【正文】 稱(chēng)基因表達(dá)差異分析）聚類(lèi)分析差異表達(dá)分析的目的： 識(shí)別兩個(gè)條件下表達(dá)差異顯著的基因，即一個(gè)基因在兩個(gè)條件中的表達(dá)水平，在排除各種偏差后，其差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義目 錄1. 倍數(shù)分析： 計(jì)算每個(gè)基因在兩個(gè)條件下的表達(dá)比值；2. 統(tǒng)計(jì)分析中的 t檢驗(yàn)和方差分析： 通過(guò)計(jì)算表達(dá)差異的置信度來(lái)分析差異是否具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義；3. 建模的方法： 通過(guò)確定兩個(gè)條件下的模型參數(shù)是否相同來(lái)判斷表達(dá)差異的顯著性。而后通過(guò)搜索該數(shù)據(jù)庫(kù)確定查詢(xún)序列是否具有可能的序 列模體，判斷該序列是否屬于一個(gè)已知的蛋白質(zhì)家族；216。一個(gè)基因的表達(dá)既影響其他的基因，又受其他基因的影響，基因之間相互促進(jìn)、相互抑制，構(gòu)成一個(gè)復(fù)雜的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。代謝網(wǎng)絡(luò)把細(xì)胞內(nèi)所有生化反應(yīng)表示為網(wǎng)絡(luò)形式，反映了代謝活動(dòng)中所有化合物及酶之間的相互作用。② 生物信息分析及多層次信息的融合：即從不同層次對(duì)疾病的遺傳復(fù)雜性進(jìn)行分析，對(duì)不同遺傳網(wǎng)絡(luò)間的映射算法進(jìn)行研究，進(jìn)而將 SNPs、基因、蛋白質(zhì)等不同水平的信息進(jìn)行融合。此外，基于正向遺傳學(xué)的隨機(jī)突變篩選技術(shù)也成為揭示基因功能的重要手段。2. 利用轉(zhuǎn)基因技術(shù)建立的疾病動(dòng)物模型具有遺傳背景清楚、遺傳物質(zhì)改變簡(jiǎn)單、更自然更接近疾病的真實(shí)癥狀等優(yōu)點(diǎn)?？寺〈笃?DNA常應(yīng)用酵母人工染色體 (YAC)、細(xì)菌人工染色體 (BAC)等，可獲得 200kb以上的大 DNA片段，能攜帶包含完整的基因或多個(gè)基因，以及基因的所有外顯子，和附近的染色體調(diào)控區(qū)，為目的基因提供與其在正常染色體上一致的環(huán)境，保證了轉(zhuǎn)基因在正常細(xì)胞中的時(shí)空表達(dá)。除基因敲入外，基因打靶還包括基因敲除、點(diǎn)突變、缺失突變、染色體組大片段刪除等。 近年來(lái)， 條件性基因打靶（ conditional gene targeting）系統(tǒng)的建立，使得對(duì)基因靶位時(shí)間和空間上的操作更加明確，效果更加精確可靠，已達(dá)到對(duì)任何基因在不同發(fā)育階段和不同器官、組織的選擇性敲除。 目前多采用 RNA聚合酶 Ⅲ 啟動(dòng)子構(gòu)建 siRNA的表達(dá)載體或表達(dá)框架，常用的 RNA聚合酶 Ⅲ 的啟動(dòng)子有人、鼠 U6啟動(dòng)子、人 H1啟動(dòng)子。反義寡核苷酸是指能與 mRNA互補(bǔ)配對(duì)的 RNA分子，長(zhǎng)度一般為 20nt左右。216。目 錄216。采用不同技術(shù)建立的模式生物是研究基因功能必不可少的工具，各種方法都具有各自的特點(diǎn)和局限性。 24 三月 202310:57:13 上午 10:57:13三月 211比不了得就不比，得不到的就不要。 三月 21三月 2110:57:1310:57:13March 24, 20231意志堅(jiān)強(qiáng)的人能把世界放在手中像泥塊一樣任意揉捏。 