【正文】 綜合序列分析軟件BioEdit 2021級 高芳鑾 BioEdit簡介 ? BioEdit是一個 性能優(yōu)良的免費的 生物序列編輯器 ， 可在 Windows 95/98/NT/2021中運行 ，它的基本功能是提供蛋白質(zhì) 、 核酸序列的編輯 、 排列 、 處理和分析 。 ? 與 DNAMAN相比，其分析內(nèi)容相對豐富一些，而且提供了很多網(wǎng)絡程序的分析界面和接口，與 DNAMAN等軟件配合使用更好。 ? 尤其值得一提是利用 BioEdit能夠十分方面地根據(jù)指定的核酸序列繪制相應的質(zhì)粒圖譜。 序列的常規(guī)操作： 序列輸入 ：多種序列輸入方式； 序列分類 ：按標題、位置 、定義、參數(shù)、注釋等分類； 成對排列 ：兩序列的最佳排列及計算同一性和類似性； 序列屏蔽 ：僅采用聯(lián)配中部分區(qū)域進行分析而排除其他。 核酸分析 ：組成、互補、反轉(zhuǎn)、翻譯、質(zhì)粒、限制性內(nèi)切酶； 蛋白質(zhì)分析 ：氨基酸成分、疏水性輪廓 、疏水力矩平均數(shù) 翻譯或反翻譯 ：把 DNA或 RNA翻譯成蛋白質(zhì)； 切換翻譯 ：在核酸和編碼蛋白質(zhì)序列中切換核苷酸序列； 點圖 [成對比較 ]：相互比較兩序列的矩陣，生成一個點圖。 ?BLAST ?本地使用 BLAST o創(chuàng)建本地數(shù)據(jù)庫 o本地 BLAST 搜尋 ?BLAST INTERNET 客戶端程序 ?ClustalW ?使用互聯(lián)網(wǎng)工具 ?HTML BLAST 網(wǎng)絡瀏覽器 ?PSIBLAST ?nnPredict … ?進化分析 主要內(nèi)容 ? 繪制質(zhì)粒圖 ? 限制性內(nèi)切酶圖 ? 蛋白質(zhì)分析 – 組成分析 – 熵圖 – 疏水性輪廓 – 聯(lián)配中搜尋保守區(qū) – 根據(jù)密碼子的使用翻譯核苷酸 ? RNA比較分析 – 共變 – 潛在配對 – 互交信息分析 一、繪制質(zhì)粒圖（ Plasmind drawing） 使用 BioEdit質(zhì)粒繪圖功能 ， 序列可以通過自動的位置標記 ，自動修改成環(huán)形質(zhì)粒 。 特征 、 多連接位點和限制性位點可以通過使用對話框增加 。 當將一個序列進入質(zhì)粒圖時 ， 在背景上出現(xiàn)一個限制性內(nèi)切酶圖譜 ， 所以可以通過對話框選擇可以增加限制性位點 。 它們自動增加到當前的位點 。 質(zhì)粒功能提供簡單的繪制和標記工具 。 標簽和繪圖可以通過鼠標移動和縮放 。 想要編輯目標性質(zhì) ， 雙擊目標 。 想要從一個 DNA序列產(chǎn)生一個質(zhì)粒，從“ Sequence ”菜單中“ Nucleic Acid ”子菜單中選擇“ Create Plasmid from Sequence ”選項。選擇這個選項時，限制性內(nèi)切酶圖譜將會使用通常商業(yè)化的，儲存在存儲器中的限制性內(nèi)切酶。質(zhì)粒第一次產(chǎn)生時，它顯示成有 10個位點標記的圓圈，中央是標題 。 sites:(限制性位點 ) 想要增加限制性位點 ， 從 “ Vector ”菜單中選擇“ Restriction Sites ”選項 。 將會顯示一下 對話框： 想要顯示圖譜中的限制性內(nèi)切酶，從右邊 (“Don39。t Show ”中 )選擇任何想要的酶，用 按鈕將它們移動到左邊。按下 “ Apply amp。 Close ”時，這個位點就會增加到圖譜中。指定的酶如果只有一個酶切位點 ,就會在酶切位點上出現(xiàn)一個 “ U ”。如果沒有 “ U”， 將會顯示第一個酶切位點。想要移動圖譜中酶的位置，在“ Show ”中增加選擇的酶的亮度，按下 按鈕將它們移動另一邊。 marks (位置標記 ): 點擊 “ Vector ”菜單中的 “ Positional Marks ”選項 ， 可以出現(xiàn)以下對話框： 可以通過移動位置標記到 “ Show” 中 ， 單獨增加位置標記 ，或者設定應用的分割標記數(shù)量 。 