【正文】 80 281Zn 0LANL2DZ****C O H 0631G(d)****Zn 0LANL2DZZn 具體的各參數(shù)解釋，請看GAUSSIAN使用手冊。 對于如何在分子篩的骨架添加CH2CH2NH2這樣的基團，因為分子篩是無定形結構，在MS里面肯定是不能自動全部添加好，只能使用編程語言添加?？梢园袽CM41的結構保存為 CAR格式文件（為什么非要保存為CAR文件，因為CAR文件里面有原子的電荷），然后利用隨機數(shù)發(fā)生器，在內部隨機生成位置，只要次位置與原來骨架之間的距離小于CSI鍵長的話，那么就認為這個位置是可以接受的，并且把此位置命名為C原子，剩下來的C和N照樣按照這個添加，可以寫一個添加原子的子程序，調用三次就好。然后把得到的CAR文件導入到MS中，自動加氫就好。在MCM41中添加胺基的源程序是這樣的： integer natom,natom0,nho,namino************************************************************* Number of atoms in the original structure is 9992.* But the parameter natom should include the number of atoms added subsequently.* So here the value of natom is set to 15000************************************************************ parameter (natom=15000,natom0=9992,nho=2319,namino=435) character a(natom)*5,fx(natom)*4,fft(natom)*5,atomname(natom)*2 integer occupation(natom),kjishu,ron,nOtemp,kstop,natom_add,Tatom integer Ohydroxy_SN(nho),Temp_SN double precision xc(natom),yc(natom),zc(natom) double precision rox,roy,roz,Ohydroxy(nho,4),Otemp(nho,4) double precision OTa(4),OTb(4),temp(3),list3(nho*3,12) integer templist3(nho*3,3),Nra double precision xtemp,ytemp,ztemp,xfinal,yfinal,zfinal* integer NSiT,NSi_S,NSi_C,NCT,NC_S,NC_C,NNT,NN_S,NN_C* character NSi_CC*1,NC_CC*1,NN_CC*1 real distance,search_step,dis1,dis2,dis3,lbond,charge(natom)******************************************************************* define global variables****************************************************************** mon charge mon xc,yc,zc ******************************************************************* Read the input file****************************************************************** open(10,file=39。39。,status=39。old39。) do 20 i=1,natom0 read(10,*)a(i),xc(i),yc(i),zc(i),fx(i),occupation(i),fft(i), amp。 atomname(i),charge(i)20 continue close(10)******************************************************************** write the initial file to check whether the initial structure is read correctly.******************************************************************* open(30,file=39。39。,access=39。append39。) do 40 i=1,natom0 write(30,888)a(i),xc(i),yc(i),zc(i),fx(i),occupation(i),fft(i), amp。 atomname(i),charge(i)40 continue close(30) natom_add=0 Tatom=natom0+natom_add* NSiT=0* NSi_S=0* NSi_C=0* NCT=0* NC_S=0* NC_C=0* NNT=0* NN_S=0* NN_C=0 do 45 itt=1,namino********************************************************** add Si to the chosen Oxygen atom********************************************************* call HO_list(Ohydroxy,Ohydroxy_SN,kjishu) Nra=int(RAN2(IDUM)*kjishu) Temp_SN=Ohydroxy_SN(Nra) xtemp=Ohydroxy(Nra,2) ytemp=Ohydroxy(Nra,3) ztemp=Ohydroxy(Nra,4) lbond= call addatom(xtemp,ytemp,ztemp,lbond,Tatom,Temp_SN, amp。 