【正文】 工具欄上的“ Display Style ”圖標(biāo)（或“ Ctrl+D ”），再選擇 DNA/RNA 選項(xiàng)，可進(jìn)入脫氧核糖核酸 / 核糖核酸的顯示設(shè)定窗口，如圖 918 所示。 使用 Windows ／ New Hierarchy Windows 命令，能以縱向平鋪方式顯示結(jié)構(gòu)層次窗口（ Hierarchy 窗口）和 3D 窗口。點(diǎn)擊“ + ”可擴(kuò)展顯示層次，點(diǎn)擊“ ”則可縮減顯示層次，它類似于 Windows 中的文件夾的樹狀結(jié)構(gòu)。圖 919 是酵母 DNA 碎片和蛋白質(zhì)二聚體的顯示圖及結(jié)構(gòu)層次窗口。 圖 920 晶胞構(gòu)建的設(shè)定窗口 圖 921 黃鐵礦晶胞圖 6 ．分子表面的顯示（ Surface ）使用 Tools ／ Surface ／ Add… 命令，可顯示分子表面圖。用戶自己繪制的分子結(jié)構(gòu)，在測定結(jié)構(gòu)參數(shù)前，一般需要對進(jìn)行分子結(jié)構(gòu)模型進(jìn)行構(gòu)建操作（ Clean Structure ）和能量優(yōu)化（ Dreiding ），使分子模型接近于實(shí)際分子狀態(tài)。此時屏幕上將顯示測定數(shù)據(jù)和標(biāo)識，如果要刪除以上顯示的數(shù)據(jù)信息，可使用 Tool ／ Monitors ／ Remove 命令。顯示的項(xiàng)目隨分子結(jié)構(gòu)模型的不同而有所不同。當(dāng)進(jìn)行分子模型的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的監(jiān)測時，計(jì)算的所有數(shù)據(jù)在數(shù)據(jù)表中也都有專項(xiàng)顯示。 圖 923 酵母 DNA 碎片和蛋白質(zhì)二聚體的數(shù)據(jù)表窗口 2 ．?dāng)?shù)據(jù)的輸入和輸出 DS ViewerPro 除了使用默認(rèn)的文件格式（ .msv ）進(jìn)行輸入和輸出外，還可使用多種圖形文件格式。 DS ViewerPro 可將分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)和分子結(jié)構(gòu)圖形通過 Windows 的剪貼板直接粘貼到其它應(yīng)用程序。這些圖形文件格式有： Viewer 、 Brookhaven PDB 、 MDL MOL 、 XYZ Coordinate 、 Catalyst 、 Catalyst Query 、 VRML World 、 POVRay Scene 、 GIF 、 JPEG 、 Bitmap 和 PNG 。用戶可新建一個未命名文件，并在其中繪制（或輸入）多個分子圖形，然后將全部分子圖形以特定的文件格式（ .MOL 、 .XYZ 、 .CPD 、 .SMI ）存盤。例如， Coordinate Kick （通過坐標(biāo)變化構(gòu)建同分異構(gòu)體）、 Torsion Kick （通過扭角變化構(gòu)建同分異構(gòu)體）、復(fù)雜分子特殊參數(shù)測定的顯示等功能，請用戶參閱在線說明書學(xué)習(xí)使用。圖 925 是模型設(shè)定和參數(shù)選擇的窗口。 Preferences （參數(shù)選擇）窗口具有以下選項(xiàng)： General （常規(guī)）、 OpenGL （ OpenGL 圖形庫）、 GUI （圖表用戶界面）、 Popup Info. （彈出信息）、 ChemDraw （二維圖形軟件 ChemDraw ）、 Dihedral Driver （二面角驅(qū)動）。 （ 3 ） View （視圖）菜單有： Parameter Table （參數(shù)表）、 Toolbars （工具欄）、 Model Explore （模型資源管理器）、 ChemDraw Panel （ ChemDraw 面板）、 Cartesian Table （直角坐標(biāo)表）、 ZMatrix Table （ Z 矩陣表）、 Measurement Table （測量表）、 Output Box （輸出框）、 Comments Box （注釋框）、 Dihedral Chart （二面角圖）、 Align with （對齊）、 Model Display Mode （模型顯示模式）、 Show Atom Labels （顯示原子標(biāo)記）、 Show Serial Number （顯示序號）、 Show Atom Dots （顯示原子電子云）、 Show H39。 （ 4 ） Structure （結(jié)構(gòu)）菜單有： Measurement （度量）、 Fit （調(diào)整）、 Center Model （居中模型）、 Reflect （反射）、 Set ZMatrix （設(shè)置 Z －矩陣）、 Detect Stereochemistry （探測立體化學(xué)）、 Invert （反轉(zhuǎn)）、 Deviation From Plane （偏離平面）、 Add Centriod （增加質(zhì)心原子）、 Rectify （矯正）、 Clean Up （清除）、 Overlay （覆蓋）、 Dock （對接）等選項(xiàng)。 （ 8 ） Online （在線服務(wù)）菜單有： Find Suppliers on （ 從 查找供給商 ） 、 Find Information on （ 從 查找信息 ） 、 Find Structure from PDB ID （ 從 PDB ID 查詢結(jié)構(gòu)） 、 Find Structure from ACX Number （ 從 ACX 編號 查找結(jié)構(gòu) ） 、 Find Structure from Name at （ 從 查找結(jié)構(gòu) ） 、 Browse （瀏覽 網(wǎng)站）、 Browse （瀏覽 網(wǎng)站）、 Browse CambridgeSoft Documentation （瀏覽 文件）、 Browse CambridgeSoft Technical Support （瀏覽 技術(shù)支持）、 Browse CambridgeSoft Downloads （瀏覽 下載）、 Register Online （在線注冊）、 Browse ChemOffice SDK （瀏覽 ChemOffice SDK ）等選項(xiàng)。 Negative Amplitude Color ，負(fù)電荷顏色 表 91 Chem3D 的主要工具欄的工具圖標(biāo) Chem3D 在工作窗口的左、右邊框上增了 Model Explorer （模型管理器）和 ChemDraw Panel （ ChemDraw 面板）的彈出式窗口功能。 Chem3D 的自動隱藏窗口設(shè)計(jì)新穎，使用方便。對于一個生物大分子，則可以分別依次顯示蛋白質(zhì)分子、肽鏈、官能團(tuán)和原子等層次信息。 （ 1 ）對 整個分子模型的平移，先用“ Select ”（選?。┕ぞ?，拖拉矩形框，選擇整個分子，或者使用 Edit ／ Select All 命令 （或“ Ctrl+A ”） 選定全部分子模型 。光標(biāo)在上和下邊區(qū)做水平拖動時，分子圖形分別沿 Z 軸（ Rotate About Z Axis ）和 Y 軸（ Rotate About Y Axis ）旋轉(zhuǎn)。 （ 4 ）當(dāng)光標(biāo)處于非邊區(qū)位置時，四個邊區(qū)自動隱藏，此時光標(biāo)呈手形，用戶可 按住鼠標(biāo)左鍵 上下和左右的拖拉，使分子沿 X 軸和 Y 軸旋轉(zhuǎn)。 （ 6 ）如果工作區(qū)內(nèi)有多個分子，使用“ Select ”（選取）拖拉出矩形框選定某個分子，此后的旋轉(zhuǎn)操作只針對選定的分子。另外，還可以使用 Record （錄制）功能，將屏幕最前和最后的二個圖形錄制為動畫的二個幀，多個幀的連續(xù)播放就可構(gòu)成完整的動畫。 