想要沒有標記 ， 選擇 “ Divide into: ” 中的下拉菜單頂端的 “ None”。 (特征 ): 想要增加一個特征 ， 如抗生素抵抗標記 ， 從 “ Vector” 菜單選擇 “ Add Feature”。 將顯示以下對話框： 選擇的類型是 “ Normal Arrow ”、 “ Wide Arrow ”、“ Normal Box” 和 、 “ Wide Box ”。 在上面例子中的所有特征是“ 常規(guī) ” 寬度的 。 如果特征是一個箭頭 ， 箭頭的方向?qū)⑹菑钠瘘c位置到終點位置 。 增加特征或酶時 ， 他們各自的標記增加在外面 ， 中心是可能的尺寸 。 標記可以被選擇工具選擇 、 移動 、 編輯和縮放 。 Vector properties 載體屬性可通過選 “ Vector” 菜單中的 “ Properties ”來更改 ： 可以通過指定起點和末端位置 ， 來增加多接頭按鈕 。 多接頭顯示為 “ Courier New ”字體 。 在這個對話框中 ， 特征可以被編輯 、 增加或者刪除 。 想要編輯或刪除一個現(xiàn)存的特征 ， 在 “ Features”下拉式菜單中選擇特征 ， 并點擊合適的按鈕 。 點擊“ Add New” 按鈕 ， 可以增加一個新的特征 。 現(xiàn)在只有一個圓形 、 單鏈質(zhì)粒是有效的 。 在以后的版本中中將會改進 。 “ Font”按鈕改變指示的默認字體。特征標記的字體將可以單獨改變，但是位置標記不能單獨改變。 二、 Restriction Maps(限制性內(nèi)切酶圖 ) BioEdit提供兩種方法產(chǎn)生核苷酸序列的限制性內(nèi)切酶圖 。 一種內(nèi)在的限制性內(nèi)切酶圖功能允許產(chǎn)生序列最多為 65,536個核苷酸的限制性內(nèi)切酶圖 。 實際上 ， 只能檢測大約 35Kb， 而且在速度慢的計算機上會要消耗很長的時間 。 你也可以通過萬維網(wǎng)直接鏈接到WebCutter 限制性內(nèi)切酶圖上 。 ： 點亮你想要 圖譜的序列 標題，從 “ World Wide Web” 菜單中選擇 “ Autofed WebCutter Restriction Mapping” : 點亮你想要圖譜的序列標題，從 “ Sequence” 菜單選擇 “ Restriction Map” 。 以下選項將會顯示在一個界面窗口： — 顯示圖譜 ：顯示或省略序列的全圖譜 ,互補鏈顯示每個酶的酶切位點 .默認值： yes —按照字母順序排列名稱 ：顯示關于所有內(nèi)切酶、它們的識別序列、切割頻率和所有位置 (5’末端開始是 1) 的列表 .默認值： yes —位置數(shù) ：關于酶切位點的列表 .默認值： no —唯一位點列表 ：在全部序列中只有一個酶切位點的內(nèi)切酶列表 .默認值： no —切割 5次或更少的酶 .默認值： yes —頻率匯總表 ：關于所有正確選擇的內(nèi)切酶和它們切割序列的次數(shù)。默認值： no —不能切割的內(nèi)切酶 。默認值： yes — 4堿基內(nèi)切酶 ： 想要包括這些酶 ,必須點擊這個選項 .默認值： no (不包括本身 ) — 5堿基內(nèi)切酶 ：與 4base cutters相同 . —非嚴格識別序列的酶 ：有時你可排除它們 .默認值： yes —大的識別位點 ：通常用于克隆 ,只有共同的 6堿基識別酶被使用 . —同裂酶 ：若只顯示一個特殊識別位點的一個內(nèi)切酶 ,不選 (默認值 =不選擇 ). —翻 譯 ：顯示沿著排列中的序列翻譯 (5’端到 3’端的由左到右的翻譯 ) —互補翻譯 ：互補鏈的翻譯方向相反 . —編號方式 ：是酶切位點的核酸的號碼 ,而不是識別位點的起點 . Enzyme Browser (限制性內(nèi)切酶瀏覽器 ) 從核酸序列中得到內(nèi)切酶譜時，顯示酶的生產(chǎn)公司是很有用的。通過在內(nèi)切酶圖譜中選擇制造廠商和按下按鈕，可以手動瀏覽內(nèi)切酶。你也可以通過選擇 “ Options ”菜單中的 “ View Restriction Enzymes by Manufacturer”選擇，在任何時候檢查內(nèi)切酶。顯示如右對話框： 在這個例子中 ，