生物信息技術(shù)概述(文件)
【正文】 characters。 matrix Lemur_catta AAGCTTCATAGGAGCAACCATTCTAATAATCGCACATGGCCTTACATCATCCATATTATT Homo_sapiens AAGCTTCACCGGCGCAGTCATTCTCATAATCGCCCACGGGCTTACATCCTCATTACTATT Pan AAGCTTCACCGGCGCAATTATCCTCATAATCGCCCACGGACTTACATCCTCATTATTATT Gorilla AAGCTTCACCGGCGCAGTTGTTCTTATAATTGCCCACGGACTTACATCATCATTATTATT Pongo AAGCTTCACCGGCGCAACCACCCTCATGATTGCCCATGGACTCACATCCTCCCTACTGTT Hylobates AAGCTTTACAGGTGCAACCGTCCTCATAATCGCCCACGGACTAACCTCTTCCCTGCTATT ? begin assumptions。 ? charset 2ndpos = 3457\3 661896\3。 ? ? usertype 2_1 = 4 [weights transversions 2 times transitions] ? a c g t ? [a] . 2 1 2 ? [c] 2 . 2 1 ? [g] 1 2 . 2 ? [t] 2 1 2 . ? 。 ? begin paup。 ? PAUP*的數(shù)據(jù)格式 (Nexus) 主要包括 taxa， characters， assumptions， sets，trees， codons， distances， paup八個 數(shù)據(jù)塊。 4. SETS塊 定義了一系列的數(shù)據(jù)組，如特征值組，物種組等，這些設(shè)置都是為了方便后續(xù)的分析。如編碼的位置（哪些是編碼的，密碼子的位點等）。當然也可以通過鍵盤命令逐一敲入 ， 交互 進行分析。保存成 nexus格式的文件，或者用其他格式轉(zhuǎn)換軟件轉(zhuǎn)換成nexus格式。 ，開始分析 … 兩個很有用的命令 ？ ：顯示所有的命令 命令 ？ ：顯示命令的所有參數(shù) 分析 … （開始一） 打開記錄文件？（跟蹤整個分析過程） 命令： log start file =your_log_file_name。 哪些物種要分析（刪除不要的） ? 如： delete 1。 如： set maxtree=10000 increase=no autoclose=yes。其分析結(jié)果是一組數(shù)字，這個數(shù)字描述了進化樹進化分支的支持比例，也就是進化樹分支的穩(wěn)健性。 ? ? NREPS = integervalue bootstrap重復的次數(shù)，默認值為 100。 ? Example ? bootstrap nreps=200 treefile= search=heuristic/addseq=random。 命令和參數(shù)都類似，用的比 bootstrap少很多。 PAUP*中這兩個測試是作為 pscores和 lscores的一個參數(shù)，默認關(guān)閉，需要進行這兩個測試的時候，要打開該參數(shù)。 分析 … （樹評估七） 其他測試 隨機測試： permute 不一致的長度差異測試： hompart … 分析 … （樹評估八） 分析結(jié)束之前 Savetrees 根據(jù)要求將內(nèi)存中的樹保存到文件 如： savetrees file= brlens=yes savebootp=both from=1 to=2。 查看內(nèi)存中的樹（默認顯示第一個樹，可以加入?yún)?shù)） 如： showtree all； showtree 2， 3； 從樹文件中讀取樹到內(nèi)存中 ， pscores， lscores 計算樹的距離，簡約性，相似性分值。 ? Log star file=。 ? ? bootstrap nreps=1000 search=heuristic brlens=yes。 ? end。 ? log stop。 ? lset nst=6 rmatrix=estimate basefreq=estimate pinv=estimate rates=gamma shape=estimate。 paup*軟件的 mand reference。 退出 ，想讓原來改過的參數(shù)全部變回默認設(shè)置 命令： factory 所有參數(shù)恢復默認設(shè)置 命令 ： quit 一些有用的命令 查看內(nèi)存中樹的情況（多少個？有根還是無根？ … ）。 Lscores all/khtest= normal shtest=rell。 對折分析 ? ? PCTDELETE = realvalue 每個對折分析循環(huán)中刪除的 data set百分數(shù) ? ? JSEED = integervalue 隨機數(shù)種子 ? ? NREPS = integervalue 對折循環(huán)次數(shù) ? ? SEARCH = HEURISTIC|BANDB|FASTSTEP|NJ|UPGMA 樹的搜索方法（ NJ和 UPGMA僅在最優(yōu)規(guī) ? 則為 distance時才可用） ? ? RESAMPLE = NORMAL|JAC ? ? CONLEVEL = integervalue boostrap中出現(xiàn)的最小比例（最為保留 group），默認為 50，即 50％ ? ? KEEPALL = YES|NO 低于 conlevel的樹，若與一致樹兼容，也保留 ? ? WTS = IGNORE|SIMPLE|REPEATCNT|PROPORTIONAL ? ? GRPFREQ = YES|NO 顯示對折分區(qū)頻率 ? ? TREEFILE = treefilename ? ? FORMAT = NEXUS|ALTNEXUS|FREQPARS|PHYLIP|HENNIG ? ? *REPLACE = YES|NO ? ? CUTOFFPCT = integervalue 對折頻率表中顯示的最小頻率。因為它重復取樣的時候是在原始數(shù)據(jù)中除去一個或者多個比對位點。 ? ? KEEPALL = YES|NO ? ? WTS = IGNORE|SIMPLE|REPEATCNT|PROPORTIONAL ? ? NCHAR = CURRENT|numberofcharacters 每次重復采樣的數(shù)目。 ? 使用分支限制或者是啟發(fā)式搜索的方法進行 bootstrap分析?；蛘? outgroup taxa_set。 …… 分析 … （開始二） 最大簡約法？最大似然法？ 距離法？ 命令： Set criterion=parsimony|likelihood|distance。 哪些用于分析 ? 如： include coding/only。 PAUP*程序中讀入數(shù)據(jù)（ Nexus格式） 輸入命令的地方 打開文件的窗口 程序自帶的測試數(shù)據(jù) 執(zhí)行該文件還是編輯該文件？ 執(zhí)行文件時將文件數(shù)據(jù)讀入程序，編輯文件則調(diào)用一個文本編輯器。當然在進行處理之前一定要先保證該批處理過程沒有問題。 8. PAUP 塊 是軟件的核心塊，所有的分析命令和一些參數(shù)設(shè)置（ 90多個命令）都放在這一塊。用于后續(xù)的分析，如作為限制樹等。而分析的命令可以通過菜單操作（ mac），或者鍵盤命令 (win,linux)，也
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