rna及rna二級(jí)結(jié)構(gòu)的理論知識(shí)-免費(fèi)閱讀
【正文】 值得注意的是對(duì)于長(zhǎng)度為n的RNA序列，如果添加假想的第0個(gè)堿基和第（n+1）個(gè)堿基到當(dāng)前結(jié)構(gòu)中后，且嘉定兩堿基形成配對(duì)，則對(duì)于任意的RNA序列均可得到一致的封閉的二級(jí)結(jié)構(gòu)。Zuker，Turner等人詳細(xì)地給出了各個(gè)部分結(jié)構(gòu)的能量計(jì)算方法，到目前為止，有些能量值還在不斷地被修正和補(bǔ)充。例如，如果在一個(gè)給定類型的序列中兩個(gè)位置（G和C形成一個(gè)堿基對(duì)），則在相應(yīng)的位置上保留了G和C、A和U或U和A的序列被認(rèn)為是可能的匹配。堿基之間連續(xù)不斷的配對(duì)形成了螺旋區(qū)，對(duì)RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)有著穩(wěn)定作用來降低整體結(jié)構(gòu)的自由能，而RNA分子中沒有配對(duì)的部分形成“發(fā)卡環(huán)，內(nèi)部換，膨脹環(huán)跟多分支環(huán)”等環(huán)裝結(jié)構(gòu)，不利于穩(wěn)定結(jié)構(gòu) 和升高結(jié)構(gòu)的自由能，RNA二級(jí)機(jī)構(gòu)就是在這種矛盾之間的平衡中形成的。用蒙特 卡洛的辦法折疊RNA分子，這個(gè)方法當(dāng)中的每個(gè)起始區(qū)域都是經(jīng)一個(gè)加權(quán)集合里任意選擇的，這跟用余吉不思取樣的辦法是差不多的。并且，RNA的同源性和保守型特征都是建立在二級(jí)結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上而不是一級(jí)結(jié)構(gòu)的保守序列上的。 RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)中還有兩個(gè)重要的組成部分，一個(gè)叫做多分支環(huán)，它是連接著RNA分子結(jié)構(gòu)各個(gè)區(qū)域沒有實(shí)現(xiàn)配對(duì)的各個(gè)發(fā)卡環(huán)；另一個(gè)叫做自由單鏈，它是RNA分子結(jié)構(gòu)排序組合最頂端沒有形成配對(duì)的單鏈。同時(shí)，RNA分子結(jié)構(gòu)具有跟蛋白質(zhì)類似的種類繁多、結(jié)構(gòu)復(fù)雜的特點(diǎn)。通過對(duì)上圖的綜合分析，我們發(fā)現(xiàn)RNA的化學(xué)結(jié)構(gòu)并不非常復(fù)雜，都是通過氫鍵分別將A和U、C和G連起來，形成互補(bǔ)堿基配對(duì)，不同的地方是連接氫鍵個(gè)數(shù)的差別，即A和U之間最多形成兩個(gè)氫鍵；G和C之間最多形成3個(gè)氫鍵。第2章 RNA及RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的理論知識(shí) RNA的生物知識(shí) RNA基本單位在動(dòng)植物、微生物、一些病毒以及噬菌體內(nèi)都有RNA分子，它是一種以磷酸二酯鍵連接的幾十種核糖核苷酸的形式存在的核酸，核苷酸是構(gòu)成RNA的基本單位。除了一些小的RNA病毒，大部分RNA的主要以單鏈形式存在，但這種單鏈形式的產(chǎn)生不是偶然，而是
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