structure 目 錄 主要內(nèi)容： 第一節(jié) 基因序列結(jié)構(gòu)的生物信息學檢索和比對 分析 第二節(jié) 基因轉(zhuǎn)錄起始點的鑒定 第三節(jié) 啟動子的結(jié)構(gòu)及功能分析 第四節(jié) 編碼序列結(jié)構(gòu)分析 目 錄 第一節(jié) 基因序列結(jié)構(gòu)的生物信息學檢索和比對分析 目 錄 ?就是在數(shù)據(jù)庫中對基因序列或 DNA序列進行 比對分析 ， 以其能夠推測出其結(jié)構(gòu) 、 功能及在進化上的聯(lián)系 . ?比對方法： 1. 雙重比對 2. 多序列比對 序列比對目的： ?判斷兩個或多個序列間是否具有足夠的相似性 從而判斷二者之間是否具有同源性 直接的數(shù)量關(guān)系 進化上曾具有共同祖先 ?基因或 DNA序列比對 目 錄 序列比對的結(jié)果： ?取代 ?插入 ?缺失 Mouse: GGKDSCQGDSGGPVVCNGQLQGVVSWGDGCAQKNKPGVYTKVYNYVKWIKNTIAAN Crayfish: GGKDSCQGDSGGPLAASDTGSTYLAGIVSWGYGCARPGYPGVYTEVSYHVDWIKANAV 缺失？ 保守序列 保守序列： ?可能是共同進化的標志 ?可能并不代表功能的重要性 插入？ ?當兩個序列非常相似時，是否一定說明它們具有相似的功能？ 目 錄 ?NCBI數(shù)據(jù)庫 NCBI首先創(chuàng)建 GenBank數(shù)據(jù)庫 ?于 1991年開發(fā)了 Entrez數(shù)據(jù)庫檢索系統(tǒng) ， 該系統(tǒng)整合了GenBank、 EMBL、 PIR和 SWISSPROT等數(shù)據(jù)庫的序列信息以及 MEDLINE有關(guān)序列的文獻信息 ， 并通過相關(guān)鏈接 ， 將他們有機地結(jié)合在一起 ?NCBI還提供了其他數(shù)據(jù)庫 ， 包括在線人類孟德爾遺傳(OMIM） 、 三維蛋白結(jié)構(gòu)的分子模型數(shù)據(jù)庫 （ MMDB） 、 人類基因序列集成 （ UniGene ） 、 人類基因組基因圖譜（ GMHG） 、 生物門類 （ Toxonomy） 等數(shù)據(jù)庫 目 錄 目 錄 1. 各種數(shù)據(jù)庫的介紹 (1) Nucleotide ?該數(shù)據(jù)庫由國際核苷酸序列數(shù)據(jù)庫成員美國國立衛(wèi)生研究院 GenBank、日本 DNA數(shù)據(jù)庫(DDBJ)和英國 Hinxton Hall的歐洲分子生物學實驗室數(shù)據(jù)庫 (EMBL）三部分數(shù)據(jù)組成 ?三個組織每天交換各自數(shù)據(jù)庫中的新增序列實現(xiàn)數(shù)據(jù)共享 目 錄 (2) Genome ?即基因組數(shù)據(jù)庫 ， 提供了多種基因組 、 完全染色體 、 重疊序列圖譜以及一體化基因物理圖譜 (3) Structures ?即結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫或稱分子模型數(shù)據(jù)庫 (MMDB)，包含來自 X線晶體學和三維結(jié)構(gòu)的實驗數(shù)據(jù) ?NCBI已經(jīng)將結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)交叉鏈接到書目信息 、 序列數(shù)據(jù)庫和NCBI的 Taxonomy中運用 NCBI的 3D結(jié)構(gòu)瀏覽器和 Cn3D， 可以很容易地從 Entrez獲得分子的分子結(jié)構(gòu)間相互作用的圖像 目 錄 (4) Taxonomy ?即生物學門類數(shù)據(jù)庫，可以按生物學門類進行檢索或瀏覽其核苷酸序列、蛋白質(zhì)序列、結(jié)構(gòu)等 (5) PopSet ?包含研究一個人群、一個種系發(fā)生或描述人群變化的一組組聯(lián)合序列 ?PopSet既包含了核酸序列數(shù)據(jù)又包含了蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù) 目 錄 (7) 文獻數(shù)據(jù)庫 ?PubMed： 生物醫(yī)藥科學的檢索系統(tǒng) ?OMIM： 孟德爾遺傳學數(shù)據(jù)庫是人類基因和基因疾病的目錄數(shù)據(jù)庫 ?其他：書目，雜志，文章引用匹配等 ?該數(shù)據(jù)庫包括原文信息 、 圖片和參考信息 ，同時還可以鏈接到 Entrez系統(tǒng) MEDLINE數(shù)據(jù)庫中相關(guān)文獻和序列信息 目 錄 2. NCBI數(shù)據(jù)庫檢索 ?在檢索框中輸入檢索詞，檢索詞間默認邏輯關(guān)系為 AND，檢索規(guī)則基本同 PubMed ?可以通過下拉菜單選擇記錄的顯示格式 ， 通常選擇 GenBank Report格式或 FASTA Report格式 。 目 錄 二、啟動子的功能分析 ?啟動子通常是基因上游參與基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控的 DNA序列 。 1. 報告基因 (Reporter gene) ?是研究者們?yōu)榱酥圃煲环N可在細胞培養(yǎng)條件下或動植物體內(nèi)作為篩選標志的易檢測信號 ， 通過分子生物學操作將發(fā)光蛋白或酶的編碼基因附加到一個感興趣基因上或插入基因調(diào)控序列下游 ， 從而監(jiān)測感興趣基因的表達或分析基因調(diào)控序列的活性 。 ?而 FASTA Report格式僅包括檢出序列的簡要特征描述 。 ?甲基化干擾實驗 (Methylation interference assay) 是利用化學試劑如硫酸二甲酯 （ Dimethyl sulfate, DMS） 對活細胞 DNA進行甲基化修飾，從而干擾蛋白質(zhì)與 DNA的