腫瘤基因組和基因芯(完整版)
【正文】 基因的單個拷貝數(shù)的變化 Agilent， Nimblegen分辨率為 6KB）。 ? 腫瘤中存在基因的擴增 ? 通過比較腫瘤組織與體細胞組織中野生型和突變 DNA的比值可以檢測 LOH以及基因的擴增； 比較基因組雜交（ parative genomic hybridization， CGH ） ? 一種分子細胞遺傳學(xué)技術(shù)，能夠通過一個簡單的雜交反應(yīng)檢測出整個基因組 DNA拷貝數(shù)改變。如果 miRNA成熟受阻，則可以解釋此矛盾。 ? 運用基因芯片得到的 Biomarker可用于腫瘤的早期診斷 基因芯片在腫瘤研究中的應(yīng)用 白血病的分類 ? 腫瘤分類學(xué)在過去的 30多年間進步不少，但是在鑒定新的腫瘤類型（ class discovery）和腫瘤分類（ cancer classification）還缺乏通用的方法 ? 急性白血病的分類方法：核的形態(tài)學(xué)分析，酶學(xué)免疫組化，染色體易位分析，任何一個分析都需要非常有經(jīng)驗的醫(yī)師進行詳盡的檢查以及分析，需要專業(yè)的實驗室來完成，但沒有一個單獨的測試能夠足以用于診斷 ? 傳統(tǒng)的分類方法的聯(lián)合運用，一般而言比較準確，但仍舊會出錯 運用基因芯片表達譜對急性白血病分類 ? 尋找在基因表達水平與預(yù)測 ALL和 AML密切相關(guān)的分子群 ? 運用這一分子群，看如何能將已知分類的樣本進行準確的分類預(yù)測，即尋找能進行分類的基因群（ class predictor）（ training set） ? 用新的樣本群檢測 class predictor的準確性(test set) Precise Classification of Cancer is the First Step in Rational Treatment Gene Expression Profiles Science 286:531 (1999) ?Distinguishing between acute lymphoblastic leukemia (ALL) and acute myeloid leukemia (AML) is crucial because their therapies are different. ?RNA from 38 bone marrow samples were hybridized to Affymetrix chips containing probes for 6,817 genes. ?The expression profiles of 50 genes clearly differentiate between the two types of cancer. 乳腺癌的預(yù)后分類與治療 ? 同一分期的乳腺癌病人在治療的反應(yīng)和總體的治療結(jié)果上有很大差異 ? 傳統(tǒng)的用淋巴結(jié)狀態(tài)和組織化學(xué)檢測的方法無法準確判斷腫瘤的臨床表現(xiàn) ? 化療和激素治療可以降低遠處轉(zhuǎn)移的風(fēng)險約三分之一 ? 70－ 80％的病人不經(jīng)過化療等手段預(yù)后仍較好 Gene Expression Signatures for Breast Cancer Application: Gene Expression ? Identifying gene expression signature that reflects biological behavior of a tumor(預(yù)后好與預(yù)后差 ) ? 70gene prognostic profile tested ? 295 breast cancer samples ? outperformed all clinical variables for predicting patient survival ? Microarray classifiers to direct customized therapy ? Starting point for targeted and rational drug development Classification on prognostic signature Supervised classification on prognosis signatures Predict clinical oute Prognosis of additional 19 patients Results ? 231 genes were significantly associated with the disease oute ? 70 genes were further selected to be optimal marker gene ? Prediction accuracy ~80% ? 開發(fā)公司： Agendia 芯片名稱： MammaPrint(R) Agendia Receives . FDA Clearance For MammaPrint Breast Cancer Diagnostic Test Agendia announced that the . Food and Drug Administration (FDA) has cleared the pany39。 腫瘤的輔助治療 ? 根據(jù)腫瘤的特殊性質(zhì)而制定的治療方法，如激素治療 ? 也有把放療，化療結(jié)合激素治療的方法稱為輔助治療 腫瘤的靶點治療 ? 根據(jù)在腫瘤發(fā)生發(fā)展中具有重要意義的靶點基因而研制成的藥物，如乳腺癌的治療靶點基因 HER2，肺癌的靶點基因 EGFR 腫瘤治療中存在的問題 ? 放療，化療，激素治療的耐受 ? 過度治療？ 基因芯片在腫瘤研究中的應(yīng)用 ? 應(yīng)用 DNA
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