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【正文】 要進(jìn)行命名的結(jié)構(gòu)式不能超過(guò)50個(gè)原子(包括氫原子在內(nèi))216。 ACD/同分異構(gòu)體軟件可以幫助獲得正確的同分異構(gòu)形式。 在非典型鍵中含有除碳以外的其他元素;216。 同分異構(gòu)體ACD/同分異構(gòu)體軟件能產(chǎn)生所畫有機(jī)結(jié)構(gòu)的最可能的同分異構(gòu)體。 計(jì)算單一同位素質(zhì)量下面為一個(gè)結(jié)構(gòu)片斷計(jì)算單一同位素質(zhì)量:1. 在常用工具欄,點(diǎn)擊新頁(yè)面打開一個(gè)新的空白頁(yè)。注意:在工具菜單指向計(jì)算,然后選選擇計(jì)算性質(zhì)。注意:可以從任何文件創(chuàng)建模型文件,即使它是關(guān)閉的也可以。當(dāng)選項(xiàng)菜單出現(xiàn)后,選擇原子標(biāo)簽,選擇元素符號(hào)鍵(Atom Symbol) ,右下拉菜單中選擇Empty ,點(diǎn)擊應(yīng)用(Apply)。 試著畫出的任意長(zhǎng)度的DNA或RNA圖象??梢哉J(rèn)為它是“粘貼“命令。注意:可以通過(guò)點(diǎn)擊TAB鍵使懸在光標(biāo)上的模型影子翻轉(zhuǎn)。 插入模型工具(Instant Template tool) 當(dāng)指定化學(xué)基團(tuán)表中的任意模型的連接點(diǎn)后,模型窗口和插入模型工具允許通過(guò)點(diǎn)擊而指定連接的原子或鍵。 化學(xué)基團(tuán)表(Table of Radicals)的更多用途。所有其它原子都被自動(dòng)賦值了。選擇不同的顏色來(lái)區(qū)分自動(dòng)生成和手動(dòng)插入。一些箭頭被視為圖形模式的物體,所以不能正確地輸出至其他文件。2. 在環(huán)的每個(gè)邊點(diǎn)擊,形成另外五個(gè)環(huán):3. 點(diǎn)擊鼠標(biāo)右鍵,選擇選擇/移動(dòng)工具。指向結(jié)構(gòu)中的任一原子或鍵拖拽到工作區(qū)即可。然后指向結(jié)構(gòu)的任一原子或鍵拖拽到工作區(qū)上使其旋轉(zhuǎn)到如下結(jié)構(gòu):注意: 從Options 菜單, 選擇 Preferences,再單擊對(duì)話窗口的 Structure鍵,可以選擇背景鍵斷開或者連接,如果在Bonds Intersections中的 Enable被選中, 則背景鍵斷開,否則,背景鍵連接。畫這樣的結(jié)構(gòu)是很難的。1. 選擇由前一節(jié)得到的線性分子式:2. 從工具菜單欄 ( Tools) 選擇 Generate Structure from SMILES命令,結(jié)構(gòu)式將出現(xiàn)。3. 從氨基酸系列中選擇酪氨酸(Tyr)在空白區(qū)點(diǎn)擊導(dǎo)入結(jié)構(gòu)。例如:可以重新畫和調(diào)整大小,以使所有鍵長(zhǎng)和鍵角符合標(biāo)準(zhǔn)。1. 超級(jí)結(jié)構(gòu)、簡(jiǎn)化線性分子式和化學(xué)反應(yīng)式 目標(biāo)本章講解如何畫更為復(fù)雜的結(jié)構(gòu),主要講解的兩個(gè)內(nèi)容是:二維(2D)優(yōu)化和三維(3D)優(yōu)化。使用該功能,可以很容易地畫出完美的結(jié)構(gòu)。4. 從原子基團(tuán)表中選擇Alanine丙氨酸和Tryptophan色氨酸,點(diǎn)擊指定的原子,連接上相應(yīng)的官能團(tuán)。這個(gè)結(jié)構(gòu)式與前面得到的相同。3D優(yōu)化和3D旋轉(zhuǎn)使可以很容易完成。可以改變交叉鍵的位置,具體做法是利用Tools 菜單鍵下的Bring Bond to Front(CTRL+F) 和Send Bond to Back (CTRL+K). 也可以通過(guò)激活Change Position 鍵后,單擊即將改變位置的化學(xué)鍵,同時(shí)按住SHIFT 鍵將后面的鍵移到前面來(lái)。8. 從工具菜單欄,選擇Show Aromaticity來(lái)顯示芳香環(huán): 創(chuàng)建立方烷結(jié)構(gòu)在結(jié)構(gòu)模式下進(jìn)行以下操作。4. 通過(guò)拖動(dòng)鼠標(biāo)將原子a,c,e,g,i移動(dòng)到原子b,d,f,h,j形成如下結(jié)構(gòu)。8. 如果要移動(dòng)加號(hào)或者箭頭,可以點(diǎn)擊選擇/移動(dòng)鍵 Select/Move工具, 然后將光標(biāo)指在要移動(dòng)的物體上,拖動(dòng)鼠標(biāo)。1. 從選項(xiàng)菜單選擇參數(shù)調(diào)出參數(shù)設(shè)置對(duì)話框。注意:被映射的原子僅在映射工具面板被調(diào)出的時(shí)候可見。216。無(wú)論模型來(lái)自何處,連接的原理是一樣的。 原子團(tuán)表原子基團(tuán)表是用以繪制化學(xué)結(jié)構(gòu)的一系列化學(xué)原子團(tuán)。 創(chuàng)建環(huán)狀體聚物結(jié)構(gòu)在結(jié)構(gòu)模式下操作。 繪制復(fù)雜的生物化學(xué)結(jié)構(gòu)這里利用ChemSketch的不同工具,畫復(fù)雜的生物化學(xué)結(jié)構(gòu)。同樣的,還可以使用Pseudo Atom工具來(lái)實(shí)現(xiàn)。打開模型管理器對(duì)話框(模型菜單中),點(diǎn)擊新創(chuàng)建(New)鍵,找到需要的文件,為其指定名字即可。在出現(xiàn)的對(duì)話框中,標(biāo)記性質(zhì)后點(diǎn)擊OK。2. 繪制如下一個(gè)結(jié)構(gòu):3. 選擇并切斷一個(gè)(非環(huán)的)鍵。這個(gè)功能可以通過(guò)點(diǎn)擊工具菜單(Tools ) 查找同分異構(gòu)體命令(Check Tautomeric Form)或者點(diǎn)擊鍵獲得。 含有配位鍵的結(jié)構(gòu);216。文獻(xiàn)中的錯(cuò)誤結(jié)構(gòu)硫鳥嘌呤(抗腫瘤的藥)4 種可能的結(jié)構(gòu)形式6巰(基)嘌呤 (.抗腫瘤的藥)5種可能的結(jié)構(gòu)形式別嘌呤醇 (痛風(fēng)藥)5種可能的結(jié)構(gòu)形式[醫(yī)]白帶3種可能的結(jié)構(gòu)形式Chlorzoxazone (skeletal muscle relaxant)2種可能的結(jié)構(gòu)形式2Mercaptobenzothiazole2種可能的結(jié)構(gòu)形式Pemoline(CNS 興奮劑)2種可能的結(jié)構(gòu)形式甲巰基咪唑(抗甲狀腺藥
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