xfinal,yfinal,zfinal) natom_add=natom_add+1 Tatom=natom0+natom_add* NSiT=NSiT+1* NSi_C=INT((NSiT+60)/99)* NSi_S=NSiT+6099*NSi_C** if()NSi_CC=39。T39。* if()NSi_CC=39。U39。* if()NSi_CC=39。V39。* if()NSi_CC=39。W39。* if()NSi_CC=39。X39。* if()NSi_CC=39。Y39。* if()NSi_CC=39。Z39。* a(Tatom)=39。Si39。//39。NSi_S39。//39。NSi_CC39。 a(Tatom)=39。Si39。 xc(Tatom)=xfinal yc(Tatom)=yfinal zc(Tatom)=zfinal fx(Tatom)=39。XXXX39。 occupation(Tatom)=1 fft(Tatom)=39。Si339。 atomname(Tatom)=39。Si39。 charge(Tatom)= open(140,file=39。39。,access=39。append39。) write(140,888)a(Tatom),xc(Tatom), amp。 yc(Tatom),zc(Tatom), amp。 fx(Tatom),occupation(Tatom), amp。 fft(Tatom),atomname(Tatom), amp。 charge(Tatom) close(140)* do 2060 i=1,nho2** do 2065 ix=2,kjishu+2* if(Ohydroxy(i,1).(ix).* amp。 Ohydroxy(i,1).(ix)+)then* goto 2060* endif*2065 continue * * do 2070 j=i+1,nho1** do 2075 ix=2,kjishu+2* if(Ohydroxy(j,1).(ix).* amp。 Ohydroxy(j,1).(ix)+)then* goto 2070* endif*2075 continue ** do 2080 k=j+1,nho** do 2085 ix=2,kjishu+2* if(Ohydroxy(k,1).(ix).* amp。 Ohydroxy(k,1).(ix)+)then* goto 2080* endif*2085 continue ** dis1=sqrt((Ohydroxy(i,2)Ohydroxy(j,2))**2+* amp。 (Ohydroxy(i,3)Ohydroxy(j,3))**2+* amp。 (Ohydroxy(i,4)Ohydroxy(j,4))**2)** dis2=sqrt((Ohydroxy(i,2)Ohydroxy(k,2))**2+* amp。 (Ohydroxy(i,3)Ohydroxy(k,3))**2+* amp。 (Ohydroxy(i,4)Ohydroxy(k,4))**2)* dis3=sqrt((Ohydroxy(j,2)Ohydroxy(k,2))**2+* amp。 (Ohydroxy(j,3)Ohydroxy(k,3))**2+* amp。 (Ohydroxy(j,4)Ohydroxy(k,4))**2)* if (.* amp。 .* amp。 )then* kjishu=kjishu+1* do 2090 imm=1,4* list3(kjishu,imm)=Ohydroxy(i,imm)*2090 continue* templist3(kjishu,1)=int(Ohydroxy(i,1))* charge(Ohydroxy_SN(i))=* do 2100 imm=1,4* list3(kjishu,imm+4)=Ohydroxy(j,imm)*2100 continue* templist3(kjishu,2)=int(Ohydroxy(j,1))* charge(Ohydroxy_SN(j))=* do 2110 imm=1,4* list3(kjishu,imm+8)=Ohydroxy(k,imm)*2110 continue* templist3(kjishu,3)=int(Ohydroxy(k,1))* charge(Ohydroxy_SN(k))=* goto 2061* endif*2080 continue*2070 continue*2060 continue * open(2120,file=39。39。,access=39。append39。)* do 2130 i=1,kjishu* write(2120,777)int(list3(i,1)),list3(i,2),list3(i,3),list3(i,4),* amp。 templist3(i,1)* write(2120,777)int(list3(i,5)),list3(i,6),list3(i,7),list3(i,8),* amp。 templist3(i,2)* write(2120,777)int(list3(i,9)),list3(i,10),list3(i,11),list3(i,12)* amp。 ,templist3(i,3)* write(2120,*)39。39。*2130 continue*777 Format(I4,3X,2X,3X,3X,I4)* close(2120)**************************************************** renew hydroxy oxygen list**************************************************** do 2135 i=1,nho* Ohydroxy_SN(i)=0* do 2136 j=1,4* Ohydroxy(i