【正文】 rpoC1 (Chase et al., 2020)、 rpoB (Chase et al.,2020), 以及 5個(gè)不同的片段組合 (Pennisi, 2020)被提議為陸生植物候選 DNA條形碼。 Erickson, 2020)、 trnL intron (Taberlet et al.,2020)、 trnHpsbA (Kress et al., 2020。（ 3）以往的研究在取樣上尺度較大 ,而對(duì)具體類群的研究較少 , 1個(gè)科或 1個(gè)屬只用有限的種類作為代表 , 同一種內(nèi)的取樣也不足 , 這樣雖然表面上看來利用選定的 DNA條形碼可以容易地把代表物種區(qū)分開 , 但實(shí)際上目前建議的植物 DNA條形碼 (例如 rbcL和 matK)由于其分子進(jìn)化速率較慢 , 在種級(jí)水平上 , 特別是對(duì)于那些經(jīng)歷了近期適應(yīng)輻射或快速進(jìn)化的屬來說 , 分辨率較低。對(duì)于高等植物來說 , 在提出將 rbcL和 matK作為組合條形碼之后 ,也仍然不能實(shí)現(xiàn)對(duì)物種的全面鑒定。主要表現(xiàn)在以下幾個(gè)方面。 (2) 對(duì)分類學(xué)專家的依賴 , 分類學(xué)專家往往需要經(jīng)過多年的培養(yǎng)才能擅長(zhǎng)于某一門類 , 而當(dāng)前人類對(duì)生物資源利用的范圍和強(qiáng)度均日益加大 , 相比之下傳統(tǒng)分類學(xué)專家隊(duì)伍卻急劇縮減。 DNA 條形碼 DNA條形碼的概念是由 Hebert等 (2020)提出的。 Erixon和 Oxelman (2020) 通過比較隨機(jī)分割序列及鄰接分區(qū)兩種模式所構(gòu)建系統(tǒng)樹的支持率來判斷引起短枝的原因。理論上 , 為了解決快速進(jìn)化植物分類群間的系統(tǒng)進(jìn)化問題必須選用在分化當(dāng)時(shí)進(jìn)化速率同樣較快的分子片段 , 但尋找這樣的片段比較困難 。 (2) 植物的快速分化 ( rap id diversification) 和網(wǎng)狀進(jìn)化等復(fù)雜進(jìn)化史的影響。因此如果基于多種獨(dú)立的核基因的系統(tǒng)樹中 , 某些分類群其沖突的系統(tǒng)關(guān)系是一致的 , 則說明這些植物分類群存在雜交或異源多倍化的進(jìn)化歷史 , 反之則可能是 基因位點(diǎn)的譜系重排引起的。當(dāng)所應(yīng)用的 LCNG位點(diǎn)因譜系重排在植物后代中的保留不一致時(shí) , 必然會(huì)導(dǎo)致一些物種或個(gè)體在系統(tǒng)樹上的位置沖突或與以往其它分析結(jié)果相矛盾。在此 基礎(chǔ)上 , 應(yīng)著重考慮基因位點(diǎn)的譜系重排、基因的復(fù)制和丟失 , 或植物進(jìn)化過程中經(jīng)歷的雜交、多倍化和基因水平轉(zhuǎn)移等歷史。 (3) 基于不同核基因位點(diǎn)間的系統(tǒng)結(jié)果矛盾 。 在植物分子系統(tǒng)學(xué)研究中常見的難題 系統(tǒng)分析結(jié)果存在沖突 通?；?DNA序列所構(gòu)建的系統(tǒng)樹為基因樹 ( gene tree) , 它并不一定能反映真實(shí)的物種樹 ( species tree) 。近年來 , 越來越多的研究選用多種 DNA片段來進(jìn)行植物分子系統(tǒng)重建。如在薔薇科中 , 2020年前的研究中均只選用了第一章 引 言 9 一種 DNA片段或單一來源的片段，大多數(shù)被子植物的葉綠體基因組為母系遺傳(Corriveau amp?；蛐蛄蟹治鍪瞧渲斜容^常用的手段之一 .報(bào)道中已經(jīng)用來作序列分析的基因主要有 ITS及 rbcL等。 第一章 引 言 8 分子系統(tǒng)學(xué)的研究主要是從所要分析類群的一些代表物種和合適的外類群 , 選擇和使所要分析的目的生物大分子或組合確定 , 并設(shè)法從中獲得相關(guān)數(shù)據(jù) ,對(duì)得到的數(shù)據(jù)進(jìn)行比對(duì)或其它的數(shù)學(xué)方面的處理 , 借用遺傳學(xué)分析軟件對(duì)處理后的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析 ，之后構(gòu)建分子系統(tǒng)樹 , 最后對(duì)構(gòu)建的系統(tǒng)樹做相應(yīng)的數(shù)學(xué)統(tǒng)計(jì)分析以檢驗(yàn)系統(tǒng)樹的可靠性。甾醇（ sterol)，甾醇糖甙（ sterol glycoside )，和單酸甘油酯（ monoglyceride)。 ④ 《陸川本草》：去濕，消腫。 ② 《綱目拾遺》：治疔癰癬。 狗尾草主治：除熱，去濕，消腫。臨床作用有治療急慢性肝炎、治療肺結(jié)核合并血小板減少性紫癜、治療惡性葡萄胎并發(fā)子宮絨毛膜上皮癌、治療嬰兒皮炎、外陰濕疹、陰道炎及子宮頸炎、治療青年扁平疣及銀屑病、治療玫瑰糠疹。用于血熱毒盛、斑疹紫黑、麻疹不透、瘡瘍、濕疹、水火燙傷。 