醫(yī)學專業(yè) 生物信息學第9章-全文預覽
【正文】 除了酵母雙雜交、雙向電泳技術、質譜技術等之外的一種重要的工具。 ? MALDITOF質譜測定肽質量指紋圖 ? MALDITOF質譜技術用于蛋白質 C端序列分析 二、蛋白質組質譜分析技術 （四 ）電噴霧質譜（ ESIMS）分析 ESIMS采用連續(xù)離子化的方法，從液相中產生離子，能快速、準確地解決從小分子到生物大分子或不穩(wěn)定有機分子質量的測定問題，常作為與其他分析技術聯用的首選儀器 。 一、二維凝膠電泳分析技術 （二） IPGDALT電泳是目前分辨率最高的電泳方法 1. 樣品制備 2. 蛋白質定量 3. 一向電泳 4. 一向膠條的平衡 5. 二向電泳 6. 凝膠檢測 一、二維凝膠電泳分析技術 ? 質譜分析法是按照離子的質荷比（ m/z）大小對離子進行分離和測定從而對樣品進行定性和定量分析的一種方法。 三、蛋白質分析軟件與數據庫 （九）蛋白質二次結構數據庫 如：蛋白質二級結構構象參數數據庫（ DSSP）、蛋白質家族數據庫（ FSSP）、同源蛋白質數據庫（ HSSP） 等。 三、蛋白質分析軟件與數據庫 （五）蛋白質分析有很多其他非在線軟件包工具 ? 除了在線分析工具之外，尚有很多非在線的蛋白質分析軟件包工具得以開發(fā) 如： AnthePro ， PSAAM， VHMPT， MPEx等。 三、蛋白質分析軟件與數據庫 （四）蛋白質功能預測主要根據序列預測功能 思路及一般流程為： ? 通過相似序列的數據庫比對確定功能。 ? 二級結構預測常用方法有： nnPredict，PredictProtein， SOPMA， COILS， TMpred，SignalP等。 三、蛋白質分析軟件與數據庫 （一）蛋白質物理特性的預測基于蛋白質的一級氨基酸序列 ? 從蛋白質序列出發(fā)，可以預測出蛋白質的許多物理性質，包括等電點、分子量、酶切特性、疏水性、電荷分布等。 二、蛋白質的定位、修飾 蛋白質的相互作用 3. 實驗方法是鑒定蛋白質 蛋白質間的相互作用的主要方法 ? 酵母雙雜交系統 ? 噬菌體表面展示技術 ? 蛋白質親和色譜 ? 表面等離子共振技術 ? 熒光共振能量轉移技術 二、蛋白質的定位、修飾 蛋白質的相互作用 ? 抗體與蛋白質陣列技術 ? 免疫共沉淀技術 ? Pulldown技術 ? 親和印跡 ? 化學交聯技術 ? 蛋白質探針技術 ? 基于質譜的蛋白質相互作用研究方法 二、蛋白質的定位、修飾 蛋白質的相互作用 4. 生物信息學是蛋白質相互作用研究的有力工具，蛋白質相互作用數據庫是預測蛋白質間相互作用的基礎 ? 使用最廣泛、數據信息最完善的人類相關的蛋白質相互作用公共數據庫有： BIND, DIP, IntAct, HPRD, MINT, MIPS 二、蛋白質的定位、修飾 蛋白質的相互作用 5. 預測蛋白質相互作用的生物信息學算法 ? 基于基因組信息的預測方法 ? 基于進化信息的方法 ? 基于蛋白質一級結構的從頭預測方法 ? 需要三維結構信息的方法 二、蛋白質的定位、修飾 蛋白質的相互作用 6. 蛋白質相互作用網絡的構建是研究蛋白質相互作用的最終目標 ? 蛋白質網絡可以顯示蛋白質從細胞表面到細胞核的一系列變化過程，揭示參與該過程的一系列生物學事件和作用因子，提示某一過程的中斷或變化可能導致的生物學后果等。 二、蛋白質的定位、修飾 蛋白質的修飾 1. 蛋白質相互作用是細胞進行一切代謝活動的基礎 ? 生命的基本過程就是不同功能蛋白質在時空上有序和協同作用的結果。 3. 基于質譜數據鑒定翻譯后修飾的結果分析采用數據庫搜索法 ? 由質譜數據鑒定翻譯后修飾肽段的主要方法分為兩大類：數據庫搜索法（ database searching）和從頭測序法（ DeNovo sequencing）。 二、蛋白質的定位、修飾 蛋白質的修飾 1. 蛋白質的翻譯后修飾是蛋白質行使正常生理功能所必需的 ? 蛋白質翻譯后修飾過程使蛋白質結構更為復雜，功能更為完善，調節(jié)更為精細，作用更為專一。 蛋白質的定位 1. 蛋白質的定位基于十二類亞細胞結構 蛋白質在細胞內的定位主要基于 12類亞細胞的分類數據庫（來自 SwissProt）： 細胞膜、細胞質基質、內質網、高爾基體、溶酶體、過氧化物酶體、線粒體、葉綠體、細胞骨架、液泡、細胞核、細胞外基質。由生物多樣性和進化上遠離引起的氨基酸殘基取代，顯示了蛋白中的特征功能區(qū)。 功能蛋白質組學 已成為后基因組的重要組成部分。
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