大型機(jī)使用手冊-展示頁
2024-08-02 20:11本頁面
【正文】 指南 ? 用戶軟件環(huán)境加載 – 可加載的軟件環(huán)境列表可以在命令行使用下面的命令獲取或查看本手冊后續(xù)部分 ? module avail – 由用戶根據(jù)自己使用的 shell在下列文件中通過 module load / unload命令來加載 /卸載自己所需要的運(yùn)行環(huán)境 ? .bash_profile/.bashrc （ bash shell ) ? .cshrc/.tcshrc (csh / tcsh) ? .kshrc (ksh) – 可以在命令行使用下面的命令，獲取自己使用的的 shell 信息 echo $0 ? 示例 – shell為 bash，希望登錄后自動加載 mvapich2, ncl, cdf, grads等的軟件環(huán)境信息，則把下列命令添加到 ~/.bashrc中 module load mvapich2 cdf ncl GrADS 快速使用指南 ? 加載注意事項(xiàng) ① 編譯器模塊必須第一個(gè)加載 ② 如需要的環(huán)境與系統(tǒng)缺省設(shè)置不一致，先用下面命令清除，再加載需要的環(huán)境 module purge ③ 加載編譯器后，再加載其他的應(yīng)用模塊 ④ 有依賴關(guān)系的模塊，在加載時(shí)需要注意先后順序，例如 – ncl/ hdf5/, cdf/ – cdf/ hdf5/ – 其加載順序?yàn)? module load hdf5/ cdf/ ncl/ ⑤ 加載缺省版本模塊時(shí)，可以不用指明版本號 ⑥ 可通過 env命令來查看模塊加載后進(jìn)行的相關(guān)設(shè)置，例如，模塊的安裝位置，有關(guān)的環(huán)境變量設(shè)置等 快速使用指南 ? PBS腳本設(shè)置 – 以下 PBS指令為必需指令 PBS –P project_no (項(xiàng)目號 ) PBS q queue_name (隊(duì)列名 ) PBS l walltime=hh:nn:mm (墻鐘限制） – PBS腳本中 MPI程序運(yùn)行方式 mpirun np nproc 注意： 1. 不需要指定 hostfile 參數(shù) 2. 現(xiàn)在啟用了墻鐘限制，腳本有可能需要根據(jù)相應(yīng)的墻鐘限制進(jìn)行調(diào)整，避免由超時(shí)造成強(qiáng)制中斷而的問題 示例腳本在 /nuist/p/public/app/scripts/pbs_example 快速使用指南 ? 目錄設(shè)置 /nuist/u/home/$LOGNAME ( 用戶主目錄， 個(gè)人配額 10G) /nuist/p/work/$LOGNAME (用戶工作目錄 , 個(gè)人配額 500G） /nuist/scratch/$LOGNAME (用戶臨時(shí)目錄 , 個(gè)人配額 5T） /nuist/p/public/app (常用軟件包安裝目錄，例如： NetCDF, NCL等） /nuist/p/public/data (共用數(shù)據(jù)存放目錄，例如： WRF地形數(shù)據(jù)等） ? 系統(tǒng)預(yù)定義的目錄環(huán)境變量 $TEMPDIR /nuist/scratch $WORKDIR /nuist/p/work $APPDIR /nuist/p/public/app 一 系統(tǒng)簡介 ? 集群計(jì)算節(jié)點(diǎn) ? 308臺 兩路六核 IBM HS22刀片服務(wù)器 ,共 3696個(gè)核 ? 存儲 ? 一個(gè) 38TB高速 SAS硬盤做成 1. /nuist/u/home ( T ) 2. /nuist/p/public ( 30 T ) ? 一個(gè) 706TB近線 SAS硬盤做成 3. /nuist/p/work ( 214 T ) 4. /nuist/scratch ( 492 T ) 二 存儲空間設(shè)置 卷功能 配額 刪除策略 備份 /nuist/u/home 10G/用戶 不做刪除 備份 /nuist/p/work 500G/用戶 當(dāng)文件系統(tǒng)的可用空間低于 10%的時(shí)候?qū)h除一定時(shí)間以上的文件 （ 如 90天 ） 不備份 /nuist/scratch 5T/用戶 當(dāng)文件系統(tǒng)可用空間 50%時(shí)，刪除 90天的 當(dāng)文件系統(tǒng)可用空間 25%時(shí)，刪除 30天的 當(dāng)文件系統(tǒng)可用空間 10%時(shí)，刪除 7天的 不備份 /nuist/p/public 不做刪除， 用于保存共用的基礎(chǔ)數(shù)據(jù)，例如地形數(shù)據(jù)等 備份 磁盤空間配額使用查詢 mmlsquota –u username 三 運(yùn)行環(huán)境設(shè)置 ? 編譯器 – Intel / – PGI / – GNU / / ? 并行環(huán)境 – OpenMPI / – MVAPICH2 ? 軟件環(huán)境管理 – Environment Module
環(huán)評公示相關(guān)推薦
鄂ICP備17016276號-1