10:57:1310:57:1310:57Wednesday, March 24, 20231知人者智，自知者明。 10:57:13 上午 10:57 上午 10:57:13三月 21MOMODA POWERPOINTLorem ipsum dolor sit, eleifend nulla ac, fringilla purus. Nulla iaculis tempor felis amet, consectetur adipiscing elit. Fusce id urna blanditut cursus. 感謝您的下載觀看專(zhuān)家告訴。 10:57:1310:57:1310:573/24/2023 10:57:13 AM1越是沒(méi)有本領(lǐng)的就越加自命不凡。 三月 2110:57:1310:57Mar2124Mar211世間成事，不求其絕對(duì)圓滿(mǎn)，留一份不足，可得無(wú)限完美。 10:57:1310:57:1310:57Wednesday, March 24, 20231乍見(jiàn)翻疑夢(mèng)，相悲各問(wèn)年。 生物信息學(xué) 具有方便快捷和經(jīng)濟(jì)的優(yōu)點(diǎn)，如何應(yīng)用生物信息學(xué)技術(shù)充分利用已知數(shù)據(jù)和生物學(xué)知識(shí)，得到與目的基因功能有關(guān)的重要信息，預(yù)測(cè)基因的功能，進(jìn)而制定實(shí)驗(yàn)室研究方案，是現(xiàn)代生物醫(yī)學(xué)研究人員必備的技能。 基因捕獲技術(shù)的基本過(guò)程是： 將一含報(bào)告基因的 DNA載體隨機(jī)插入基因組，產(chǎn)生內(nèi)源基因失活突變，通過(guò)報(bào)告基因的表達(dá)，提示插入突變的存在，以及內(nèi)源基因的表達(dá)特點(diǎn)。216。 目 錄反義寡核苷酸引發(fā)基因沉默的機(jī)制：（ 1）可能是通過(guò)與靶 mRNA互補(bǔ)結(jié)合后以位阻效應(yīng)抑制靶基因的翻譯；（ 2）也可能通過(guò)與雙鏈 DNA結(jié)合形成三股螺旋而抑制轉(zhuǎn)錄；（ 3）也不能排除通過(guò)激活細(xì)胞內(nèi)的 Dicer酶進(jìn)入 RNA干涉途徑而降解靶mRNA。1. RNA干涉技術(shù)可用來(lái)研究基因的功能目 錄RNAi的作用機(jī)制： 外源 dsRNA可直接被導(dǎo)入細(xì)胞，或者通過(guò)轉(zhuǎn)基因、病毒感染等方式進(jìn)入細(xì)胞，并整合到基因組中獲得表達(dá)；各種來(lái)源的 dsRNA被核酸酶 RNaseⅢ 家族中，特異識(shí)別 dsRNA的 Dicer酶，以一種 ATP依賴(lài)的方式逐步切割成長(zhǎng)約 21~23nt的雙鏈 小干擾 RNA(small interference RNA， siRNA)； siRNA識(shí)別 mRNA鏈上的同源區(qū)域之后，結(jié)合一個(gè)核酶復(fù)合物形成 RNA誘導(dǎo)的沉默復(fù)合體（RNAinduce silencing plex， RISC）； RISC定位到靶 mRNA轉(zhuǎn)錄本上，并在距離 siRNA 3’端 12個(gè)堿基的位置切割 mRNA。 1987年， Thompsson首次建立了完整的 ES細(xì)胞基因敲除的小鼠模型，此后基因敲除技術(shù)得到進(jìn)一步的發(fā)展和完善，目前該技術(shù)已經(jīng)成為研究基因功能最直接、最有效的方法之一。該技術(shù)的巧妙之處在于把胚胎干細(xì)胞技術(shù)和 DNA同源重組技術(shù) “結(jié)合 ”起來(lái)，實(shí)現(xiàn)對(duì)染色體上某一基因的定向修飾和改造，從而深入地了解基因的功能。當(dāng)前轉(zhuǎn)基因動(dòng)物所涉及的轉(zhuǎn)基因片段長(zhǎng)度大多在幾十個(gè)kb以下，但是，隨著科學(xué)研究需要進(jìn)行 大片段 DNA、多基因或基因簇的轉(zhuǎn)基因 。 