藥用成分：有腺嘌呤、膽堿、水蘇堿（ stachydrine ）、密蒙花甙（ acacetin7rhamnoglucoside）、木犀草素 7葡萄糖甙、大波斯菊甙（ cosmosiin）、刺槐素 7 葡 萄 糖 甙 （ acacetin7glucoside ）、 布 枯 葉 素 7 葡 萄 糖 甙（ diosmetin7glucoside）以及花色素；還含有揮發(fā)油， 油中主含菊花酮（ chrysanthenone）、龍腦、龍腦乙酸酯等。 同時(shí)，菊花茶香氣濃郁，提神醒 腦，也具有一定的松弛神經(jīng)、舒緩頭痛的功效?！侗静菥V目》中對(duì)菊花茶的藥效也有詳細(xì)的記載：性甘、微寒，具有散風(fēng)熱、平肝明目之功效。對(duì)口干、火旺、目澀，或由風(fēng)、寒、濕引起的肢體疼痛、麻木的疾病均有一定的療效?，F(xiàn)已生產(chǎn)的菊花食品有菊花晶、菊花糕、菊花酒等?！队憧~緲錄》中記載：慈禧愛吃白菊花。雖然根須淺淺地幾乎只是浮在土上，然而若是拔得不徹底或是拔完了仍然扔在地里，那么依舊是不能置它于死地的，只需要一夜的露水，便足以讓它生出新芽或者復(fù)活，其生命力之強(qiáng)，常讓人驚嘆不已。 第一章 引 言 5 菊屬、紫草屬、狗尾草屬植物的觀賞價(jià)值 菊花是我國(guó)名花之一 ,歷時(shí)歷代受到人們的喜愛。 葉鞘較松弛，無毛或具柔毛；葉舌具長(zhǎng) 1～ 2毫米的纖毛；葉片扁平，長(zhǎng) 5～30厘米，寬 2～ 15毫米，頂端漸尖，基部略呈圓形或漸窄，通常無毛。葉鞘松弛，邊緣具較徑的密綿毛狀纖毛；葉舌極短，邊緣有纖毛；葉片扁平，長(zhǎng)三角狀狹披針形或線狀披針形，先端長(zhǎng)漸尖，基部鈍圓形，幾成栽狀或漸窄，長(zhǎng) 430cm，寬 218mm，通常無毛或疏具疣毛，邊緣粗糙。適生性強(qiáng) ,耐旱耐貧瘠 ,酸性或堿性 土壤均可生長(zhǎng)。6~9月為花果期。一年生或多年生草本；圓錐花序頂生，圓柱狀或疏展呈塔狀，小穗無芒，有 1－第一章 引 言 4 2小花，全部或部分小穗托以 1至數(shù)枚剛毛，脫落于極短而呈杯狀的小穗柄上，剛毛宿存，第一穎卵形或圓形，比小穗短 1/4至 1/2，第二穎約與小穗等長(zhǎng)，第一小花雄性或中性，外稃與第二穎同質(zhì)，第二小花兩性，外稃革質(zhì)，平滑或有皺紋。 紫草屬是紫草科的一屬，約 60種，分布于溫帶地區(qū)，我國(guó)有 4種，產(chǎn)西南至西北、東北，其中紫草 L. erythrorhizon Sieb. et Zucc. 的根供染料用。喜涼爽、較耐寒，生長(zhǎng)適溫 18－ 21℃ ，地下根莖耐旱，最忌積澇，喜地勢(shì)高、土層深厚、富含腐殖質(zhì)、疏松肥沃、排水良好的壤土。如野黃菊全國(guó)均有分 布，紫野菊分布在華東、華北及東北地區(qū)，毛華菊分布在華中，甘菊多分布于東北及華北， 小紅菊多分布于華北及東北，菊花腦產(chǎn)于南京。約 100種，多可供觀賞，主要原產(chǎn)舊大陸亞熱帶及溫帶地區(qū)。這些問題包括基因的組織，序列的分析，和結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)。 它的使命包括四項(xiàng)任務(wù)： ，生物化學(xué)，和遺傳學(xué)知識(shí)的存儲(chǔ)和分析的自動(dòng)系統(tǒng) 2. 實(shí)行關(guān)于用于分析生物學(xué)重要分子和復(fù)合物的結(jié)構(gòu)和功能的基于計(jì)算機(jī)的信息處理的，先進(jìn)方法的研究 醫(yī)藥治療人員對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)和軟件的使用。通過只有四個(gè)字母來代表 DNA化學(xué)亞基的字母表，出現(xiàn)了生命過程的語法，其最復(fù)雜形式就是人類。 GenBank屬于一個(gè)序列數(shù)據(jù)庫(kù)的國(guó)際合作組織，包括 EMBL和 DDBJ。雖然同工酶、RFLP、 RAPD、核基因以及葉綠體 DNA片段等分子手段被相繼用于研究苔蘚植物的隱存種形成機(jī)制 , 但是目前已報(bào)道的相關(guān)種類不過是冰山一角。是人類糧食和牲畜飼料的主 要來源，也是加工淀粉、制糖、釀酒、造紙、編織和建筑方面的重要原料。首先從 GenBank 數(shù)據(jù)庫(kù)中篩選植物序列，所得序列利用軟件進(jìn)行相 關(guān)分析，根據(jù)遺傳距離及分子系統(tǒng)學(xué)分析對(duì) ndhF 片段長(zhǎng)度對(duì)比，研究并分析菊屬、紫草屬、狗尾草屬植物的遺傳關(guān)系。 ndhF 是葉綠體功能基因， 該基因共含有 21 個(gè)編輯位點(diǎn) , 且這 21 個(gè)位點(diǎn)均為部分編輯。 Ⅰ SHANDONGＵＮＩＶＥＲＳＩＴＹ ＯＦ ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ 畢業(yè)論文 基于 ndhF 序列的植物遺傳關(guān)系分析 學(xué) 院： 生命科學(xué)學(xué)院 專 業(yè)： 生物技術(shù) 摘要 Ⅰ 中文摘要 隨著分子生物學(xué)和生物信息學(xué)的快速發(fā)展 , 基于各種分子數(shù)據(jù)的分析已成為植物系統(tǒng)學(xué)研究的主要手段 , 其中以 DNA 序列的比較分析應(yīng)用最為廣泛。