【正文】 structure)是指整條肽鏈中全部氨基酸殘基的相對空間位臵。 同樣 ， 多個堿性氨基酸殘基在一肽段內(nèi) ， 由于正電荷相斥 ， 也妨礙 α螺旋的形成 。 超二級結(jié)構(gòu)形式有 3種： αα， βαβ， ββ 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) 鈣結(jié)合蛋白中結(jié)合鈣離子的模體 鋅指結(jié)構(gòu) 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) （六） 氨基酸殘基的側(cè)鏈可影響二級結(jié)構(gòu)的形成 蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)是以一級結(jié)構(gòu)為基礎(chǔ)的。 一、多肽鏈中的局部特殊構(gòu)象是蛋白質(zhì) 的二級結(jié)構(gòu) 肽鏈主鏈骨架原子 包括 N（氨基氮）、 Cα（ α碳原子）和 CO（羰基碳） 3個原子依次重復(fù)排列。 序列比對方法（ sequenceparison method）關(guān)鍵在于將 2個序列準確地對齊，使之達到相同序列最大化，插入或刪除序列最小化的目的，然后計算相同的氨基酸數(shù)。 由于體內(nèi)的含氮物質(zhì)以蛋白質(zhì)為主 ， 因此 ，只要測定生物樣品中的含氮量 ， 就可以根據(jù)以下公式推算出蛋白質(zhì)的大致含量： 100克樣品中蛋白質(zhì)的含量 ( g % ) = 每克樣品含氮克數(shù) 100 1/16% ? 蛋白質(zhì)元素組成的特點： 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) (一 )蛋白質(zhì)的分子組成與結(jié)構(gòu)特征是其分類的基礎(chǔ) 1. 蛋白質(zhì)根據(jù)分子組成分為單純蛋白質(zhì)和結(jié)合蛋白質(zhì)兩類 ： 單純蛋白質(zhì)（ simple protein） 結(jié)合蛋白質(zhì) = 蛋白質(zhì)部分 + 非蛋白質(zhì)部分 （ conjugated protein） 輔基 （ prosthetic group） 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) 分類 輔基 舉例 脂蛋白 脂類 血漿脂蛋白（ VLDL、 LDL、HDL等） 糖蛋白 糖基或糖鏈 膠原蛋白、纖連蛋白等 核蛋白 核酸 核糖體 磷蛋白 磷酸基團 酪蛋白（ casein） 血紅素蛋白 血紅素（鐵卟啉） 血紅蛋白、細胞色素 c 黃素蛋白 黃素核苷酸（ FAD、FMN） 琥珀酸脫氫酶 金屬蛋白 鐵 鐵蛋白 鋅 乙醇脫氫酶 鈣 鈣調(diào)蛋白 錳 丙酮酸羧化酶 銅 細胞色素氧化酶 結(jié)合蛋白質(zhì)及其輔基 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) 3. 蛋白質(zhì)根據(jù)其形狀分為纖維狀蛋白質(zhì)和球狀蛋白質(zhì)兩類 ，可分為： 纖維狀蛋白質(zhì) 球狀蛋白質(zhì) 2. 蛋白質(zhì)根據(jù)結(jié)構(gòu)特點進行分類 ，可分為： 超家族（ super family） 家族（ family） 亞家族（ subfamily） 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) (二 )蛋白質(zhì)分子結(jié)構(gòu)可區(qū)分為 4個層次 高級結(jié)構(gòu) 或 空間構(gòu)象(conformation) 一級結(jié)構(gòu) (primary structure) 二級結(jié)構(gòu) (secondary structure) 三級結(jié)構(gòu) (tertiary structure) 四級結(jié)構(gòu) (quaternary structure) 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) 三、 氨基酸殘基的排列順序決定蛋白質(zhì)的一級結(jié)構(gòu) ?肽鍵（主要化學(xué)鍵） ?二硫鍵 蛋白質(zhì)一級結(jié)構(gòu) (primary structure)是指蛋白質(zhì)分子中，從 N端到 C端的氨基酸排列順序。 近年發(fā)現(xiàn)的孤啡肽 (17肽 )，其一級結(jié)構(gòu)類似于強啡肽。 羧基末端（ carboxyl terminal）或 C 末端：多肽鏈中 有游離羧基的一端稱為 羧基末端 (carboxyl terminal)或 C端。 * 二肽通過肽鍵與另一分子氨基酸縮合生成三肽 …… * 一般來說，由數(shù)個、十數(shù)個氨基酸組成的肽習(xí)慣稱為 寡肽 (oligopeptide)，而很多氨基酸組成的肽稱為 多肽（ polypeptide）。 