其基本制作過(guò)程包括：轉(zhuǎn)基因表達(dá)載體的構(gòu)建，外源基因的導(dǎo)入，轉(zhuǎn)基因動(dòng)物的獲得和鑒定，轉(zhuǎn)基因動(dòng)物品系的建立以及外源基因表達(dá)的鑒定。216。 以系統(tǒng)的觀點(diǎn)解釋復(fù)雜疾病中遺傳與環(huán)境的關(guān)系、描述復(fù)雜疾病中基因的特征、分析疾病基因型與表現(xiàn)型之間的關(guān)系，已成為生物信息學(xué)研究復(fù)雜疾病的基本觀點(diǎn)，針對(duì)復(fù)雜疾病的研究模式，也開(kāi)始從傳統(tǒng)的 “序列→ 結(jié)構(gòu) → 功能 ”向 “相互作用 → 網(wǎng)絡(luò) → 功能 ”轉(zhuǎn)變。有關(guān)信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路的網(wǎng)上數(shù)據(jù)庫(kù)資源較多 。目前人們已經(jīng)利用生物技術(shù)和信息技術(shù)建立了各種生物網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)和網(wǎng)站，可為研究者提供基因調(diào)控、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、代謝途徑、蛋白質(zhì)相互作用等方面的信息。 （三）通過(guò)生物信息學(xué)方法分析蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)來(lái)預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)功能目 錄運(yùn)用蛋白質(zhì)序列模體搜索工具預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)功能的方法是：216。局部比對(duì)搜索工具 BLAST是進(jìn)行序列比對(duì)的基本工具，它允許用戶(hù)選擇一條查詢(xún)序列與一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)，找到數(shù)據(jù)庫(kù)中與輸入的查詢(xún)序列相匹配的項(xiàng)。目 錄（二）蛋白質(zhì)芯片和雙向電泳可在蛋白質(zhì)水平高通量地分析基因表達(dá) 蛋白質(zhì)芯片（ protein chip） 是一種對(duì)蛋白質(zhì)的表達(dá)和功能進(jìn)行高通量分析的技術(shù)。（一）基因芯片和高通量測(cè)序技術(shù)可在基因水平高通量地分析基因表達(dá)目 錄2. 高通量測(cè)序技術(shù)是新一代基因表達(dá)譜分析方法 高通量測(cè)序技術(shù)可以一次對(duì)幾十萬(wàn)到幾百萬(wàn)個(gè)DNA分子片段進(jìn)行序列測(cè)定，從而快速獲得轉(zhuǎn)錄組或基因組的全貌 , 又被稱(chēng)為 深度測(cè)序 (deep sequencing)。廣泛應(yīng)用于細(xì)胞表面和細(xì)胞內(nèi)分子表達(dá)水平的定量分析，并能夠根據(jù)各種蛋白質(zhì)的表達(dá)模式區(qū)分細(xì)胞亞群。216。（二）酶聯(lián)免疫吸附分析與 Western 印跡原理相似但形式不同目 錄特點(diǎn)：具有特異性；靈敏度很高；穩(wěn)定、操作簡(jiǎn)便，標(biāo)本用量少，適于大規(guī)模篩查，尤其適用于檢測(cè)體液中微量的特異性抗體或抗原；既可以做定性試驗(yàn)也可以做定量分析。常用于 mRNA的定量分析 216。3．原位雜交（ in situ hybridization， ISH）目 錄（二）兩種變換的聚合酶鏈?zhǔn)椒?