【正文】 架暴露出海面， 將原來在臺灣海峽生活的江豚分隔在南北兩側(cè)。 系統(tǒng)發(fā)育 地理學(xué) 常被用來 重構(gòu)物種的 進(jìn)化史 。FajardoMellor et al. (2020)認(rèn) 為， 中新世 (Miocene)發(fā)生 的冰川作用 導(dǎo)致 北太平洋區(qū)域的 底層營養(yǎng)物質(zhì)上涌， 是 吸引鼠海豚的其他物種遷移至此引起 分化 的主要原因 。 很多 學(xué)者嘗試用 系統(tǒng)發(fā)育 地理學(xué)的方法去 驗(yàn)證這個(gè) 進(jìn)化的 假說。 Davies (1963)提出，印度 太平洋水域是地球上唯一的在整個(gè)新生代 (Cenozoic)沒有受到冰川作用的影響而始終而保持溫暖的水域。 Wang(2020)發(fā)表的文章 證明 ， 新鼠海豚屬不是 只有一個(gè)種 而是分為兩個(gè)物種 (印度 太平洋江豚和窄型背脊江豚 )，這一 分類 法已經(jīng) 于 2020 年被 世界自然聯(lián)盟 (IUCN)接受 。 Yang et al. (2020)用線粒體 DNA 控制區(qū) Dloop 的 720bp 序列 作為遺傳標(biāo)記 ， 研究了在臺灣海峽的印度 太平洋江豚群體。組織病理學(xué)的研究證實(shí)了 有機(jī)物水平高的擱淺個(gè)體的 免疫系統(tǒng)存在嚴(yán)重缺 陷。 毒理和組織病理學(xué)研究 Jefferson et al. (2020a)。一般認(rèn)為不低于 100 頭個(gè)體的群體 較為 安全(Jefferson et al., 2020b)，但隨著環(huán)境的惡化，持續(xù)的監(jiān)測種群數(shù)量的變化還是很有必要。研究發(fā)現(xiàn) 該群體主要分布在香港島東南面 。 Wang(2020)對在臺灣海峽水域的共存的兩種形態(tài)的江豚做了分類學(xué)研究，他同時(shí)用形態(tài)學(xué)數(shù)據(jù)和 核 DNA 微衛(wèi)星數(shù)據(jù) 兩種方法對 56 頭江豚 進(jìn)行了 各自 獨(dú)立的分類， 結(jié)果是這兩種分類的方法得到了相同的兩類江豚群體。 (2) 長江亞種 (N. p. asiaeorientalis)，分布于長江水域。膚色方面， 印度太平洋江豚比窄型背脊江豚膚更深，日本的窄型背脊江豚幾乎是全白色。 印度 太平洋江豚和 窄型背脊江豚 的主要區(qū)別為 脊 粒帶 的寬度， 印度 太平洋江豚 最寬處 為 410cm， 而窄型背脊江豚只有 cm (Mann et al., 2020。 照片：桂端 。 在 世界自然保護(hù)聯(lián)盟紅色名錄 上，印度 太平洋江豚 列為易危級 (IUCN: Vulnerable A2cde)，我國政府 也將其列為 國家二級保護(hù)動(dòng)物 。對擱淺樣本的胃含物分析表明其食物主要為近海岸底層或中層的魚類。江豚雖然在珠江口水域沒有被肉眼觀察到，但大量的擱淺海豚說明這個(gè)水域存在江豚。珠江口的中華白海豚主要以小的群體出現(xiàn)，群體組成從單個(gè)到 23 個(gè)不等。但這種方法的缺點(diǎn)是需要取樣點(diǎn)的地理分布 作為劃分群體的依據(jù)，對于在同一個(gè)地理位置產(chǎn)生分化的群體，線粒體 DNA 標(biāo)記不能判斷群體的分化。 通過對標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)化模型的研究發(fā)現(xiàn)，從剛剛開始產(chǎn)生 地理隔離的 群體到形成物種間的分化 差異水平 需要 4Ne 世代 的時(shí)間 (Avise et al., 1984)， Ne 是有效群體大小。物種的分類是野生動(dòng)物保護(hù)中最基本的工作，因此有必要建立一個(gè)明確的科學(xué)標(biāo)準(zhǔn)去 定義 物 種的概念。然而，我國的 鯨豚類 保護(hù)遺傳學(xué)研究開展起步較晚， 開展的 研究 工作也有限。 目前，對于珠江口鯨豚類物種的系統(tǒng)發(fā)育地理學(xué)研究還不足，因此， 對江豚和中華白海豚的系統(tǒng)發(fā)育地理學(xué)的研究具有重要意義 鯨豚類 的 保護(hù) 遺傳學(xué)研究 隨著分子遺傳學(xué)技術(shù)的迅速發(fā)展以及保護(hù) 生物學(xué)和分子遺傳理論的不斷發(fā)展，瀕危物種和生物多樣性的保護(hù)和管理出現(xiàn)了革命性的發(fā)展，產(chǎn)生了保護(hù)遺傳學(xué)（ conservation geics）這個(gè)新的分支學(xué)科。 同屬 所有 種群是 都 通過最為古老的種群向其他地區(qū)擴(kuò)張而進(jìn)化產(chǎn)生的， 通過將古老的群體 人為 遷移到其他地區(qū)能夠適應(yīng)并重塑當(dāng)?shù)氐姆N群 (Driscoll et al., 2020)。 中性學(xué)說（ Neutral Theory）認(rèn)為，遺傳漂變（ Geic Drift）是進(jìn)化的主要因素 (Templeton, 2020)。地理隔絕阻止了群體間的基因流， 將祖先群體 (Ancestral population)分隔為 各自隔絕的 小群體 。 首先，系統(tǒng)發(fā)育地理學(xué) 能夠幫助理解歷史地 理隔絕 和物種分化的關(guān)系，確定物種間的分化差異 和 分類學(xué)地位。 關(guān)鍵詞： 中華白海豚， 江豚， 保護(hù) 遺傳學(xué)，系統(tǒng)發(fā)育地理學(xué)， 進(jìn)化 珠江口江豚和中華白海豚的系統(tǒng)發(fā)育地理學(xué)研究 III Phylogeography of Neophocaena phocaenoides and Sousa chinensis in the Pearl River Estuary Major: Biochemistry and Molecular Biology Name: Duan Gui Supervisor: Professor, Yuping Wu ABSTRACT Chinese white dolphins (Sousa chinensis) and finless porpoise (Neophocaena phocaenoides) are two small cetaceans found residential in Pearl River Estuary (PRE). Pearl River Estuary has been developing extremely fast in the past several decades, which increased the pressure for local marine species. Our work contributes to the conservation geics and phylogeography of Chinese white dolphins and finless porpoise in PRE. Since the recent recognition of two species in the