5-蛋白質三級結構預測(完整版)
【正文】 形成二級結構的傾向、疏水性、極性等〕，評價一個序列所對應的結構是否能夠適配到一個給定的結構環(huán)境中。 穿針引線方法〔折疊識別方法〕 有很多蛋白質具有相似的空間結構，但它們的序列等同局部小于 25%，即遠程同源。 第九頁，共四十頁。 一般如果序列的等同局部大于 30%， 那么可以期望得到比較好的預測結果 。蛋白質結構預測 肖 飛 第一頁，共四十頁。 第六頁，共四十頁。 蛋白質三維結構預測效勞通過因特網對公眾免費開放 (同源建模 )： 瑞士生物信息研究所 SWISSMODEL 丹麥技術大學生物序列分析中心 CPHmodels 比利時拿摩大學 ESyPred3D 英國癌癥研究中心 3DJigsaw 4. 常用建模效勞器和軟件簡介 Accelrys Discovery Studio 軟件 InsightII FAMS 第十頁，共四十頁。 對于這類蛋白質，很難通過序列比對找出它們之間的關系，必須設計新的分析方法。 第二十頁，共四十頁。 ? 一種基于序列與結構比對的最優(yōu)線索化算法 ? 令 : s1, s2,… , sn為蛋白質序列 S的 n個元素 ? C1, C2,… , Cm為數據庫中核心折疊 C的 m個核心區(qū)域 ? Cij為第 i個核心區(qū)域第 j個氨基酸位置 ? ? 每一個核心區(qū)域由假設干個氨基酸殘基構成 ? 第二十四頁，共四十頁。 理論根底 蛋白質的天然構象是熱力學最穩(wěn)定構象、也是 能量最低構象 能量函數 通過原子間作用力計算出的熱力學能量 精確，但難以計算 偽能量函數 根據能看出的三維結構知識得到的勢能函數 常見的結構 → 低能量 不常見的結構 → 高能量 極罕見的結構 → 極高能量 從頭預測法 第二十八頁，共四十頁。 新的趨勢 混合預測方法 在比較建模法和折疊識別法中使用從頭預測法來預測局部難以找到模板的片斷 在從頭預測法中使用二級結構預測的結果和其他能看出結構信息輔助建模 Metapredictor 使用多個預測方法 對收集的結果進行綜合比較和分析
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