chemsketch使用(完整版)
【正文】 結構式,再轉(zhuǎn)換成SMILE Notation,只要不選擇任何結構式,點擊SMILES后,所有的結構的SMILE Notation將在一行顯示,中間有一點隔開。5. 點擊清理結構鍵(Clean Structure)得到如下結構： 畫環(huán)形的縮氨酸1. 在結構模式下進行操作。 如何畫化學反應式。 如何利用2D優(yōu)化和清理(Clean) 工具功能畫環(huán)烷烴和氨基酸；216。2. 在結構工具欄，選擇畫鏈工具(Draw chains)，并在工作區(qū)畫出9個碳的鏈。5. 點擊右鍵快速切換到選擇/移動工具然后如下圖將氨基拖拽到羥基上：6. 點擊優(yōu)化結構（Clean Structure）將得到如下結構： 簡化線性分子式(SMILES Notations)ACD/ChemSketch可以將簡化線性分子式( SMILES,全稱Simplified Molecular Input Line Entry Specification) 轉(zhuǎn)化為分子結構式,反之易然。生成的結構以陰影的形式附著在鼠標下：5. 點擊工作區(qū)置入結構。2. 在3D優(yōu)化區(qū)，清除Add Hydrogens前面的復選框然后點擊OK。1. 使用上節(jié)的技巧畫出雙[2，2，2]環(huán)己烷結構，或者使用模型窗口中相應的模型或者在上面的模板中選擇雙環(huán)中的合適結構。2. 選擇正常畫圖模式，通過從一個原子到另一個原子拖動鼠標，連接環(huán)丁烷分子的角：3. 點擊3D優(yōu)化鍵，得到所要的3D模型。8. 選定3D旋轉(zhuǎn)工具(3D Rotation) ，將鼠標放置在任意原子或鍵上，在工作區(qū)拖動鼠標旋轉(zhuǎn)結構，直到它成為所期望的結構。2. 點擊反應箭頭調(diào)出編輯反應條件對話框。5. 在結構工具欄，點擊AtomAtom Map來顯示映射工具面板并選擇映射方式：注意：注意到手動映射模式已被自動打開（相應的按鈕被激活）。216。216。 通過連接結構與模型的鍵： 將鼠標的指針指向特定的化學鍵，使結構的化學鍵和模型在光標上的影子結合，再點擊鼠標。 創(chuàng)建熒光胺結構我們將利用從原子基團表中的模板來繪制如下結構在結構模式下操作。2. 從化學基團表中選擇乙炔(Ethynyl) ，點擊箭頭所指的原子，將其連接在苯環(huán)上：3. 選擇快速模型工具，點擊箭頭所指原子，創(chuàng)建一個快速模型：←4. 點擊箭頭所指原子，接上模型：5. 再次選擇快速模型工具，將整個圖象創(chuàng)建成模型： ↑6. 像圖示的那樣，點擊指定原子，連接成如圖所示的模型。選擇Sugars:alphaDPyr 表，確認看到的是霍夫曼規(guī)則 頁，如果不是，點擊右邊箭頭，直到找到為止。按如下操作即可：1. 將的當前文件保存為SK2形式，或在ChemSketch中打開SK2文件。3. 計算宏觀性質(zhì) 概述除了繪圖功能，ACD/ChemSketch能夠為的結構提供許多性質(zhì)的預算。 狀態(tài)欄自動顯示也可以直接在工作區(qū)的狀態(tài)欄中觀察宏觀性質(zhì)。還可以通過計算宏觀性質(zhì)選項來顯示質(zhì)量。ACD/同分異構體功能所提供的同分異構體是數(shù)學計算的結果,可能并不是最正確的結構形式。請看下面的例子:1. 用以上講的方法畫以下結構：2. 選擇結構 (用選擇/移動 Select/Move 工具鍵), 點擊查看同分異構體(Check Tautomeric Forms)鍵 ,得到如下對話框：3. 點擊或者鍵,.查看所有的同分異構體。嘗試著命名以下結構：1. 使用ChemSketch,工具，畫出以下結構：2. 如果工作區(qū)有多個結構,選定需要命名的結構即可。 免費版不允許人為地改變命名的優(yōu)先性,它用與之相對應的IUPAC 名稱。4. 將名稱向下拉一些。 化學文獻中的錯誤經(jīng)常忽視的一個問題是在化學文獻中的化學結構和它們的同分異構體是錯誤的。 ACD/同分異構體不能對以下結構進行同分異構體預測: 216。因此,幾個其他ACD/Labs模塊作為單獨的鍵出現(xiàn)在ChemSketch的界面中。只有點擊最右邊的狀態(tài)對話框，并選擇相應的性質(zhì)即可。 計算宏觀性質(zhì) 菜單命令按照以下步驟計算所有可用分子性質(zhì):1. 在結構模式下，畫出一個結構，例如苯甲酸：2. 從工具(Tools)菜單中選擇計算(Calculate), 再選擇所有性質(zhì)(All Properties) 或者某一個性質(zhì),對其性質(zhì)進行計算。3. 在保存用戶模型對話框中鍵入模型的名字，如“ALKALOIDS”，并注意文件保存的路徑，再點擊OK。3. 重復12步驟，選擇D糖表(betaDpyranose) ，選擇βDGlucopyranose..4. 在ChemSketch 窗口中，點擊將其放置在第一個結構的右邊：5. 選擇ChemSketch碳原
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