微生物研究進展chapter5分子生態(tài)學(xué)方法在環(huán)境微生物研究領(lǐng)域的應(yīng)用(存儲版)
【正文】 是紅細菌亞綱 (47%)。 應(yīng)用“ GC夾板”技術(shù)可使檢出率提高到 100 %。 ? PCR過程產(chǎn)生的 異源雙鏈和單鏈 DNA會對分析造成偏差。 ? 在真核微生物生態(tài)學(xué)的分析上還是比較少 。 ? 提取核酸時 , 細胞的裂解程度不均一 。 舉例： 油藏古細菌 V3區(qū) DGGE 圖譜 膠濃度： 10% 變性劑范圍： 40%60% 電壓： 200V 運行時間： 優(yōu)點 ： 缺點 ： ? 分辨率有限，復(fù)雜環(huán)境中（土壤或腸道）， 只能檢測出優(yōu)勢菌。由此，便可通過設(shè)定不同的變性條件（ 變性劑濃度 或者溫度）將不同的 DNA片段分開。 環(huán)境微生物群落 微生物代謝生理學(xué)方法 生物化學(xué)方法 分子生物學(xué)方法 呼吸醌指紋法 脂肪酸指紋法 PLFA BIOLOG法 雜交法 基于 16SrDNA方法 宏基因組 核酸探針雜交 熒光原位雜交 FISH 16S rDNA克隆文庫 DGGE / TGGE SSCP TRFLP、 ARDRA RFLP、 RISA RADP、 ERIC等 基因芯片技術(shù) 二、微生物分子生態(tài)學(xué)的研究方法 研究路線 分析 方法 方法 類別 原理 優(yōu)點 缺點 分子 雜交 核酸 探針 雜交 DNA的變性、復(fù)性及其 在復(fù)性過程中的堿基 配對原則、探針與 靶分子的特異性結(jié)合 過程簡單 避免 PCR偏差 影響雜交分析結(jié)果的 因素復(fù)雜， 只能用來 檢測事先已知其目標(biāo) 基因序列的微生物 FISH 人工合成的熒光或放射性標(biāo)記探針與微生 物基因組雜交 操作簡單， 可原位檢測 ， 檢測靈敏度高 只能對特定類群的 微生物進行研究 其它 分子 生物 學(xué) 方法 RFLP 序列差異引起限制性內(nèi)切酶 酶切位點 的差異 信息量大 重復(fù)性高 周期長，過程繁瑣 RAPD 利用隨意設(shè)計的 非特異引物 簡單、迅速 重復(fù)性低 ERIC 腸桿菌基因間重復(fù)共有序列在不同種屬或 者同屬的不同種微生物之間的拷貝數(shù)和定 位的差異引起兩個 ERIC之間序列的多態(tài)性 結(jié)果穩(wěn)定 重復(fù)性好 靈敏度高 PCR反應(yīng)本身的擴增和 偏差可能會產(chǎn)生假 陽性， 不能對群落中 感興趣的菌進一步研究 分析 方法 方法 類別 原理 優(yōu)點 缺點 基于 16S rDNA 的 方法 16S rDNA 克隆 文庫 可以用來揭示 不同物種的 系統(tǒng)進化關(guān)系 反映各種微 生物種類構(gòu)成和親緣關(guān)系 工作量大，成本高，不能對目標(biāo)種群進行 原位和實時的檢測 DGGE 不同的 變性劑 濃 度，解鏈之后電泳速度將會急劇下降 DNA片段純化 后可以直接 用于測序 分辨率低， 被分析的片段不能大于 400bp TGGE 溫度梯度 ，利用不同序列結(jié)構(gòu)的 DNA，雙鏈 具有不同的熔點溫度 Tm 同上 同上 SSCP 長度相同但 序列不同的單鏈 DNA具有空間構(gòu) 象上的差異 操作比較簡便 價格低廉 靈敏度和重現(xiàn)度差，150～ 400bp最佳 的分離效果 ARDRA 16S r
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