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【正文】 n/shgmx grompp f o c p n gmx mdrun deffnm vfor i in 1 2 3 4 5 6do let j=$i1 gmx grompp f step6.${i} o step6.${i} c step6.${j} p n gmx mdrun deffnm step6.${i}_equilibration vdonegmx grompp f o c p n gmx mdrun deffnm step7_production cpnum –v，主要是修改模擬步數(shù)（默認(rèn)30ns）：integrator = mdtinit = dt = nsteps = 20000000用chmod +x README命令即可：用./README amp。用vmd里面的合并插件分別將上面調(diào)整好位置的psf格式的pdb合并，合并兩個pdb需要4個文件（ 、 、 ），每次合成會按自己設(shè)置的輸出名字生成兩個文件（），（不處理直接合成的話只能一次），所以每次合成后重新生成一次psf就沒有問題了。在VMD中操作1. 用vmd生成一個雙層膜系統(tǒng)。7. 合并多個pdb文件。下一步生成離子和水盒子：生成離子和盒子后“下一步”將它們和前面的組合起來下一步后會顯示前面步驟設(shè)置的參數(shù)和選擇NPT的溫度，：最后一步（step6）是生成相應(yīng)的平衡和生產(chǎn)參數(shù)mdp文件：可以在線查看step5的組合體：然后可
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