蛋白質(zhì)分子的結(jié)構(gòu)原理(1)(文件)
【正文】 60? ψ 取 55?或 145? 常孤立出現(xiàn)，對(duì)緊鄰在前的殘基構(gòu)象影響很大 使其丟失 α 螺旋結(jié)構(gòu) 脯氨酸殘基常出現(xiàn)于 多肽鏈彎曲或翻轉(zhuǎn)處， α 螺旋的 N端 ψ 55? 145? 蛋白質(zhì)多肽鏈的一級(jí)氨基酸序列其高級(jí)的三維構(gòu)象，提供了可以實(shí)現(xiàn)的途徑。 右手螺旋和 β 折疊構(gòu)象中，所有氨基酸殘基的成對(duì)二面角 φ 、 ψ 有差不多確定的大小 無(wú)規(guī)卷曲的氨基酸殘基的 φ 、 ψ 則是在一定的范圍內(nèi)分布，不同殘基取不同的角度數(shù)值，因此產(chǎn)生許多不同的構(gòu)象 一般的球蛋白分子，除含有螺旋構(gòu)象和折疊結(jié)構(gòu)外，往往含有大量的 無(wú)規(guī)則卷曲 ，從而傾向于 產(chǎn)生球狀構(gòu)象 。蛋白質(zhì)分子中某些特定的區(qū)域，在結(jié)構(gòu)與功能兩個(gè)方面有著特征性意義。 線段抽象圖形 基于填滿圖形上的簡(jiǎn)化，用線段描述主鏈走向，更抽象些，常突出某些部分，如 α碳原子、結(jié)合的重金屬原子等。 三級(jí)結(jié)構(gòu)亞單位彼此在 3維空間中相對(duì)位置關(guān)系各亞單位多肽鏈間存在共價(jià)鍵或非共價(jià)鍵的連接 幾個(gè)亞單位形成的四級(jí)結(jié)構(gòu)也同樣符合三級(jí)結(jié)構(gòu)組成規(guī)律基本要求 Crystallographic structure of cdb3 14Fig 22 Structure of cdb3 dimer細(xì)胞色素氧化酶Imaging By Atomic Force Microscope (AFM)CaATPase 耐熱性()鄰苯二酚雙加氧酶 。 一個(gè)蛋白質(zhì)分子的三級(jí)結(jié)構(gòu)中若包含結(jié)構(gòu)域構(gòu)象，那么結(jié)構(gòu)域與結(jié)構(gòu)域之間相鄰部位必定是功能敏感區(qū)域。從 DNA→RNA→蛋白質(zhì)法則中，基因在 DNA 序列上被內(nèi)含子分隔成一段段的外顯子，許多蛋白質(zhì)分子中發(fā)現(xiàn)這些外顯子對(duì)應(yīng)的即蛋白質(zhì)分子中的結(jié)構(gòu)域部分 免疫球蛋白的 2個(gè)重鏈和 2個(gè)輕鏈，可區(qū)別為 12個(gè)結(jié)構(gòu)域；肌動(dòng)蛋白分子的馬達(dá)結(jié)構(gòu)域；細(xì)胞色素 b5可分為血紅素結(jié)合部分與膜結(jié)合部分兩個(gè)結(jié)構(gòu)域等 三 .蛋白質(zhì)分子的三級(jí)結(jié)構(gòu) 三級(jí)結(jié)構(gòu) 即蛋白質(zhì)分子多肽鏈的 3維空間構(gòu)象 在 X線衍射分析中，從蛋白質(zhì)晶體的不對(duì)稱單元的二維電子密度截面的堆積，可得到三維的電子密度分布，這種由計(jì)算機(jī)輸出的三維電子密度分布，包含著蛋白質(zhì)分子的 3級(jí)結(jié)構(gòu)的全部?jī)?nèi)容，并用能夠從一個(gè)側(cè)面強(qiáng)調(diào)構(gòu)象特征的一些圖形表示出來(lái)。蛋白質(zhì)分子多肽鏈經(jīng)常出現(xiàn) 180?的回折 ，此回折部分大多數(shù)是 β 轉(zhuǎn)角，也稱作 β 發(fā)夾結(jié)構(gòu)、 β 回轉(zhuǎn)等 4個(gè)連續(xù)殘基構(gòu)成的普通轉(zhuǎn)角和甘氨酸轉(zhuǎn)角 普通轉(zhuǎn)角 —— 4位 α 碳原子間形成氫鍵， 2位殘基屬α 螺旋構(gòu)象， 3位取 310構(gòu)象； 甘氨酸轉(zhuǎn)角 —— 2位殘基主鏈以二面角為 60、 120的聚脯氨酸構(gòu)象出現(xiàn)， 3位上為左手 310構(gòu)象而只能是甘氨酸（ φ 、 ψ 為 90、 0附近）。 α 螺旋 右手 α 螺旋構(gòu)象， 是許多蛋白質(zhì)分子中常見(jiàn)結(jié)構(gòu) 一圈 螺距 氫鍵方式 (i,i+3) 一氫鍵環(huán)內(nèi)含 13個(gè)原子 φ 、 ψ 在 60?和 41?附近 末端向下看，側(cè)鏈在主鏈周圍形成風(fēng)車狀 所有氫鍵近似平行于螺旋中心旋轉(zhuǎn)軸 氫鍵同一方向 形成一源于氫鍵的平行于螺旋軸的偶極矩 α 螺旋氫鍵偶極矩、
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