rna及rna二級結(jié)構(gòu)的理論知識-免費閱讀
【正文】 值得注意的是對于長度為n的RNA序列，如果添加假想的第0個堿基和第（n+1）個堿基到當前結(jié)構(gòu)中后，且嘉定兩堿基形成配對，則對于任意的RNA序列均可得到一致的封閉的二級結(jié)構(gòu)。Zuker，Turner等人詳細地給出了各個部分結(jié)構(gòu)的能量計算方法，到目前為止，有些能量值還在不斷地被修正和補充。例如，如果在一個給定類型的序列中兩個位置（G和C形成一個堿基對），則在相應(yīng)的位置上保留了G和C、A和U或U和A的序列被認為是可能的匹配。堿基之間連續(xù)不斷的配對形成了螺旋區(qū)，對RNA二級結(jié)構(gòu)有著穩(wěn)定作用來降低整體結(jié)構(gòu)的自由能，而RNA分子中沒有配對的部分形成“發(fā)卡環(huán)，內(nèi)部換，膨脹環(huán)跟多分支環(huán)”等環(huán)裝結(jié)構(gòu)，不利于穩(wěn)定結(jié)構(gòu) 和升高結(jié)構(gòu)的自由能，RNA二級機構(gòu)就是在這種矛盾之間的平衡中形成的。用蒙特 卡洛的辦法折疊RNA分子，這個方法當中的每個起始區(qū)域都是經(jīng)一個加權(quán)集合里任意選擇的，這跟用余吉不思取樣的辦法是差不多的。并且，RNA的同源性和保守型特征都是建立在二級結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上而不是一級結(jié)構(gòu)的保守序列上的?！ NA二級結(jié)構(gòu)中還有兩個重要的組成部分，一個叫做多分支環(huán)，它是連接著RNA分子結(jié)構(gòu)各個區(qū)域沒有實現(xiàn)配對的各個發(fā)卡環(huán)；另一個叫做自由單鏈，它是RNA分子結(jié)構(gòu)排序組合最頂端沒有形成配對的單鏈。同時，RNA分子結(jié)構(gòu)具有跟蛋白質(zhì)類似的種類繁多、結(jié)構(gòu)復雜的特點。通過對上圖的綜合分析，我們發(fā)現(xiàn)RNA的化學結(jié)構(gòu)并不非常復雜，都是通過氫鍵分別將A和U、C和G連起來，形成互補堿基配對，不同的地方是連接氫鍵個數(shù)的差別，即A和U之間最多形成兩個氫鍵；G和C之間最多形成3個氫鍵。第2章 RNA及RNA二級結(jié)構(gòu)的理論知識 RNA的生物知識 RNA基本單位在動植物、微生物、一些病毒以及噬菌體內(nèi)都有RNA分子，它是一種以磷酸二酯鍵連接的幾十種核糖核苷酸的形式存在的核酸，核苷酸是構(gòu)成RNA的基本單位。除了一些小的RNA病毒，大部分RNA的主要以單鏈形式存在，但這種單鏈形式的產(chǎn)生不是偶然，而是
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