藥效團(tuán)的構(gòu)建-免費(fèi)閱讀
【正文】 最終得到的檢索結(jié)果中活性分子的占有百分率比傳統(tǒng)的Docking方法提高了 25倍。 ? 泛指藥物活性分子中對(duì)活性起著重要作用的“藥效特征元素”及其空間排列形式。包括了結(jié)合特性、結(jié)構(gòu)和特性約束的信息，以作為數(shù)據(jù)庫(kù)檢索的提問(wèn)方式。 Total Actives Hit rate Validation set 168858 155 % Catalyst 2555 62 % DS Catalyst SBP 結(jié)果 Ligand Profiler 藥效團(tuán)數(shù)據(jù)庫(kù) (PharmaCoreDB amp。 Johnson研發(fā)部門的 Wendy Sanderson研究員基于 beta分泌酶的結(jié)構(gòu)構(gòu)建藥效團(tuán)模型，然后進(jìn)行數(shù)據(jù)庫(kù)搜索尋找潛在的酶抑制劑。 ? 1977年， Peter Gund提出，指 分子中的一組能夠識(shí)別受體，并能形成分子生物活性的結(jié)構(gòu)特征 。 A B C A B C D 藥效特征元素 氫鍵受體： O O S N H N氫鍵給體： O H N H 2 NH疏水中心：只要和不帶電原子或電負(fù)性中心相連的一組連 續(xù)的碳原子都可以 形成疏水中心 C H 3 C 2 H 5電荷中心：可能能夠與受體形成鹽橋或較強(qiáng)的靜電相互作用 芳環(huán)中心：形成 ππ相互作用 NCatalyst應(yīng)用實(shí)例 HIV1整合酶抑制劑 5HT再攝取抑制劑 5α還原酶抑制劑 MC細(xì)胞增殖抑制劑 TGFβ受體激酶抑制劑 α4β1拮抗劑 5HT7受體拮抗劑 CYP17抑制劑 CDK(Pfmrk)抑制劑 鼻病毒 coat蛋白抑制劑 FPT抑制劑 Catalyst (Linux) Discovery Studio (Windows amp。 HypoDB) ? HypoDB： 藥效團(tuán)數(shù)據(jù)庫(kù)，包含分屬于 187個(gè)獨(dú)立靶標(biāo)的 1846個(gè)藥效團(tuán)模型 ? PharmaCoreDB數(shù)據(jù)庫(kù)提供單位： 基于受體 配體結(jié)構(gòu)的藥效團(tuán)： 中科院上海藥物所 、 北京大學(xué)化學(xué)院 基于配體的藥效團(tuán)： 中國(guó)醫(yī)科院藥物所 、 四川大學(xué) 、 華東理工大學(xué) 數(shù)據(jù)庫(kù)集成： 創(chuàng)騰科技有限公司 ? 該數(shù)據(jù)庫(kù)是基于受體 配體結(jié)構(gòu)而產(chǎn)生的藥效團(tuán)數(shù)據(jù)庫(kù)，對(duì)每一個(gè)藥效團(tuán)進(jìn)行檢查并根據(jù)需要進(jìn)行手工修正； ? 到目前為止，已由 830個(gè)復(fù)合物中產(chǎn)生出 900余個(gè)藥效團(tuán)（含排除體積），并還在逐步增加中 ?
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