生物信息學(xué)分析及與其它物種比對(duì)結(jié)果表明 , ndhF C290 位編輯可能會(huì)影響該蛋白的正確折疊。 關(guān)鍵字 ： ndhF， 分子系統(tǒng)學(xué) ， 遺傳關(guān)系分析， GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)ABSTRACT Ⅱ Abstract With the development of molecular biology and bioinformatics of rapid development, based on a variety of molecular data analysis has bee the main means of plant systematics research, of which DNA parative sequence analysis is most widely used. The plant has 3 sets of genome, according to the evolutionary rate from fast to slow in the nuclear genome, chloroplast genome ( nDNA ) ( cpDNA ) and mitochondrial genome ( mtDNA ) ( Wolfe et al.,1987). Each genome within different regions of nucleotide evolution rate, for each taxon of the system science research provides a rich source of variation. ndhF is a function of chloroplast gene, the gene contains 21 edit sites, and these 21loci are part of editing. Bioinformatics analysis and other species than the results show that, ndhF C290editors may influence the protein is correctly folded. Further use of monoclonal enzyme digestion method for the determination of the different stress treatments on ndhF C290editing efficiency Based on the ndhF sequence of several plant performed a geic relationship analysis. First, from the GenBank database screening plant sequences, the sequence using the software according to the correlation analysis, geic distance and molecular phylogeic analysis of ndhF fragment length parison, research and analysis of geic relationship of orchids Key words: ndhF geic, molecular systematics , GenBank database, relationship analysis 目 錄 III 目 錄 中文摘要 .................................................................................................... I ABSTRACT .............................................................................................. II 目 錄 ..................................................................................................... III 第一章 引 言 ..................................................................................... 1 課題背景和意義 ..........................................................................................................