Stick （球棒）、 Cylindrical Bonds （圓柱鍵）、 Space Filling （空間填充）、 Ribbons （帶狀）、 Cartoons （動畫）?！?Stereo Pair ”（立體對） 顯示兩個具有立體效果的分子模型?！?Depth Fading ”（深度陰影）顯示將距離較遠(yuǎn) 的部分以深度陰影的方式表示。 Chem3D 提供了計(jì)算化學(xué)程序的良好輸入輸出接口，這是其顯著優(yōu)點(diǎn)之一。 Chem3D 提供豐富的構(gòu)建三維分子模型的方式。 Chem3D 將 ChemDraw 整合在同一個平臺上，在 Chem3D 在工作界面嵌入了 ChemDraw 面板，用戶可以直接在 Chem3D 的界面上直接進(jìn)行 ChemDraw 的操作，而不必另外啟動 ChemDraw 程序。點(diǎn)擊 ChemDraw 面板右上角“ Auto Hide ”圖標(biāo)，在 Chem3D 窗口右邊的垂直列出現(xiàn) ChemDraw 標(biāo)記，此時光標(biāo)位于 Chem3D 窗口時， ChemDraw 面板會自動隱藏，光標(biāo)指向 ChemDraw 標(biāo)記時，其面板會自動彈出。圖 929 是 Chem3D 和 ChemDraw 窗口界面。點(diǎn)擊工具欄上的圖標(biāo)后，圖標(biāo)工具會加亮顯示，在工作窗口用鼠標(biāo)左鍵單擊并拖放 ，放松 鼠標(biāo)后，就會自動生成三維分子模型。在完成模型繪制后再加氫和建模，先選擇需要加氫和建模和的分子，使用 Structure ／ Rectify 命令進(jìn)行加氫，使用 Structure ／ Clean Up 命令進(jìn)行建模。如果工作窗口中的分子模型已經(jīng)選定了一個原子，則輸入框中的內(nèi)容會增加到選定的原子上。另外，使用其它工具（例如，選擇工具或單鍵工具）時，鼠標(biāo)雙擊原子，在白色輸入框中鍵入元素符號也可改變原子類型，輸入數(shù)字改變原子編號。 圖 930 2 甲基戊烷的分子模型的二維和三維分子結(jié)構(gòu) 4 ．使用子結(jié)構(gòu)構(gòu)建模型 如果要構(gòu)建復(fù)雜的大分子結(jié)構(gòu)，可利用程序自帶的子結(jié)構(gòu)庫進(jìn)行組建。 5 ．使用坐標(biāo)表構(gòu)建模型 Chem3D 以 Cartesian Table （直角坐標(biāo)表）和 ZMatrix Table （ Z 矩陣坐標(biāo)表）兩種方式顯示分子結(jié)構(gòu)的坐標(biāo)。用戶先將文本形式或 Excel 的坐標(biāo)拷貝到剪貼板，然后在坐標(biāo)表窗口上點(diǎn)擊右鍵，選擇 Paste Cartesian ，就可構(gòu)建三維分子結(jié)構(gòu)模型。 （ 1 ）將光標(biāo)指向一個原子就可以顯示出原子的元素符號以及編號，將光標(biāo)指向一個化學(xué)鍵可以顯示鍵長和鍵級。 （ 2 ）如果要顯示分子的所有幾何參數(shù) （ 鍵長、鍵角和二面角），可以使用 Structure ／ Measurement ／ Bond Lengths （鍵長）、 Bond Angles （鍵角）、 Dihedral Angles （二面角）命令，在彈出的測量窗口上 ， 可以顯示出分子結(jié)構(gòu)的幾何參數(shù)。 Chem3D 可進(jìn)行以下的計(jì)算： （ 1 ） Extended Huckel ： Extended Huckel （擴(kuò)充的休克爾）是簡單的半經(jīng)驗(yàn)計(jì)算方法，使用該方法可進(jìn)行電荷和表面的計(jì)算。 （ 4 ） Games ： Games 是 著名從頭算計(jì)算程序。 （ 5 ） Gaussian ： Gaussian 是 著名從頭算計(jì)算程序。 （ 7 ） MOPAC ： MOPAC 是著名的半經(jīng)驗(yàn)計(jì)算程序， Chem3D 可進(jìn)行 MINDO 、 MINDO/3 、 MINDOd 、 AM1 和 PM3 等方法的 分子構(gòu)型的能量優(yōu)化、分子性質(zhì)計(jì)算（ 計(jì)算焓變、溶劑能、偶極矩、點(diǎn)電荷、軌道密度等 ）、過渡態(tài)優(yōu)化和光譜分析，也可以創(chuàng)建一個 MOPAC 程序的輸入文件，或運(yùn)行一個已有 MOPAC 輸入文件，或可運(yùn)行先前存儲的作業(yè)文件。 