一 、肽和蛋白質(zhì)是由氨基酸組成的多聚體 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) H 甘氨酸 CH3 丙氨酸 L氨基酸的通式 RC+N H3C O OH目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) 肽鍵是由一個氨基酸的 ?羧基與另一個氨基酸的 ?氨基脫水縮合而形成的化學(xué)鍵。 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) ?什么是蛋白質(zhì) ? 蛋白質(zhì) （ protein） 是由許多氨基酸（ amino acids） 通過肽鍵 （ peptide bond） 相連形成的高分子含氮化合物 。 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) 1951年 , Pauling采用 X（射）線晶體衍射發(fā)現(xiàn)了蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu) —— α螺旋 (αhelix)。目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) 多肽與蛋白質(zhì) 第二章 Peptides and Proteins 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) 1833年 ， Payen和 Persoz分離出淀粉酶。 1938年 ，德國化學(xué)家 Gerardus J. Mulder引用“ Protein” 一詞來描述蛋白質(zhì)。 20世紀 90年代以后 ，后基因組計劃。 ?蛋白質(zhì)的生物學(xué)重要性 1. 蛋白質(zhì)是生物 體重要組成成分 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) 1） 作為生物催化劑 （ 酶 ） 2） 代謝調(diào)節(jié)作用 3） 免疫保護作用 4） 物質(zhì)的轉(zhuǎn)運和存儲 5） 運動與支持作用 6） 參與細胞間信息傳遞 2. 蛋白質(zhì)具有重要的生物學(xué)功能 3. 氧化供能 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) 肽和蛋白質(zhì)的一級結(jié)構(gòu) 第一節(jié) Primary Structure of Peptides and Proteins 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) （一）氨基酸通過肽鍵相連形成肽 /蛋白質(zhì) 存在自然界中的氨基酸有 300余種 ， 組成體內(nèi)蛋白質(zhì)的 氨基酸 （ amino acid） 有 20種 ， 均為 Lα氨基酸 （ 除甘氨酸外 ） 。 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) * 一分子氨基酸與另一分子氨基酸脫去一分子水縮合成二肽。 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) 氨基末端（ amino terminal）或 N 末端 ：多肽鏈中有 游離氨基的一端稱 氨基末端 (amino terminal)或 N端。 較早發(fā)現(xiàn)的有腦啡肽 (5肽 )、 β內(nèi)啡肽 (31肽 )和強啡肽 (17肽 )等。 二、蛋白質(zhì)的分子組成和結(jié)構(gòu)極其復(fù)雜 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) 各種蛋白質(zhì)的含氮量很接近，平均為 16％ 。 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) 五、 蛋白質(zhì)一級結(jié)構(gòu)比對可用于同源 蛋白質(zhì)分析 蛋白質(zhì)一級結(jié)構(gòu)（氨基酸序列）比對常被用來預(yù)測蛋白質(zhì)之間結(jié)構(gòu)與功能的相似性。 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) 第二節(jié) 肽、蛋白質(zhì)的高級結(jié)構(gòu) Three Dimentional Structure of Peptides and Proteins 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) 蛋白質(zhì)的 二級結(jié)構(gòu) (secondary structure)是指組成蛋白質(zhì)的肽鏈的主鏈的空間結(jié)構(gòu)，也就是肽鏈主鏈骨架原子的相對空間位臵，不涉及氨基酸殘基側(cè)鏈的構(gòu)象。 目 錄 第二節(jié) 第三節(jié) 第四節(jié) 第五節(jié) 第一節(jié) 第六節(jié) （五）模體 是蛋白質(zhì)的超二級結(jié)構(gòu) 在許多蛋白質(zhì)分子中， 由幾個具有二級結(jié)構(gòu)的肽段，在空間上相互接近、相互作用，所形