genus Neophocaena, knowledge regarding the IndoPacific finless porpoise (N. phocaenoides) remains lacking, including the population structure within the species and its phylogeic relationship with the other taxa of Neophocaena. The present study contributed to our understanding of the IndoPacific finless porpoise (N. phocaenoides) in the South China Sea by systematically sampling 75 strandings in the Pearl River Estuary (PRE). First, we examined the geic structure in the PRE. Analysis of 11 microsatellites detected no population differentiation in the PRE. Secondly, the metapopulation structure of finless porpoise populations was analyzed, including the population of N. phocaenoides in the Taiwan Strait, two populations of N. asiaeorientalis sunameri in the southern and northern Yellow Sea and two populations of N. a. asiaeorientalis in the middle and lower reaches of the Yangtze River. Pairwise FST analysis determined that the PRE population was highly differentiated from other predefined populations (, p). Finally, the tropical species N. phocaenoides, the IndoPacific 珠江口江豚和中華白海豚的系統(tǒng)發(fā)育地理學(xué)研究 IV finless porpoise, may represent the most basal member in the genus Neophocaena. We estimated that the diversification of the Neophocaena began in the Late Miocene (approximately Mya). For Chinese white dolphins, we developed speciesspecific microsatellite loci using Fast Isolation by AFLP of Sequences Containing repeats (FIASCO) methods. Our analysis proved that these loci are polymorphic. We also studied the phylogeny of Sousa using cytochrome b (cyt b) sequences. Cyt b sequences of Sousa were proved to be variable in contrast with mtDNA control region sequences. Two novel cyt b are discovered in PRE and Shenzhen, respectively. Phylogeography work analysis placed PRE cyt b haplotypes in the central position between haplotypes found in South Africa and the northernwest of PRE, indicating a strong correlation between geic distance and geographical distance. Phylogeic trees reconstructed using cyt b haplotypes were of high confidence. S. plumbea was found most basal in the trees. Using BEAST, we estimated the divergence time in the genus Sousa is around (ESS=2591). Keywords: Chinese white dolphin, finless porpoise, conservation geics, phylogegraphy, evolution 珠江口江豚和中華白海豚的系統(tǒng)發(fā)育地理學(xué)研究 V 目錄 第一章 引言 1 鯨豚類的保護(hù)遺傳學(xué)研究 2 珠江口鯨豚類的研究背景 3 印度 太平洋新鼠海豚的分類學(xué)和形態(tài)學(xué) 4 印度 太平洋江豚的群體遺傳學(xué)和系統(tǒng)發(fā)育地理學(xué)學(xué)研究背景 6 中華白海豚的分類學(xué)和形態(tài)學(xué) 10 本課題的研究意義和技術(shù)路線 13 第二章 珠江口印度 太平洋江豚的群體遺傳結(jié)構(gòu)研究 15 前言 15 材料和方法 16 結(jié)果 1 討論 3 小結(jié)和展望 5 第三章 印度 太平洋江豚的群體遺傳結(jié)構(gòu)研究 7 前言 7 研究方法 8 結(jié)果 12 討論 20 小結(jié)和展望 21 第四章 印度 太平洋江豚的系統(tǒng)發(fā)育地位研究 23 簡介 23 研究方法 23 結(jié) 果 24 討論 33 小結(jié)和展望 34 第五章 FIASCO 快速磁珠法分離中華白海豚微衛(wèi)星 36 簡介 36 珠江口江豚和中華白海豚的系統(tǒng)發(fā)育地理學(xué)研究 VI 研究方法 37 實(shí)驗(yàn)結(jié)果 45 討論 46 小結(jié)和展望 47 第六章 中華白海豚系統(tǒng)發(fā)育地位分析 47 前言 47 研究方法 48 結(jié)果 49 討論 52 小結(jié)和展望 52 第七章 珠江口擱淺的遠(yuǎn)洋型鯨豚類的分子鑒定 53 前言 53 研究方法 53 結(jié)果 54 討論 64 小結(jié)和展望 64 結(jié)論和展望 65 參考文獻(xiàn) 65 縮略語 72 附錄一 讀博期間發(fā)表的論文和摘要 73 附錄二 學(xué)術(shù)海報(bào) 73 附錄三 本實(shí)驗(yàn)所用的樣本信息 74 附錄四 珠江口擱淺江豚的性別組成 80 附錄五 序列信息 81 致謝 8