分子模型的幾何構(gòu)型優(yōu)化是分子模型設(shè)計(jì)的一個重要部分，它 可使分子模型 更接近于真實(shí)的三維空間分子。在使用菜單 Surface （表面）的許多命令時，先要進(jìn)行某種量子化學(xué)方法的計(jì)算。分子表面圖形的顯示模式有： Solid （實(shí)心）、 Wire Mesh （網(wǎng)格）、 Dots （點(diǎn)狀）、 Translucent （透明）。先在 Calculation 菜單中選擇某種量子化學(xué)（半經(jīng)驗(yàn)方法或從頭計(jì)算 ），并在其 Compute Properties （計(jì)算性質(zhì)）中選擇所需要的分子性質(zhì)進(jìn)行計(jì)算，然后再顯示分子表面圖形。 圖 932 丁二烯的 靜電勢網(wǎng)格顯示圖形 圖 933 丁二烯 的 溶劑可及 表面顯示圖形 2 ．分子軌道圖形的顯示 分子軌道圖形的顯示也要先進(jìn)行量子化學(xué)的計(jì)算。 圖 934 丁二烯的 HOMO （ N=11 ）分子軌道圖 圖 935 丁二烯的 LUMO （ N=12 ）分子軌道圖 HyperChemHyperChem 的最新版本是 版， 由于使用了 OpenGL 圖形庫，圖形顯示模式增多，圖形顯示明顯質(zhì)量高。界面的最上方是菜單欄。 （ 4 ） Rotate inplane （ Z 軸旋轉(zhuǎn)），光標(biāo)形狀為 ，也可使用鍵盤的“ Home ”和“ End ”鍵進(jìn)行順、反時針方向的旋轉(zhuǎn)。 （ 8 ） ZClipping planes （ Z 軸截片），光標(biāo)形狀為 。 （ 12 ） Rectangle Annotation （矩形注釋） 。 HyperChem 的菜單命令很多，以下通過對 HyperChem 的菜單命令的介紹并結(jié)合某些具體的操作，說明程序的程序的主要功能和使用方法。 （ 3 ） Merge （合并） 將另一個存盤文件合并到工作區(qū)里。 （ 5 ） Save As （另存為） 將工作區(qū)里的分子結(jié)構(gòu)另外存儲為一個文件。該文件使用瀏覽器調(diào)用，并在網(wǎng)頁上對分子模型進(jìn)行交互式操作（旋轉(zhuǎn)、平移、縮放等）。 （ 10 ） Import （導(dǎo)入） 導(dǎo)入由 HyperChem 或其它量子化學(xué)計(jì)算程序得到分子軌道、偶力矩、紫外可見光譜和紅外光譜數(shù)據(jù)。當(dāng)退出 HyperChem 時，系統(tǒng)會保存當(dāng)前的設(shè)置供下次啟動時調(diào)用。參數(shù)設(shè)置有以下內(nèi)容：工具圖標(biāo)（ Tool ）、鍵盤操作（ Key ）、圖形的設(shè)置（ Setup Image ）、第二級結(jié)構(gòu)顏色（ Secondary Structure Colors ）、應(yīng)用文件路徑（ Paths ）、網(wǎng)絡(luò)許可（ Network License ）、窗口顏色（ Window Color ）、化學(xué)鍵顏色（ Bond Color ）、被選定對象顏色（ Selection Color ）、等值面顏色（ Isosurface Color ）。鍵盤上“ Delete ”鍵也具有相同的功能。 （ 5 ） Paste （粘貼） 將剪貼板里的圖形粘貼到工作區(qū)。 （ 7 ） Invert （倒置） 以選定的原子為中心對分子結(jié)構(gòu)進(jìn)行倒置。 （ 8 ） Reflect （鏡像） 通過指定的平面對分子結(jié)構(gòu)或選擇的部分結(jié)構(gòu)進(jìn)行鏡像操作。 Rotate About 部分設(shè)定旋轉(zhuǎn)軸，除了可以 X 、 Y 、 Z 軸為旋轉(zhuǎn)軸外，也可指定一條直